文部省派服部宇之吉來華，本來目的不是留學。而是鑒於中國的維新改革，原文部大臣外山正一和東京女子高等師範學校校長矢田部良吉等主張派人到中國幫助養成教育人才，推薦服部宇之吉為候選人。此舉既能培養中國的親日傾向，緩和甲午戰爭以來的緊張關係，又可進而爭奪控製中國的教育權。文部省接納了這一主張，但中日兩國政府尚未就此正式交涉，因而以留學生名義派遣，目的卻是指導中國的教育界。不過服部宇之吉來華時正值戊戌政變後清政府趨於守舊排外之際，想通過結識達官名流以影響中國教育的嚐試大都遭到回避遜拒，允諾見麵的隻有袁昶一人，隻好轉而專門研究中國的民族性和一般國情。他後來轉赴德國留學，1901年9月，因清政府重開新政，日本政府急電召其回國，接著應清政府招聘，赴北京出任京師大學堂師範館正教習。
狩野直喜則於1901年再度來華，留學上海3年，住在日本人所開的旅館，到在華外國人士有誌於中國研究者組織的英國皇家亞洲協會北華分會圖書館讀書，並周遊江南，與張之洞、羅振玉、沈曾植、鄭孝胥、陳毅等人交往。1902年11月26—28日，狩野直喜與岡幸七郎到滬見鄭孝胥、陳毅、陳善餘、陳衍。首次留學給他們印象最深的是中國民眾激烈的排外情緒，甚至有人當麵向他們顯示不怕死的精神。但在使館被圍之前，服部宇之吉、狩野直喜等人還曾去琉璃廠的書肆訪書。這一成為後來被吉川幸次郎稱之為“學問的留學生”通例的舉動，表明他們畢竟不同於此前的同類。
經過庚子事變的慘痛教訓，中國朝野清楚地認識到普及新式教育的重要性。而日本則乘此機會，擴大對華交往和影響。1901年4月頒行的《文部省外國留學生規程細則》規定，留學生學資分為三等，到歐美各國、清國、韓國分別為每年1800、1200和1000圓，另有支度費200、150和100圓。兩年後又補充規定來華單程旅費為140圓。盡管一般傾向仍是留學歐美，畢竟為有誌於中國研究者提供了正式的機會。
1906年，籌辦已久的京都大學文科大學終因日俄戰爭的勝利解決了經費來源而成立，師資雖多來自東京帝國大學，風格主張卻不相同。由此形成的中國學派，與東京的東洋學相並立。以後隨著日本政府的鼓勵和教育的發展，大學增多，專門和高等學校水準提高，研究中國的專業人員日益增加，赴華留學成為專業化趨勢。開始還是零星個別現象，學習語言則自請教師，鑽研經史文學則投拜名師，有的四處周遊，拜會學者，查訪書刊，遊覽名勝，憑吊古跡。1907年至1909年京都大學的桑原騭藏為研究東洋史，作為文部省留學生來華留學，東京帝國大學的宇野哲人也以文部省留學生名義來華。1910年初鬆崎鶴雄到長沙拜葉德輝、王闓運為師，學習《說文解字》、《尚書》等典籍。同年底又有三位日本人前來拜王為師，其中畢業於日本善鄰書院的小平總治欲治元史。王因自己完全不通蒙古語，告以宜訪沈曾植和曾廣鈞。是年由文部省派遣的鹽穀溫從歐洲留學歸來，按預訂計劃還須到中國留學，也前往長沙投入葉德輝門下，學習詞曲，親眼目睹了辛亥革命，1912年8月才歸國。
進入民國時期即日本的大正時代，以文化取向轉為東亞中心和對華利益擴張為背景，日本朝野日益重視中國問題，各教育機構的中國研究顯著增加。為了提高水準，推動研究，除文部省繼續提供資助外，一些民間財團也出資設立獎學金，鼓勵留學中國。如東京有岩崎獎學金，京都有懷德堂獎學金、上野育英會獎學金等。懷德堂的錢本來是給內藤湖南私人，僅5000圓，岩崎、上野則資金雄厚。上野為大阪實業家，出資10萬圓在京都大學設立基金，規定由研究中國文史哲的教授協商，選派研究生赴華留學，原則上每次一人，為期兩年，對京都大學的中國研究影響甚大。這一時期先後由文部省派遣來華留學的有1916年鈴木虎雄，1921年藤塚鄰，1922年羽田亨，1925年和田清、青木正兒；岩崎獎學金所派有1920年諸橋轍次，1921年竹田複（後轉為文部省研究員）；由上野育英會所派有1919年岡崎文夫等。