周恩來收到信件後，連夜給毛澤東寫回信，談了處理辦法。可見周恩來把毛澤東這封信的分量是看得很重的。
毛澤東看了地方上報來的一些材料，進一步認為新稅製在組織上是政府工作脫離黨中央領導的分散主義錯誤，在政治上是脫離黨的總路線的“資本主義傾向”。
毛澤東的批評是嚴厲的，他直接點了薄一波的名，而且提得很高：“新稅製發展下去，勢必離開馬克思列寧主義，離開黨在過渡時期的總路線，資本主義發展。”但他不願把這件事推到高崗含蓄地提到的極端，所以在會議結束時下了結論：“新稅製的錯誤跟張子善的問題不同，是思想問題，是離開了黨的總路線的問題。要在黨內開展反對資產階級思想的鬥爭。”
毛澤東講話之後，與批評上述經濟政策和思想觀點有關的劉少奇、周恩來都在會上做了不同程度的檢討。
在這一背景下，毛澤東提議並由中央決定，加強對中央人民政府財經部門的領導，撤銷了政務院黨組幹事會（即總黨組），規定政府各部門的黨組直接受黨中央領導，政府工作中一切重要的方針、政策、計劃和重大事項均須事先請示中央，經中央討論決定、批準後才能執行。隨後中央在組織上又作了調整，明確分工：國家計劃工作，由高崗負責；財經工作，仍由陳雲、薄一波、鄧子恢等負責；外交工作還是周恩來；下屬的重工業部、一機部、二機部、燃料工業部、建築工業部、地質部、輕工業部和紡織工業部，都劃歸國家計劃委員會主席高崗領導；所屬的勞動部，也劃歸計委委員饒漱石領導。
1953年5月，蘇聯部長會議第一副主席捷沃西安來北京，與高崗談判有關鞍鋼工程建設。當時擔任翻譯的李越然還記得，在一次交談時，高崗小聲地問：“你說中國要不要消滅資本主義？”
捷沃西安不知話裏有話，毫不遲疑地回答：“當然要消滅！”
“我就是這個意見。”高崗說完，臉色陰沉下來，似有一肚子委屈：“我的意見在我們黨內卻得不到支持。”
捷沃西安的藍眼珠一瞪：“是嗎？是怎麼一回事？”
於是高崗吐出“苦水”：“請你回去報告蘇共中央，就說在我們的中央有人反對我。”
薄一波在《若幹重大決策與事件的回顧》中也談到，高崗在當時東北鐵路係統的蘇聯總顧問科瓦廖夫麵前造謠中傷說，中國黨內有一個以劉少奇為代表的“親美派”。科瓦廖夫隨即寫信告訴了斯大林。於是高崗到處散布說，斯大林不喜歡劉少奇，也不重視周恩來，最賞識的是他高崗。
所以，1960年7月，周恩來曾講過：“斯大林總是用那種傳統的做法，特別賞識高崗，不是把我們黨的領導看成一個整體來做工作，而是把高崗特殊化。”
據葉子龍回憶，毛澤東在1953年3月去蘇聯駐華大使館吊唁斯大林，在返回的路上，車子行至長安街府右街口時，毛澤東突然說他不想再任國家主席了，想盡早從這個位子上退下來。這個話後來也傳到高崗耳朵裏，加上中央可能還有人事變動，這更助長了他的野心。