作為管理海外留學生的專職行政機構，日本文部省在19世紀幾乎沒有這方麵的中國事務。在此期間，有關海外留學生的規則幾度變化，1882年，將貸費生改為官費，由文部卿從東京大學畢業生中選拔。1885年又將選拔範圍擴大到文部省直轄學校的專門科如師範科，所派人數甚少，每年約5—10人。此前還規定東京大學教員任滿5年，可以所得薪水自費到海外留學，以學術研究為目的。1892年頒布的《文部省外國留學生規程》規定，由該省所派留學生總數同時不得超過22人。以後逐漸有所增加，1896年定為35人，次年擴大到60人，接著又取消了定額限製。其原因是甲午戰爭前，日本政府財政開支極為窘促，通過戰爭獲得大筆賠款，得以緩解。另外早期留學生待遇較高，貸費生時期除旅費外，每人每年1000日圓。改官費之初，每年為180英鎊或1800圓，到1898年，減至年150鎊或1500圓。
範圍擴大和定額增加，為主要以培養師資為目的派遣留學生的文部省派人前往中國提供了可能。1877年東京大學成立時，共設法、理、文、醫四個學部，其中文學部第一科為史學、哲學、政治，第二科為和漢文學。史學科因教授不得其人，於1879年廢止。而和漢文學科應考學生也寥寥無幾。校方擔心國學、漢學中絕，作為權宜之計，於1882年設古典講習科（國書課），次年設中國古典講習科（漢書課），附屬於文學部。漢書課繼承日本漢學傳統，教授史學、法製、考證等，曆時兩年即停止。
這時日本國粹主義逐漸抬頭，漢學隨之有複興之勢。1886年改為帝國大學，按照明治天皇的旨意，文科大學內單獨設立漢文學科，以後哲學、史學科也增加有關中國的分支。1896年，又動議創設京都大學。日本《東華》雜誌載文《漢學再興論》，分析漢學、國學、西學的變遷大勢：“明治以前，漢學最盛，士人所謂學問者，皆漢學耳。除漢學則無有學問也。及政法一變，求智識於西洋，學問之道亦一變，貶漢學為固陋之學，如論孟子史之書，一委諸廢紙之中，無複顧問者。然其衰既極，意將複變也。比年以來，國學勃然大興，其勢殆欲壓倒西學，而漢學亦於是乎將複興也。”“試觀近十年來，東京學業情形，前則政治、法律之學，盛行於時，此等生徒，滿於四方。其後學風一變，生徒修習文學者日眾，而論其種類，雖分為日本文學、西洋文學，今將見有修習漢學者出焉。”預言“漢學再興之機運將漸開”。
1899年，東京帝國大學文科助教授服部宇之吉以研究漢學為目的，由文部省選派到中國和德國共留學4年，當年9月，服部宇之吉赴北京。1900年4月，擬建中的京都大學以法學部講師名義派狩野直喜作為文部省留學生來華留學，以便歸國籌辦該校文科大學。然而，這時義和團運動已經發展到京津地區，北京城內對外國人的態度漸趨激烈。服部宇之吉和狩野直喜本來住在東四牌樓北六條胡同舊公使館的陸軍武官官舍，後因形勢嚴重，移到使館區內，經曆了兩個月的“北京籠城”。義和團運動與國際漢學界似乎有某種機緣，服部宇之吉、狩野直喜後來分別為東西兩京中國學界的領袖人物，同時被困的東京日日新聞社特派員古城貞吉，也是日本近代中國學的元老之一。而在法國公使館，則有後來成為西方漢學泰鬥、巴黎學派領袖的伯希和。除了兩位文部省留學生，還有外務省留學生野口多內，正金銀行留學生小貫慶治，西本願寺留學生川上季三以及留學生大和久義郎、竹內菊五郎等。他們編成義勇隊，由以自費留學名義來華的陸軍大尉安藤辰五郎為隊長，參與作戰以及輔助行動。8月中旬，八國聯軍進入北京，使館之圍解除。9月中旬，服部宇之吉、狩野直喜奉文部省之命歸國。