毋庸諱言，日本提倡東亞研究和中日提攜，背後確有政治目的和欺騙作用。所舉辦的東方文化事業，始終與中國存在分歧和衝突。1924年，東京帝國大學授予柯劭忞文學博士學位，也有外交與政治考慮。“據聞東大初無授其博士意，係駐華公使小幡酉吉提議。”所提出的著作《新元史》，負責審查的箭內亙認為“其價值可在博士之上，亦可在博士之下”。日本文學博士為學術界之學位而非學校之學位，本來極其嚴格，東洋史獲此殊榮者不過數人，因此京都方麵對此事頗不以為然。或謂從未聽說過柯氏其人。並對柯氏從此禮敬日本所有具博士頭銜者微露諷意。
中日戰爭爆發後，日本組織所謂東亞文化協議會，派遣以酒井正忠為團長的代表團來華，在北京召開第一次大會，成員包括宇野哲人、羽田亨、鹽穀溫、常盤大定、鬆本文三郎、原田淑人、小柳司氣太等中國研究者。而部分中國學者在交往中迷失了本性，在偽滿和抗日戰爭期間，繼續與侵略者合作，參與偽組織和學術機構，如鄭孝胥、羅振玉、湯爾和、董康、傅增湘、周作人、孫人和、錢稻孫、錢桐、趙蔭堂、溫壽鏈等，令人慨歎“廿載讀書，所學何事耶”。在東亞文化協議會成立的晚宴上，湯爾和與鹽穀溫各用漢語和日語朗誦《赤壁賦》，這種變質的合作隻能美化和掩飾日軍的暴行。抗日戰爭勝利後，尚存者分別受到懲治和追究。隻有陳垣因為任德國係的輔仁大學校長，奉國民政府教育部密令留平與日方周旋。
不過，更多的人則堅持民族氣節，“自七七事變後，國學名家，或忠貞自持，愁苦以終；或慷慨赴義，身膏敵刃”。大批學者長途艱苦跋涉，轉移大後方，曆盡艱辛，苦撐待變；身陷敵後者不顧敵偽的威脅利誘，寧死不屈。1928年張元濟訪日時寫長詩讚頌中日文化合作，由鹽穀溫用日語朗誦末段：“嗚呼世界學說趨鼎新，天意寧忍喪斯文。遺經在抱匹夫責，焚坑奚畏無道秦。當世同文僅兄弟，區區鬩牆隻細事。安得爾我比戶陳詩書，銷盡大地幹戈不祥氣。”戰爭期間張元濟堅決拒見登門拜訪的日本軍官。陳寅恪在香港淪陷後，不為“廣州偽組織之誘迫、陳璧君之凶妄”以及偽北大的誘招所動，並拒絕日偽當局以軍票20萬（合港幣40萬）要其出麵組織東亞文化協議會及審訂中小教科書的要求。馬幼漁對周作人借口於米鹽蔬筍諸事宣稱準備出山最為憤激，沈兼士則保全多人不失名節，功不可沒。
中國學者雖然同情支持朝鮮人士的獨立複興運動，卻很難公開指責日本，隻能曲折地表達自己的感情和觀念。這不僅因為外交和政治的客觀限製，同時也有卸下天朝上國精神包袱的贖罪感以及兩國民眾感情惡化的現實逼迫。蒙古政治上附屬於蘇俄，獨立也未得到中國政府的承認，意識形態本來對立。但蒙元史為近代邊疆史地之學研究的重心，當時的中國學者，又大都對蘇俄抱有希望，認為其實踐可能為東方弱小民族的振興開辟新路，加上一些受歐洲東方學訓練的學者重視蒙古文資料的發掘利用，交往反而成為自然。
學術交往，作為異常情況下的正常因素，取得一定的成就。東亞各國的學術交流，首先作用於學術研究領域。由於古代中日韓三國的文化聯係緊密，而史料的保存又各有缺漏，研究各自的曆史文化，很有必要互相補充參證。1923年梁啟超著《中國曆史研究法》，強調研究中國史也須參考外國史料，但隻提及歐洲和中亞的記錄，而不顧朝鮮、日本的資料，令桑原騭藏大為不滿，“以為當作唐、宋、元、明、清時代的研究資料，也一定要介紹朝鮮、日本的記錄的”。
這種互補關係在考古、古籍校勘、明清史研究等方麵最為明顯。馬衡首次參觀樂浪郡漢墓及出土古物，所得印象深刻者，“一為發掘之經驗，一為空前發現之漆器，時間雖短，而獲益良多”。當時中國豫陝等省出土古器甚多，而漆器尚無所聞。“意漆質鬆脆，盜發者不知護持耳。是則公開發掘之事愈不容緩矣。”高麗版慧琳《一切經音義》，“稱引宏富，凡唐以前音釋古訓，莫不網羅”。所引各書，多已失傳，足資補輯，或與通行諸本不同，可以互讎。該書中國自五代後即佚，明天順中高麗國得之塞北，並獲釋希麟《續一切經音義》十卷，由海印寺刻印。清初日本僧人翻刻，因海禁甚嚴，無緣流布，清代考據家多未見及，清末始由日本轉入中國，光緒以後才有學者略為涉及，未嚐理董全書。北京大學國學門將整理此書作為重要項目，依據日本獅穀白蓮社刻本從事大規模的編輯。私家整理者則有無錫丁福保和湖北江陵田潛。