那時的尼米茨是不是後悔過不該去謀殺山本五十六?按常理來講，這一下肯定會暴露美國已經破譯日本密碼這件事，這不是事故而是很顯而易見的謀殺。日本人如果更換密碼的話，美國人以後打起仗來也要多花不少冤枉力氣，到底性價比是怎麼回事，要在以後的戰爭中才能得到逐步證明。
但是尼米茨的擔心，即使如果有過的話，也沒有什麼必要，因為日本人根本就沒有往那個方向去考慮。
日本文化有個很奇怪的特征，就是在全體很曖昧的大環境中又特別相信有絕對的東西存在，尤其是相信一些權威的東西。這次山本喪生的“海軍甲事件”發生以後，人們很自然地會懷疑密碼是不是出問題了，因為從不到這一帶來活動的美國空軍戰鬥機的突然出現實在是太不自然，軍令部首先就懷疑密碼是不是出問題了。但是軍令部作戰部召集來的海軍密碼專家們經過討論得出了一個“絕不可能”的結論，理由是:首先，日本海軍密碼的強度非常高;其次，這次發送山本五十六出行時間表所用密碼等級是日本海軍密碼五等級中僅次於最高級的次高級;再次，當時使用的密碼剛剛更換過。總之，密碼被破譯是不可能的。
當時的海軍省次官澤本賴雄中將在戰後的回憶中說:“官僚集團保身的原則就是’害怕負責任‘”，這樣如果要官僚們自己去認真地尋找原因，恐怕太困難了點。
那麼怎麼向人們解釋這件事呢?
好辦，那隻是一次偶然事故，山本長官的座機很偶然地在某地點遇上了一群正好路過這一地點的美軍飛機，隻是長官運氣不太好罷了。
仔細看看軍令部找來的那些專家的意見就會發現他們的結論很沒有邏輯，他們的論據和結論是沒有關係的，但這不是問題，結論的可信與否僅僅取決於自己是否能夠接受這個結論，用日語來說就是是否能夠“納得”。日本文化的這個不講邏輯，隻講感情的特征現在也能經常看得到，最能說明問題的就是，小泉純一郎首相為美軍在伊拉克找不到“大規模殺人武器”而如此辯解:“薩達姆也還沒找到，是不是薩達姆也不存在?”
其實在中途島之後，就有人懷疑密碼是否已經失效，但最後也是不了了之，那次是因為可能失密的原因實在多得數不勝數，在日本人看來隻要美國人留點心，不知道日本人要去進攻中途島是不可能的。整個來說，可能是曆史的原因，日本沒有幾次對外作戰，甲午戰爭以來的戰爭都是以日本的勝利而告結束，日本人沒有吃過因為失密而導致戰爭失利的虧，因此，日本的保密觀點也差點，尤其是海軍。那些海軍軍官三杯黃湯下肚，什麼知心話都往外掏，中途島作戰前夕，吳軍港所有居酒屋的媽媽桑們沒有不知道聯合艦隊要去一個什麼叫“中途島”的地方的。好像是怕事情還不夠熱鬧，中途島攻略部隊還用平文發出過一封“某月某日以後請將郵件轉到中途島”的電報。
所以日本人完全沒有意識到自己使用的外交和海軍密碼已經失效，僅僅是東條英機手下的憲兵和特高警察更加努力地工作，以防止“失密”。
現在讓日本海軍最頭疼的不是怎麼會有山本五十六的這個“事故”，而是怎麼處理這個“事故”。