胡風的主要成就是文藝理論批評，出版過8本文藝理論批評集。通過這一途徑，他培養和扶植了一批作家，形成了自己的文學流派和創作理論。對於胡風的文藝思想，早在三四十年代就有不同看法。有一段時間，重慶、香港一些文化工作者對胡風的“主觀戰鬥精神”、“寫真實”有不同意見，發表過一些批評文章。周恩來明確表示這是內部問題。他強調要培養良好的學術風氣，認為學術上的問題要通過深入研究，充分討論，詳盡說理來解決，決不能強加於人。
到了1950年，胡風不僅被周揚指責為小集團的核心人物，胡風多年前培植過的文學新人舒蕪也在《長江日報》上發表文章批判胡風，《人民日報》予以轉載，並在編者按中再次指出，存在著“以胡風為首的一個文藝上的小集團”，後來《文藝報》進一步明確，這個小集團，“在基本路線上是和黨領導的無產階級文藝路線——毛澤東文藝方向背道而馳的”。《文藝報》開始動員通訊員批判胡風，同意批判的就獎勵，不同意的就批評，直至取消通訊員資格。之後，全國文聯黨組準備批判胡風。周恩來總理得知後指示，要對胡風進行同誌式的幫助，於是改為召開全國文聯黨組擴大會議，討論胡風的文藝思想。會議肯定了胡風的成績，同時對其某些文藝觀點提出了批評。胡風也在會上作了自我批評。對胡風的自我批評，有些同誌很不滿意，再次在報刊上發表文章，對胡風進行公開批判。
批判胡風的觀點一步步升級，甚至發展到了說胡風是存心反黨。周揚也斥責胡風在文藝理論上是反黨的“路線”。也就是說，胡風文藝理論上的問題上升到了路線問題的高度。後來，胡風夫人梅誌在被關押時受審，曾與審問者有這樣一段對話：
“你要從實交代胡風的反革命罪行。”
“我隻知道胡風反對周揚的宗派主義，他提的意見也是針對文藝問題的。”
“啊，你知道周揚是黨中央的部長吧！”
“那知道。”
“那麼反周揚不是反黨嗎？反對共產黨難道不是反革命嗎？”
當時這種推論並不奇怪，它說明了一種傾向。
1951年底，批判胡風的文章連連升級時，周恩來曾約胡風談過一次話，一談談了5個小時。周恩來在詢問過胡風的想法後，針對他說的“周揚的宗派主義”，說道：“我看你也有點宗派主義，有意見要多談談，不要彼此關起門來，老死不相往來。”周恩來還向胡風提出3點建議：“一、你還是要合作，工作得大家一起做。關於三十年代文藝問題，可找周揚好好談談，可能的話，開個小型座談會；二、你的組織問題應該解決，可找丁玲、周揚談談；三、現在中央很忙，來不及抓文藝。中央非常需要了解文藝情況，你可以寫個材料給中央，談你對文藝的看法。”
從周恩來處出來，胡風情緒上輕鬆許多。雖在寒冬，畢竟離春天不遠了。
送走胡風，周恩來就找來秘書韋明，問道：“你怎麼沒有參加？好吧，你沒來，那就我來給你彙報一下吧。”秘書有點窘。但總理還是將他同胡風談話的要點都給秘書講了。而且周恩來在與文藝界人士接觸後了解到一些情況，回來總要問韋明，什麼什麼事你知道嗎？如果回答不出，總理還是那句話：好吧，你不知道，那我就給你彙報彙報吧！周恩來這樣戲謔地說了一句，對韋明來說卻是千斤的壓力，所以對自己分管的工作從來不敢馬虎，特別是對待知識界文化界的名人。
知識分子問題，是開國後毛澤東與周恩來十分記掛的一件事。
中國的知識分子是具有憂國憂民、報效祖國的傳統的。共和國成立後，毛澤東與周恩來經多方努力，將大批海內外知識分子吸引進新政府。成千的在海外求學乃至功成名就的赤子，如李四光、老舍、錢學森等，衝破重重阻撓，歸國效力。但是知識分子的“腦袋”總是裝東西多，想法也多。他們對新社會充滿興趣，對共產黨也很想了解。但同時，由於他們長期受帝國主義和國內反動派宣傳影響，對共產黨的事業和政策缺乏了解，自身存在著輕視工農、個人主義、自由主義等弱點。此外還有少數反革命分子沒有得到清理。基於這些情況，毛澤東和周恩來采取了多種方式，促使他們在實踐中接受教育，轉變舊觀念，更新舊思想。
1951年9月，北京大學馬寅初等12名著名教授響應中國共產黨的號召，發起北大教員政治學習運動。由此開始，首先在北京、天津各高校教師中，開始一個比較集中的思想改造的學習運動。
毛澤東非常讚賞這個倡議，特委派周恩來向北京、天津兩市高校教師學習會作了《關於知識分子的思想改造問題》的報告。
周恩來聯係自己，講得很實在：“我中學畢業後，名義上進了大學一年級，但是正趕上五四運動，沒有好好讀書。我也到過日本、法國、德國，所謂留過學，但是從來沒有進過這些國家的大學之門。所以，我是一個中等知識分子。今天在你們這些大知識分子、大學同學麵前講話，還有一點恐慌呢。不過，我總算是知識分子出身的，對知識分子的改造有一些體會，聯係自己來談這個問題，可能對大家有一點幫助，有一點參考作用，總不至於成為一種空論吧……拿我個人來說，參加五四運動以來，已經有30多年了，也是不斷地進步，不斷地改造。”