一、海軍建製的調整
民國三十八年五月，"海軍總司令部"遷台灣左營;八月，編製縮編，但仍維持6個署的組織形態。三十九年五月，政工處擴編為政治部，並將監察處並入，計轄人事、政訓、監察、保防、民事、體育等6組。四十年十月，總部增設法規委員會、作戰指揮室、軍眷管理處、聯絡官室。之後又陸續增設工程處、預算處及通信處等單位。
民國四十四年二月，"海軍總司令部"組織形態，參考美國海軍軍政、軍令分立製度，大幅改組為部本部;政治部;谘議、研究發展、督察、總司令辦公室、主計、聯絡等室;法規委員會、人事、情報、作戰、後勤、計劃等副參謀長室;人事、補給、艦政、公工各署;軍醫、軍法、通信、海政、總務等處。至四十九年二月，總部組織再作調整，增設中、少將副參謀長各一員，谘議室改為作戰計劃委員會，原有各副參謀長室改為助理參謀長室。主計室擴編為署。艦政署軍械組擴編為軍械處直屬總部。"國防部"國軍聯合作戰中心之海軍組入隸總部。海政處撤銷，其業務分由各有關單位掌理;總務處改編為台北勤務處，列為部外單位，並將原直屬總部之勤務單位及部隊，撥隸該處。五十年五月，為加強軍援業務，於後勤助理參謀長室，增設軍援組。五十二年八月，總部政治部改為總部政治作戰部。五十三年十二月，成立檢驗室，為總部一級幕僚單位。
民國五十五年九月，"海軍總司令部"實施組織精簡，撤銷各助理參謀長室，改編為署，並編並部分單位。部內一級幕僚單位，由原23個減為政治作戰部、作戰研究督察委員會、聯合作戰計劃室、總司令辦公室、人事署、情報署、作戰署、後勤署、計劃署、主計署、艦政署、補給署、公工署、通信處、軍械處、軍醫處、軍法處等17個單位。
五十七年一月，聯合作戰計劃室改編為作戰計劃作業室。三月，撤銷人事署眷管組，編成總部軍眷管理處，部內一級幕僚單位由17個調整為18個。九月，撤銷公工署，補給署並入後勤署。同時撤銷軍械處，改編為軍械組，隸屬艦政署，使部內一級幕僚單位由原18個減為15個。五十九年一月，通信處改稱為通信電子處。
民國六十年四月，總部軍眷管理處改隸總部政治作戰部。原隸總部之總醫院、醫防隊、第一醫院改隸第一軍區部，第二醫院改隸第二軍區部，基隆基地醫院改隸第三軍區部，第一、二、三、四造船廠、魚雷工廠及印製廠，均撥隸新成立之後勤司令部。同時艦政署撤銷，並入後勤署。五月，原隸總部之藝工大隊、出版社、反情報隊、福利處等四單位，改隸總部政治作戰部。六月，原隸總部之各通信站、台及雷達大隊等十一個單位，改隸通信電子處。
六十年九月，成立海軍作戰中心，隸於"作戰署";原屬總部之訓導中心，亦撥隸陸戰隊司令部。六十一年一月，撤銷軍事情報工作處，其業務及原屬該處之情報台與通信研究室等單位，同時並歸情報署;七月，為縮編員額，部本部副參謀長由三員減為兩員，並將原作戰研究督察委員會所屬之研究發展室及檢驗室改編為組，分別改隸於計劃署及督察長室;原隸屬作戰研究督察委員會之督察長室，升格為總部一級幕僚單位，同時將作戰研究督察委員會改編為作戰計劃委員會。六十三年四月，烏守備撥歸海軍負責，成立烏守備區指揮部;六月，測量氣象局更名為海洋測量局。六十六年二月，成立海軍研究發展中心，內設政戰室、技術資料組、武器係統組、艦機組、電子組等。七十一年八月，海軍研究發展中心修訂為造船發展中心。
民國七十年四月，"國防部"依據《"國防部"參謀本部組織法》第四條規定訂定《海軍總司令組織規程》，規定"'海軍總司令部'主管全局事務，負責發展與維護海軍戰力，指揮監督海軍艦隊、陸戰隊及陸上所屬單位以保衛國家安全"(第二條)。"海軍總司令部"置總司令一人，綜理本部業務，指揮監督所屬機關及部隊;副總司令二人，輔助總司令處理事務;參謀長一人，為總司令之幕僚長;副參謀長二人輔助參謀長處理事務。"海軍總司令部"自建製以來，曆任總司令為陳誠、桂永清、馬紀壯、梁序昭、黎玉璽、劉廣凱、馮啟聰、宋長治、鄒堅、劉和謙、葉昌桐、莊明耀，自民國八十年起由顧崇廉擔任迄今。
"海軍總司令部"置總司令辦公室、作戰計劃委員會、政治作戰部、督察長室、人事署、情報署、作戰署、後勤署、計劃署、主計署、通信電子處、兵器處、軍醫處、軍法處、福利處等單位，下轄艦隊司令部、陸戰隊司令部、後勤司令部、軍區司令部、地區勤務處、基地指揮部、海洋測量局及直屬部隊，其結構:海軍部隊按艦隊司令部-艦隊-戰隊-艦設置;陸戰隊按陸戰隊司令部-陸戰師-團-營-連-排設置。