在中日兩國考古學組織彼此溝通意向之下，1926年秋，濱田耕作和東亞考古學會幹事島村孝三郎來北京，雙方正式結成東方考古學協會，並聯合舉行公開講演會。次年3月下旬，在東京召開東方考古學協會成立大會，同時舉行中日學者的公開講演會，中方講演者為北京曆史博物館編輯部主任羅庸、北京大學教授馬衡、北京大學研究所國學門主任沈兼士，講題依次為“模製《考工記》車製述略”、“中國之銅器時代”、“從古器款識上推尋六書以前之文字畫”；日方為濱田耕作、原田淑人、池內宏，講題為“支那之古玉器與日本之勾玉”、“漢人之繒絹”，池內宏原定講樂浪郡出土之封泥與朝鮮古史的重大事實，後因病未寫成文。
1928年4月下旬，東亞考古學會在京都召開第二次總會，再度舉行公開講演會，中方出席者為北京大學國學館導師馬衡和劉複以及該館館長葉恭綽的代表闞鐸；日方演講者為高橋健和小川琢治（代讀）。1929年10月19日，東方考古學協會在北京再度舉行講演會，由濱田耕作、梅原末治、徐炳昶、張星烺分別演講“世界各國研究東亞考古學的現勢”、“Seythai文化在歐亞考古學的意義”、“中國西北科學考查團考古工作之概略”、“中國人種中之印度日耳曼種分子”。1930年3月，原田淑人還由東方文化事業部出資，到北京大學和清華大學講學兩個月，與北大、清華、燕京等大學及中央研究院史語所的學者廣泛交流。
在東方考古學協會名義下，中日象征性地共同進行了幾次考古發掘與調查。1927年4月下旬至5月中旬進行的貔子窩發掘，日方參加者為東京帝國大學原田淑人、田澤金吾、駒井和愛、宮阪光次，京都大學濱田耕作、小牧實繁、島田貞彥，關東廳博物館的內藤寬、森修，朝鮮總督府博物館小泉顯夫以及該學會幹事島村孝三郎、小林胖生等，中方的馬衡、陳垣、羅庸、董光忠中途來參觀，並在其中一處親自發掘。1928年10月發掘牧羊城，北大考古學會派助教莊尚嚴前來參加發掘一周。作為還禮，1930年北京大學發掘河北易縣燕下都、老姥台時，也請日方學者參加。雙方還協議互派留學生。從1928年起，日方每年一人，先後派到中國留學的有駒井和愛、水野清一、江上波夫、田村實造、三上次男。中方因經費困難等原因，派往日本的僅有1928年度的莊尚嚴。
日方動議合組考古學機構，表麵看來是“為促進東亞諸地的考古學研究，與各國特別是鄰邦中華民國考古學界增進友誼，交換知識”，實際主要目的有二：一是利用合作名義，便於在中國境內進行調查發掘活動，尤其想參與舉世矚目的殷墟發掘；二是派遣留學生來華學習和考察。此舉與日本的大陸政策相吻合，因而得到日本政府的支持，其發掘考察及派留學生，均得到外務省、關東廳和朝鮮總督府的資助。而在曆次活動所使用的名義上，中日雙方並不統一。1927年在東京舉行的大會，中方認為是東方考古學協會第二次年會，日方則同時使用東亞考古學會第一屆總會的名義，而將次年在京都舉行的會議稱為東亞考古學會第二次總會。從中方立場看，北京、東京、京都及北京的第二次會議，應分別為東方考古學協會第一、二、三、四屆大會，但在京都會議時卻未使用東方考古學協會的名義。
另外關於第一次貔子窩發掘的主辦者，1927年8月《史學雜誌》第38編第8號刊登消息《貔子窩の發掘》，聲稱係以東方考古學協會名義，後來日方撰寫報告書時，則以東亞考古學會和關東廳博物館的名義，得到外務省東方文化事業部和關東廳的援助。報告書出版時也標名為東亞考古學會的東方考古學叢刊甲種第一冊。親曆其事的莊尚嚴後來回憶，組織東方考古學協會除互相觀摩、交換學生外，還“互相參加兩國自己舉辦的考古發掘工作”。