因為“秘不發喪”，現在古賀就隻能先將就著使用這半個司令部。
古賀峰一和曾經是艦隊派的山本五十六不一樣，兩次擔任駐法海軍武官的古賀倒是首尾一貫的條約派，也反對對美開戰，在海軍中有一定人望。
古賀長期在軍令係統，多次擔任過艦長、艦隊司令一職，對作戰不是外行，也沒有被貼過什麼特別醒目的巨艦大炮派的標簽，相反，因為在艦政本部做過造兵監督官，所以對軍艦建造比較熟悉，是出生於明治中期(1885年)那一代中，對主張航空主兵的青年軍官表示一定理解的為數不多的人中的一個。
早在1937年底，決定開始建造戰列艦大和號的時候，最激進的航空主兵主義者橫須賀航空隊副長大西瀧治郎大佐衝進軍令部要和人拚命，他對軍令部次長古賀峰一說:“造大和是一個時代的錯誤，造一艘大和號的錢能造3000架飛機，你給我3000架飛機，我能把所有的艦隊都炸沉”。
古賀峰一也沒有訓斥大西瀧治郎，而是很困難地尋找著詞彙來想法子說服他:“大西，我不反對航空兵，但是你要知道，天皇出巡必須坐八匹馬拉的馬車，一個國家也一樣，必須有戰列艦。別人有的，我們也要有，這就叫做國家的麵子，叫海軍的麵子，你知道嗎?”
大西瀧治郎還在絕望地掙紮:“那少幾匹馬行不行，咱不用八匹馬，隻用四匹馬，四匹馬拉的馬車也挺氣派了。”
“不行!大西，這不是我古賀次長能夠決定的。”
這段對話在評論大和號時經常被人引用，以說明建造大和號的愚蠢和古賀峰一的開明。
5月8日，古賀在旗艦上召開南洋方麵戰備會議，有關艦隊、戰隊、根據地和守備隊的參謀們雲集聯合艦隊旗艦參加。
開會了，與會的參謀們都覺得氣氛不對，從不遲到的山本長官還沒到會，但可能是視察路過順便參加會議的橫須賀鎮守府長官古賀大將倒正襟危坐在主席台上，這是怎麼回事?是不是換長官了?怎麼沒聽說呢?
開會了，古賀大將一字一句緩慢但很清晰地說:
“聯合艦隊司令長官山本五十六大將已於昭和18年(1943年)4月18日壯烈戰死，現在是本官親補聯合艦隊司令長官之職，請諸君協力，以報君恩。”
出席會議的參謀們都被這個噩耗震昏了，滿場是死一樣的寂靜，人人都咬著嘴唇，似乎在拚命控製著顫抖。什麼?我們的長官死了?現在我們該怎麼辦?既然“我們的長官”都已經戰死，那我們除了戰死還能有什麼別的出路?會場氣氛突然古怪地變得有點悲壯起來。
古賀清了清嗓子，繼續說了下去:“現在本官來說明聯合艦隊司令部對目前戰爭形勢的觀測和對策。”
對於出席這次會議的參謀們來說，古賀新長官所說出來的每一個字，都像一把錘子在敲打著會議室，會議室的空氣被這種敲打震蕩著，讓人喘不過氣來。
古賀峰一頭一句就是這麼說的:“日本海軍的兵力對美比率已經低於了一半”。
接下來的一句是:“而且，拉包兒陸上航空戰(指い號作戰，作者注)的結果導致了決戰兵力的大量損失，現在即使我們所希望的迎擊艦隊決戰能夠進行，我們的勝算也明顯低下，應該說不到三成”。