清代開國以前祖先之事實，因明清兩朝的政治糾紛，“既為明史所削而不存，又為清史所諱而不著”，各種傳說神話，難以征信。1932年，北平圖書館自日本獲得朝鮮《李朝實錄》，任教於北京大學的明清史大宗師孟森檢閱之餘，認為李朝之起，與清朝先世同一時間地區，雙方往還密切，記載詳細，因此，《李朝實錄》為言清先世事跡的唯一信史。遂不分寒暑，日往北平圖書館逐卷披覽，對比考證，至1934年冬，寫成《明元清係通紀》。是書“正為明清兩史補其共同缺陷。縱不敢言無遺漏，抑於清室之神秘，業盡發之，而與舉世認識此一朝之真相矣”。本來最為撲朔迷離的清朝先世史跡，因此一躍而為曆代先世史中最詳實者，“前史無論何朝，其開國以前祖先之事實，未有如清之先世，彰彰可考，既詳且久者也”。甚至孟森此前所著《滿洲開國史》也自覺可廢。
此外，關於中外關係尤其是宗教關係的史籍，中國往往多有失傳，不得不求諸異域。陳垣在京都訪得《貞元釋教目錄》，“此書言景教與佛教關係有確證，惜中國無傳本，唯日本與高麗有之”。“《破邪集》為明季攻擊天主教之書，在中國久成禁本，其中頗多關於教爭曆史，為考古者所萬不可缺之書，不得以其狂吠而棄之也。日本有翻印本，然亦在禁書之列。”陳垣在東西兩京遍尋不獲，後在大阪覓得，歎為奇遇。
從學術交往中獲益最大的還是日本。1910年章炳麟曾致函羅振玉，將日本漢學界的長老新進一一點名罵倒：“然今東人治漢學，又愈不如曩昔，長老腐朽充博士者（如重野安繹、三島毅、星野恒輩），其文辭稍中程，聞見固陋，殊不知康成、子慎。諸少年學士，號為疏通，稍知寧人以來樸學。然大率隨時鈔疏，不能明大分，得倫類。”服部宇之吉、兒島獻吉郎、林泰輔、白鳥庫吉等，無一幸免，令內藤虎次郎大為驚訝。但到20世紀30年代，已是“日本多學人，今中國學人，止有馮友蘭之哲學，陳垣之史學，楊某（樹達）之訓詁學，足以抗衡日本”。
日本中國研究的發達，得益於三方麵因素，即“以清朝三百年之考據學為基礎，而參用歐美式之科學的研究法，加以前人未覿之新資料相繼發見”。後者主要有八大類，1.殷墟甲骨，2.西陲文獻器物，3.內閣大庫文書，4.蒙古北部古城碑塚，5.秦漢墓石崖寺，6.華北新舊石器遺跡，7.孟津新鄭銅器，8.朝鮮古墳殉葬物。日本考古學的發展，很大程度上依賴於在中國和朝鮮境內進行的發掘工作。戰爭期間，日本公開標榜重視古跡保護，實際上到處破壞掠奪，中國的大批珍貴文獻毀於戰火，學者輾轉遷徙，學術發展遭受重創。而日本受到國際學術界的抵製，也進入近代學術史的黑暗時代。然而，戰前彼此交往建立起來的情感友誼，雖然不足以防止和抵製戰爭的局麵，“銷盡大地幹戈不祥氣”，畢竟集聚了積極因素，成為第二次世界大戰後東亞各國恢複了解與聯係的積極因素。