謀殺山本五十六是不是符合西洋文化中最講究的“FAIRPLAY”的精神是另外一回事，在作戰上取得了極大的成功卻是不爭的事實。據說在尼米茨下不了殺死山本五十六決心的時候，有部下參謀進言說:“日本海軍失去了山本將軍就像美國海軍失去了將軍您一樣”，這樣尼米茨才下定了決心。這句話完全可以理解為很不失時機的馬屁，不必當真。但實際上山本五十六對於日本海軍比尼米茨對於美國海軍要重要的多。
這種重要性並不意味著山本五十六是一個偉大的統帥，實際上像已經進行了一年半左右的戰爭所證明了的，甚至可以說山本是一個有點無能無策，而又沒有自覺到這一點的統帥。問題不在這裏，問題在於日本軍部，特別是海軍，已經把山本五十六打造成了一尊偶像，一尊全日本國民的主心骨，起碼大部分海軍中下層軍官和絕大部分士兵、老百姓都很認真地相信:日本肯定能勝利。因為他們有山本五十六大將，山本大將肯定會像東鄉元帥帶領他們贏得日俄戰爭一樣贏得這場戰爭。
本來應負戰爭指導責任的軍令部在被指導對象的聯合艦隊麵前抬不起頭來，這已經是大家都知道的事實了。至於具體到下層士兵呢?對於一介士兵來說，本來“長官”這個字是個泛指，所有的上官都是他的長官，就算是專指的話，他所屬的艦隊老大的官銜也是“××艦隊司令長官”，可是在海軍下層，“我們的長官”就是專指山本五十六聯合艦隊司令長官，每個士兵都是一半崇敬，一半自豪地在議論，“我們的長官”又在怎麼怎麼了。
現在，“我們的長官”不在了，這是一個多麼大的精神打擊?
日本海軍，日本人，日本國，能受得了這麼大的精神打擊?
受不了，而且山本被擊落的這一天還正好是杜立特空襲的一周年紀念日。
從相當多的日本人的回憶中可以知道，他們第一次聯想到“戰敗”這個詞是在聽到山本五十六死亡的消息的時候，而這個時候“戰爭”對於他們還僅僅隻是因為不讓鬼畜們掌握情報，所以廣播裏的天氣預報沒有了;因為要造武器打鬼畜，所以日用品短缺了;因為皇軍占領的地方越來越多，所以越來越多認識的人應征入伍;因為皇軍勇士英勇善戰，所以送回來的骨灰盒多了。僅此而已，但是沒了山本五十六就能使日本人開始懷疑戰爭的前景，而尼米茨將軍如果殉職，不管美國人是多麼富有想象力，估計也不會有什麼人會懷疑戰爭是不是要失敗了。
山本的死亡是20日被確認的，這天午後，軍令部總長永野修身進宮上奏天皇，海相島田繁太郎晉見伏見宮博恭王商量對策和聯合艦隊的後任人事。最後決定為了不動搖人心，先將此事封起來，對內使用“海軍甲事件”的代碼來處理這件事。至於人事方麵，則由橫須賀鎮守府司令長官古賀峰一大將接任。4月21日，古賀峰一親補(天皇任命)聯合艦隊司令長官。
4月25日，到任的古賀峰一在特魯克環礁的聯合艦隊旗艦武藏號戰列艦上升起了將旗，但是外人都還以為這麵將旗是山本五十六大將的，其實山本也在艦上，準確地說山本的棺木就在長官室和新任司令長官做伴。
留給新長官古賀的，不僅僅是一副前任長官的棺材，還有一個殘缺不全的司令部，和山本五十六同時遇難的司令部人員有副官福崎升中佐、軍醫長高田六郎少將、航空(甲)參謀樋端久利雄中佐、通訊參謀今中熏中佐，同時參謀長宇垣纏中將、主計長北村元治少將身負重傷。可以說聯合艦隊不僅沒了司令長官，就連司令部也隻剩下了半個。