空軍遷台後，百事待興，為加強戰備，空軍各級機構組織編製，依需要作適當調整。
一、空軍總司令部及所轄機關之組織與人事
空軍總司令部部署組織仍是五個署，部分單位與人事略有調整;三十七年六月，增設副參謀長一員，由劉國運充任。三十八年十一月，王叔銘任空軍副總司令，劉國運升任參謀長。
遷台後，三十九年三月二十五日，周至柔將軍就任參謀總長，仍兼任空軍總司令。四十年八月二十一日，副總司令毛邦初中將因駐美負責采購物資，失職抗命，侵吞購機專款案被撤銷查辦。
三十九年，空軍遷台各單位安置底定，時空軍總部及所轄機關與部隊之人事及異動概況如後:
二、重要機構之調整
空軍遷台後依戰事變化與實際狀況，經檢討後，分別將各級機構逐步撤銷或精簡調整如下:
1.撤銷空軍軍區司令部。空軍第1、第2、第5軍區司令部分別在三十八年十二月一日、七月一日及十二月十六日裁撤。空軍第3、第4軍區司令部均在三十九年三月一日裁撤。
2.撤銷海南空軍指揮部。海南空軍基地指揮部，原於三十八年四月一日成立，同年九月一日擴編為海南空軍指揮部，指揮官陳有維、副指揮官徐卓元，以葉禧年、王殿弼分任正、副參謀長。三十九年七月一日撤銷，所屬人員撤至台灣台南。
3.撤銷定海空軍指揮部。於三十九年四月一日成立，同年五月三十一日撤銷。
4.成立台灣區作戰指揮機構。三十八年二月十六日撤銷台灣空軍指揮部後，為建立台灣地區作戰情報指揮係統，特於總部之內設立作戰情報指揮室，及成立桃園、新竹、嘉義、台中、屏東等5個基地作戰情報指揮所，初為臨時編製，三十九年五月十六日，改名作戰指揮室，四十年十二月一日，正式成立5個作戰指揮所，均為正式編製。
5.撤銷空軍供應總處，成立空軍飛機修理總廠及補給總庫。前者於三十八年五月，由上海遷駐台灣台南，同年十一月一日撤銷，同時成立後者機構。
6.撤銷空軍供應處，成立空軍供應大隊。空軍第1至第7供應處於三十八年十二月中旬以前均已先後撤銷。並分別以第4及第7供應處之人員為基礎，於三十八年十月一日成立空軍第204及第207供應大隊。
7.撤銷各軍區司令部所屬之通信大隊。三十八年十二月十六日以前先後撤銷空軍第401~405通信大隊。
8.撤銷各軍區所屬之氣象大隊。三十八年十二月十六日以前先後撤銷空軍第501~505氣象大隊。
9.傘兵部隊之改隸。先是三十七年三月一日，將傘兵總隊及其所屬部隊改隸於陸軍總司令部，三十八年三月一日，複改回空軍建製，三十九年五月一日，複改隸於陸軍總司令部。
10.改編空軍高射炮兵部隊。三十八年四月一日，先曾將空軍高射炮兵第3團撤銷，並將高射炮兵團番號調為第1至第7團，同年十月一日，第1及第3高射炮兵指揮部裁撤，另成立空軍高射炮兵司令部。三十九年三月十六日，高射炮兵第3團裁撤。