一、海軍部之成立與艦隊編製
民國十八年四月十二日，國民政府明令設立海軍部，掌理全國海軍行政事宜，六月一日正式成立，海軍署則告撤銷。海軍部首任部長為楊樹莊，政務次長為陳紹寬。時楊氏因兼掌福建省政，且身體不佳，實際部務由陳紹寬代理。二十一年一月，楊樹莊辭職，由陳紹寬繼任部長。政務次長一職，由陳季良繼任，並增設常務次長，由總務司司長李世甲兼代，二十三年二月，由陳訓泳繼任。此後直至二十七年一月，海軍部撤銷為止，部、次長人事，未再調整。
海軍部成立之初，設軍衡、軍務、艦政、軍學、軍械、海政6個司，及總務廳、經理處、參事室、秘書室、技監室等單位。十九年二月四日，國民政府明令公布《海軍部組織法》，規定海軍部內設總務、軍衡、軍務、艦政、軍學、軍械、海政、軍需8個司，暨參事、秘書、技監、副官等職。各司之下分設各科，辦理各項業務。各司所設科如下:總務司設文書、管理、統計、交際4科;軍衡司設銓敘、典製、恤賞、軍法4科;軍務司設軍事、醫務、軍港、運輸4科;艦政司設機務、材料、修造、電務4科;軍學司設航海、輪機、製造、士兵4科;軍械司設兵器、設備、保管、檢驗4科;海政司設設計、測驗、警備、海事4科;軍需司設會計、儲備、營繕、審核4科。二十六年，修正組織法，增設統計、會計5室。海軍部並統轄下列各機關:各艦隊司令部、各艦艇、各要港司令部、海軍陸戰隊、各造船所、海岸巡防處、海道測量局、海軍學校、海軍航空處、海軍飛機製造處、海軍練習營、海軍水雷營、海軍交通處、海軍編譯處、海軍執法處、各地海軍監獄、海軍軍醫處、各地海軍醫院、海軍軍械所、各地海軍藥彈庫及驗藥室等。
海軍部成立後，積極充實海軍船艦以加強戰力，至十九年艦艇逐漸增加，隨即整編海軍艦隊，其編組情形如下:
第一艦隊轄海容、海籌、大同、永健、永績、普安、華安、定安、海鷗、海鳧等10艘艦艇。
第二艦隊轄楚有、楚泰、楚同、楚謙、楚觀、永綏、江元、江貞、民權、鹹寧、德勝、威勝、江犀、江鯤等14艘艦艇。
魚雷遊擊艦隊轄建康、豫章、湖鵬、湖鷹、湖鶚、湖隼、辰字、宿字、列字、張字等10艘艦艇。
練習艦隊轄應瑞、通濟、靖安3艘練習艦艇。
測量隊轄甘露、日、武勝、青天、慶雲、景星6艘測量艦艇。
巡防隊轄順勝、義勝、公勝、誠勝、勇勝、仁勝、海鵠、海鴻等8艘巡防艦艇。
此外，民國十七年底，東北易幟後，東北艦隊納入國民政府海軍體係，其編組如下:
海防第一艦隊轄海圻、海琛、肇和、同安、鎮海5艘艦艇。
海防第二艦隊轄永翔、楚豫、江利、定海、海鶴、海鷗、海青等7艘艦艇。
東北(吉黑)江防艦隊轄江亨、利捷、利綏、利濟、江平、江安、江清、江泰、江通等9艘艦艇。