IBM公司的人對蓋茨說，IBM也希望OS／2能在80386芯片下運行，不過首要的還是要能在80286芯片上運用。因為IBM已經為此投入太多，並已收下許多訂單，不能失約於這些客戶。
更重要的是，IBM公司也讚同允許窗口軟件在新操作係統下存在，不過軟件名要改為PM（PresentationManager）。不僅如此，微軟此前所開發的視窗將不再與OS／2的窗口兼容。這意味著MS-DOS退出IBMPC領域，對微軟來說將失去獨占地位。微軟最終還是決定參與開發IBM的OS／2，表麵看來，這顯然是不智之舉，可是誰能摸清比爾·蓋茨的真實用意呢？
蓋茨認為，微軟已足夠壯大，可以同時從事既同IBM合作以開發叫做PM的新操作係統，也獨自開發自己命名為視窗的新操作係統。而對蓋茨而言，前者不妨虛張聲勢，後者倒可以韜光養晦，待時機成熟再說。在他心目中，這種軟件已有雛形，將不是已開發出的視窗1.0的擴展，而是一種全新的東西。因此，他寧願暫時答應與IBM合作。
事情定了下來，微軟視窗的開發工作被放在較次要的地位，以便集中力量開發PM。微軟公司的有識之士認識到放棄視窗繼續開發的不當，向蓋茨據理力爭。蓋茨總是麵帶微笑地聽著，為能有這樣具卓識的下屬而歡欣不已。
但是，蓋茨的真正想法，他胸中的百萬甲兵豈能輕易泄露？他隻能不動聲色地表示，他可不想與OS／2綁在一起而忽略微軟的長盛不衰。實際上，蓋茨在不動聲色之餘，已開始動作。大量精兵強將被派往視窗軟件的開發。不久，隻有很少的人還在為IBM的OS／2與PM工作，越來越多的人在為新版的視窗軟件工作。
IBM公司計劃在1987年4月與微軟一道推出OS／2項目，不過，直到1987年底，OS／2仍然沒有多大反應。而一年之後，開發中的PM也仍未見上市。
確實，OS／2將與MS-DOS迥異，這將威脅到微軟的係統軟件市場，但這在蓋茨的算計之中。蓋茨將不等OS／2來淘汰MS-DOS，他自己將開發新產品來淘汰它，這不成問題。成問題的是，不能讓OS／2之後的PM成為一種新的標準。那樣的話，微軟將失去目前對係統軟件的絕對支配地位，而成為IBM旗下一個不起眼的角色。
蓋茨正在處心積慮地盤算：要麼繼續與IBM合作，在PM當中占有一定權益，從而成為IBM羽翼下的小鳥；要麼獨自提出新的操作係統軟件標準——但能敵得過IBM嗎？
一顆紅心，兩種準備。到1987年，OS／2項目已成了貪得無厭、隻進不出的怪物，吞下了越來越多的程序設計師的時間與精力。微軟投入的人由20人到30人，最後增加到40人，而IBM卻有好幾百人，越來越多的資金被扔進了無底洞裏。
在微軟，視窗新版本已在作第二次的修改。這個時候，人們普遍認為視窗將成為OS／2的附屬品，整個行業都明白IBM並不真正支持視窗，所謂PM才是他們的戰略王牌。這真是個微妙的時刻：雖然尚未正式揭幕，但視窗與PM之間已經硝煙彌漫。
就連微軟公司的高層要員之間也出現了分歧。鮑默爾主張，PM將是未來最重要的東西，整個微軟公司都得圍繞它而行動；總裁謝利堅決反對這種資敵行為。視窗與PM之爭本身就是一場豪賭，為什麼不把賭注全部投在一邊呢？他堅持這麼一個最高原則：視窗第一，PM第二！換句話說，微軟必須從IBM的樹陰下走出來，這就是答案。