二、艦隊整編與艦艇擴充
民國三十八年國共戰局逆轉，"政府"播遷來台，海軍為協助陸戰部隊作戰，鞏固海南島防務，除原有之海防第一、二艦隊外，於十一月成立海軍海防第三艦隊，下轄大倉、永嘉、永康、營口、美宏、美頌、聯珠、洪澤、昆侖、四明等10艦。以太倉艦駐防海南島，以永嘉艦駐防粵南群島，其餘各艦在台灣整修。
民國三十八年十月，海軍為加強各保管艦之整修工作，以便及早整訓成軍，充實艦隊戰力，將三十七年十二月成立之登陸艦隊司令部撤銷，改編成立海軍訓練艦隊司令部。設參基、航海、輪機、槍炮、通信五組，政治、文書、軍需、醫務4室，下轄中訓、永順、永翔、聯勝、汾陽、丹陽、沈陽、惠陽、衡陽、華陽、東平、武彝、廬山、臨安、同安等15艦。
民國四十二年七月，撤銷海軍艦艇訓練司令部，成立海軍艦隊指揮部，直隸總部。設政治部、辦公室、作戰處與訓練處。下轄第一、二、三、四艦隊、登陸艦隊、後勤艦隊及登陸艇隊。同年九月接管艦隊作戰指揮業務。
四十三年四月，恢複設置艦艇訓練司令部，同時成立兩棲部隊司令部，均隸屬於艦隊指揮部。經此整編後，艦隊司令部設政治部及行政、情報、作戰計劃、後勤、通信、保養修理等組。所屬部隊有(1)兩棲部隊司令部，下轄:登陸艦隊司令部、兩棲訓練司令部、登陸艇隊部。(2)第一、二、三、四艦隊司令部。(3)後勤艦隊司令部。(4)艦艇訓練司令部。(5)特種任務艦隊司令部。
民國四十四年二月，艦隊指揮部為加強艦艇之管理與運用，提高戰力艦隊編組，予以重新調整，區分為行政管理與作戰指揮兩大係統。部內單位設政治部、行政室、艦隊補給處、艦隊軍醫處、聯絡組、空中聯絡組、人事處、情報作戰處、後勤處、通信處、保養修護處等12單位。所屬部隊按同型艦重行編組，分為驅逐艦隊、巡防艦隊、掃雷艦隊、巡邏艦隊等4個艦隊。艦隊指揮部與艦隊之間，增置部隊階層，專掌所屬部隊之整備與行政業務，經成立巡防部隊司令部，下轄驅逐艦隊一、巡防艦隊二及魚雷快艇艦隊一。同時將原掃布雷隊及後勤艦隊分別改為水雷部隊司令部及後勤部隊司令部，該兩部隊下，不設艦隊。至於各艦隊司令部，則縮編成為純粹戰術單位，專責作戰指揮與戰術訓練。
民國五十七年九月，更改艦隊各層次名稱，艦隊指揮部改為艦隊司令部，驅逐、巡防、兩棲、水雷、後勤各部隊司令部改為部隊指揮部，艦隊訓練司令部改為艦隊訓練指揮部，兩棲訓練司令部改為兩棲訓練中心，巡防第一、二及登陸第一、二艦隊司令部改為艦隊部。同時撤銷兩棲作戰司令部。五十八年十月，原直屬總司令部之武昌艇隊改轄艦隊司令部。
五十九年八月，嶽陽艦成軍，十二月，惠陽、富陽兩艦成軍，分別編入驅逐艦隊。本年，水雷部隊所屬永嘉艦，巡防第一艦隊之秣陵、灃江、清江3艦，巡防第二艦隊之昌江、鄱江、貢江、涪江4艦，及登陸第一艦隊之美宏艦、港防第三大隊之防一、二、三艇相繼除役。
六十年四月，為配合海軍教育訓練改製，調整艦隊訓練指揮部編製，裁撤岸訓中心，增編圖書器材組，並於政治作戰部下增設第一、二、三、四科及政治教官室，同時將專科學校、士官學校及總部圖書中心等單位裁撤，分別成立航海學校、輪機學校、兵器學校、通信電子學校、新兵訓練中心等5個單位，均隸屬艦隊訓練指揮部。