一、護法政府之海軍體製
民國六年七月，孫中山先生因國會遭非法解散、張勳複辟，自上海至廣州，號召國會議員南下護法。八月，國會非常會議在廣州正式開幕，通過《中華民國軍政府組織大綱》，規定軍政府的主要任務為"勘定叛亂，恢複臨時約法"，采取大元帥製，設大元帥一人，元帥三人，大元帥行使行政權，對外代表中華民國;下設外交、內政、財政、陸軍、海軍、交通六部，各部設總長一人，輔助大元帥執行職務。九月一日，國會非常會議選舉孫中山為中華民國軍政府大元帥，次日選唐繼堯、陸榮廷為元帥。十日，孫中山舉行就職典禮，並於次日依國會選舉結果，任命各部總、次長，軍政府正式成立。軍政府在習慣上通稱為護法政府或革命政府，又稱為南方政府，與北京政府相對峙。
軍政府的首任海軍總長為程璧光，海軍司令為林葆懌，但程氏未就職。是時軍政府各部有總長未就職者，則委派次長暫署部長職，惟沒有委派海軍次長，因此海軍部事實上未正式成立。六年十月，海軍艦隊在廣州海珠公園設立辦事處，海軍事務完全由海軍辦事處處理。七年二月，程璧光遇刺身亡，海軍由林葆懌繼續主持。五月，軍政府改組將大元帥製改為總裁製，選舉唐紹儀、唐繼堯、伍廷芳、孫中山、林葆懌、陸榮廷、岑春煊等七人為軍政府總裁。八月，軍政府任命林葆懌兼任海軍部長，同時兼任軍政府海軍艦隊司令，海軍部增設次長，以海圻艦艦長湯廷光兼任次長。十月，軍政府公布《海軍部組織條例》，規定海軍部設參事及軍衡司、軍務司、軍備司，任命海琛艦艦長程耀垣、肇和艦艦長林永謨為海軍部參事;楚豫艦艦長鄭祖怡為軍衡司司長;永豐艦艦長魏子浩為軍務司司長;飛鷹艦艦長李國堂為軍備司司長。
民國九年十一月，孫中山偕伍廷芳、唐紹儀等由滬抵粵。恢複軍政府，以湯廷光為海軍部長，海圻艦艦長林永謨為海軍總司令。十二月，政務會議通過修正《海軍部組織條例》，調整海軍的領導體製，以部長總攬全權，統一領導海軍。十一年四月，孫中山先生因北伐軍事遭到陳炯明的阻撓，決定將陸海軍的指揮權集中於大本營，並為海軍中閩籍與非閩籍官兵之衝突日益激烈，全麵改組護法艦隊，任命溫樹德為海軍艦隊司令，並重新任命護法艦隊各艦艦長，以鞏固領導中心。
民國十一年六月，陳炯明叛變，孫中山先生在海軍的支持下，駐節永豐艦反擊叛軍達五十餘日後，離粵赴滬。孫中山先生離粵後，海軍各艦由陳炯明收編，湯廷光以海軍部已無存在必要，決定收束部務，並於九月一日通電宣布辭去海軍部部長職務。護法艦隊以海軍不可統帥無人，另行設立海軍辦事處，推舉湯廷光為辦事處督辦。
民國十二年三月，孫中山先生返粵，設立大本營，以大元帥名義，統帥軍政，仍任湯廷光為海軍部部長、溫樹德為海軍艦隊司令。但此時孫中山先生已命永豐、肇和、楚豫3艦，組成海軍汕頭艦隊，以肇和艦艦長田士捷為汕頭海軍艦隊司令、副艦長盛延祺為艦隊指揮。因此護法艦隊事實上已呈現分裂狀態。四月，肇和艦發生變亂，盛延祺遇害，汕頭艦隊瓦解，溫樹德遂乘機接管肇和、楚豫2艦。五月，孫中山先生以溫樹德謀叛，免除其職務，下令海軍各艦統歸大元帥直接管轄。然海圻、海琛、肇和3艦，已由溫氏率領，駐泊於汕頭，十月，永翔、楚豫、同安、豫章4艦，亦駛往汕頭，與海圻等3艦會合。十二月，溫樹德率七艦北駛，但實際北上者隻有6艦。其中豫章艦出發未久即因輪機損壞，不能隨隊同行，待修複後，單獨航行，至廈門附近，被北洋海軍練習艦隊的應瑞艦攔截收容，歸屬於第二艦隊。溫樹德率六艦北上後，護法艦隊即告消失，留駐廣州的永豐、飛鷹、福安、舞鳳等4艦則組成練習艦隊，直轄於陸海軍大元帥大本營，參加國民革命。