北大推舉王國維出任主任，主要是想借其名以爭利，對抗聲望甚隆的研究係領袖梁啟超。後來又有鼓吹“將圖書館及人文研究所館長、所長歸校長兼理之說”，引起校外學者的普遍不滿。張星烺致函陳垣，認為：“北大黨派意見太深，秉事諸人氣量狹小，其文科中絕對不許有異己者。而其所持之新文化主義，不外白話文及男女同校而已。當其主義初創時，如屠敬山等史學專家皆以不讚同白話文而被擯外間，有知其內容者皆深不以其事為然。北大現在已幾成為政治運動專門機關，不宜再使與純學術牽混，故圖書館館長及研究所所長皆宜立於黨派之外，且人須氣量寬洪也。聞日人有派柯劭忞或梁任公充所長之說，烺意此兩人甚相宜。柯則為遺老，與世無爭，梁則無黨，且氣量寬洪，可容納異派人也。”他希望陳垣將此意見轉告日方，如公開發表，則願具名。
關於所長人選，以後實由柯劭忞以東方文化事業總會委員長身份兼任，王國維說也有所據，而梁啟超說則似無根。此事發端於1923年狩野直喜與政友會山本鵜次的談話，狩野直喜後來回憶道：“關於東方文化事業，我屢次對當局談起，除兩三位老先生外，第一希望王靜安君參加；又對中方委員說，東方文化事業要著手研究學問的話，首先必須王君參加。任何人都表示讚成。”所謂兩三位老先生，狩野直喜在公開場合均未指名，但在1927年1月18日與來訪的董康談及，為李盛鐸、章炳麟、章槿、傅增湘等，並不包括梁啟超。可惜柯劭忞也不能秉公辦事，任用私人，仍為包攬。而狩野直喜心目中的各家“並無一人廁列其間”，令其大失所望，表示“如斯配置，宜乎旁觀”。他屢屢公開對此表示不滿，均是為王國維抱不平。
1929年，梁啟超因病逝世，所引起的社會反響遠遠不及兩年前自沉於昆明湖的王國維，而日本學術界幾乎可以說無動於衷，東西兩京中國學界的各主要雜誌，找不到任何報道，不要說與王國維之死的強烈震動相比，甚至趕不上在此前後亡故的葉德輝、柯劭忞等人。這種與其地位聲望以及當時中日學術界頻繁往來情形極不相稱的異象，很大程度表明了日本學術界對梁啟超的態度，也是雙方關係跌落穀底的顯著表征。其實，導致王國維自殺的主要原因，即國民革命軍在上海通緝所謂反動學者以及北伐軍即將北上京津，也曾令梁啟超萌生再度流亡日本以避其鋒的念頭。盡管他自稱從反袁護國起，便對日本名為援華實則侵華感到可怕可怖，仍不得不以東瀛為避難所。
即使學術上，與日本的關係也是剪不斷，理還亂。他受聘清華國學研究院，除了是國內的“碩學重望”，還有賴於對日本學術的認識，因為該院教授講師必備的三種資格之一，是“稔悉歐美日本學者研究東方語言及中國文化之成績”。梁啟超的歐洲語言更差，所以還是以不甚好的日語為招牌。清華國學研究院招考新生的日語試題原由王國維出，王死後，則由梁啟超代命。隻是所交往的日本人士大都並非學術界中人，而在學者眼中，他的學術聲譽不佳，政客形象又太過突出。另一方麵，日本中國學界不少人是清代文化的仰慕者，對於“文字收功日，全球革命潮”的梁啟超也不免心存異見。由此而生的思想與學術的關係，至今仍然困擾中國學術界。梁啟超式的以政論帶動學術，在中國學術史上留下的負麵影響多於積極作用。早在辛亥以前，王國維就批評《新民叢報》等“喜事之學生”或“亡命之逋臣”所辦雜誌，“本不知學問為何物，而但有政治上之目的。雖時有學術上之議論，不但剽竊滅裂而已”。認為隻有以學術為目的而不以為政論的手段，中國學術“庶可有發達之日”。世紀回首，慨歎先哲不幸而言中。就此而論，盡管蕭一山等人在梁啟超身後曾為其“見輕於人”鳴不平，日本學術界從嚴格的學術觀念批評梁啟超，反而多少有些先見之明。隻是日本學者通識不足，治學難免走上專而偏的歧途，終究難逃梁啟超所指摘的流弊。而要取長補短，專博互濟，達到精通的境界，則為雙方心有餘而力不足。