由於高崗和饒漱石在東北和華東還是做出了一定成就，毛澤東對他們的印象也不壞，認為他們進京可以加強中央的領導力量。
奉調入京的高、饒失去了舊日的小天地，很不自在。他們對人說：“這是調虎離山。”周恩來加強對財政的控製，聽取陳雲、薄一波的意見，實行了新稅製，並把地方政府的稅收權收回北京中央政府手中，計劃委員會也由周恩來的政務院直接領導。這些變動對高崗影響很大。高今後必須征得中央的批準，才能進行任何一項重要工程。周恩來還主張把東北和上海企業的利潤用於開發內地不發達地區。高崗雖為計委主席，也要受到周恩來總理和副總理兼財政委員會副主任鄧小平的製約。周恩來告訴高崗，一切指令須得到中央的批準才能發出。高聽了，激動得像剛喝過酒，臉上的麻坑都泛紅了：“哪個中央？哪個中央？我不是中央政府的副主席嗎？”高又說，黨從來就是由兩個黨合並而成的。有過毛澤東的遊擊隊黨和劉少奇的以北方城市為基地的地下黨。現在需要有新人和新思想了，你們的那一套已經過時，應該“休息”了。
進京不久，高崗就把劉少奇在工作中的一些缺點錯誤搜集起來，加以傳播，並誇大其詞說劉少奇自七大以來犯了一係列的錯誤。
三年的國民經濟恢複期結束後，為尋找一條適應中國大規模經濟建設之路，黨中央主要領導人毛澤東和劉少奇、周恩來等在戰略思想轉軌問題上，產生了分歧。這種分歧集中反映在對幾個重大問題的不同看法上。
第一個分歧是由1951年4月17日，山西省委向中央作的《把老區互助組織提高一步》的引起的。報告認為，由於農村經濟的恢複和發展，互助組發生了渙散，它不是向著現代化和集體化的方向發展，而是向著富農的方向發展。為此他們主張要把互助組提高一步組成合作社。劉少奇、薄一波、劉瀾濤等對此持不同意見，劉少奇在多次講話中認為目前農村的條件不能搞社會主義，農業社會主義化要依靠工業，以為目前組織合作社可以改造中國的農業，使個體的小農經濟走上社會主義農業，那是空想。7月3日劉少奇將山西省委的報告印發給黨內負責同誌和馬列學院的學員，並加了批語，語言激烈地指出了黨內有一部分人害怕資本主義發展，企圖用平均主義去戰勝資本主義的錯誤。事後，毛澤東明確表示支持山西省委的意見，並專門找了劉少奇、薄一波等談話，指出他們的觀點是“右傾”。同時指示陳伯達召集第一次互助合作會議，起草關於農業生產互助合作決議。
再一個大的分歧是國民經濟恢複以後，是否應繼續執行新民主主義政策。劉少奇等認為目前國民經濟雖然恢複，但舊中國經濟文化落後的根本狀況並無大的變化，當前傷害私人工業家和個體小生產者的積極性，就是妨礙了生產力的發展，是“左”傾。為此，劉少奇提出“鞏固新民主主義秩序”的主張。毛澤東對這種主張堅決反對，並作了極嚴厲的批評，認為這是“右傾”。
還有一個就是對“新稅製”的看法。
所謂“新稅製”，是1952年底周恩來批準頒發執行的《關於稅製若幹修正及實行日期的通告》和《商品流通稅製試行辦法》。這些通告和辦法根據“三反”“五反”以後公私關係緊張、市場蕭條現象和中共中央關於第二次調整工商業的指示，取消了對國營企業與合作社在加工、調撥、代購、代銷或包銷的課稅方麵的優惠條件，實行公私一律的平等競爭。
這些措施一度引起物價波動，也引起毛澤東的關注。
高崗首先發難，把薄一波的政策比作布哈林的和平改造。
1953年1月15日，毛澤東給周恩來、鄧小平、陳雲、薄一波寫了一封信，表示了對新稅製的不滿。信中說：“新稅製事，中央既未討論，對各中央局、分局、省市委亦未下達通知，匆率發表，毫無準備。此事似已在全國引起波動，不但上海、北京兩處而已，究竟應如何處理，望你們研究告我。此事我看報始知，我看了亦不大懂……究竟新稅製與舊稅製比較利害如何？何以因稅製而引起物價如此波動？請令主管機關條舉告我。”