“文革”開始後，因林彪的得寵而扶搖直上的葉群終於有了出氣的時候。20年前羅榮桓嚴厲批評她的事，她記憶猶新。在大整羅瑞卿夫婦的同時，葉群將手伸向林月琴，並通過整林月琴來攻擊已逝世兩年多的羅榮桓。她不僅要自己出氣，還要幫著“首長”林彪出氣。
林彪也有此意。有一次他發誓說：“什麼林羅，林羅！林羅從來就不是一回事！林羅要分開！”
1966年8月25日，吳法憲帶頭給林月琴寫了第一張大字報，貼在總參辦公樓的門廳裏。一石激起千層浪，整個總參機關都被驚動了，驚動的不止是內容，而在於它的作者和被攻擊的對象。人們一時議論紛紛：一個空軍的司令怎麼會把“反”造到總參機關來呢？至於內容，則空泛得很，說是林月琴喜歡釣魚，給扣了個“意誌頹廢”的帽子。為了造聲勢，空軍又送來幾張大字報，接著是林彪辦公室支部貼出大字報支持吳胖子的“革命行動”。可是人們議論來議論去，也看不出大字報有什麼重要內容，於是對它的熱情漸消。
葉群在一旁靜觀事態的發展，她想在總參掀起千層浪，可是落下幾顆雨滴之後，天好像晴了。氣急敗壞之中，她決定再添幾把柴，把“火”燒起來。這年的12月，在林彪授意下，總參成立了批判肖向榮的領導小組。葉群向領導小組提出，要在批肖向榮的同時，點名批判林月琴，要把她鬥倒鬥臭，肅清影響。她要領導小組每天向她報告會議情況，除批肖向榮的情況外，還要了解有誰點了林月琴的名，都講了些什麼。就是在此會上，一些人在葉群的鼓動下胡說林月琴組織了“寡婦集團”。
這一期間，林月琴承受著巨大的精神壓力。她的弟弟、民航局的一位一般幹部林寧被誣陷為特務而被迫害致死。林月琴則帶著女兒羅北捷、侄子林洋被軟禁在西山。12月16日，羅榮桓逝世三周年，葉群又將公安部長謝富治搬了出來，連夜秘密逮捕了林寧的妻子陶書秀，把她投入秦城監獄。逮捕的方法經過周密安排，十分神秘。當夜由謝富治在林彪家裏坐鎮指揮，先是派一輛臥車到林月琴家，叫醒陶書秀，要她把林月琴的換洗衣服收拾一下，送到西山去。陶信以為真，上了車，到了西四附近，又讓陶下了車，然後，換乘警車直奔秦城。對一位不識字的家庭婦女如此煞費苦心，實在讓人難以理解；而將逮捕時間定在12月16日——羅榮桓逝世的那天，是存心還是巧合，就不得而知了。
此時，兒子羅東進夫婦住在機關，林月琴被隔離，陶書秀被捕，羅家空了，隻剩下一個司機看門。有一天，林月琴的小女兒臘娜回家來，一看四處無人，急得不行。曾經護理過羅榮桓的三一醫院護士肖寶珠看她孤獨一人，就把她接到三○一醫院當了一名護理員。此後很長一段時間裏，臘娜和母親斷了音訊，彼此不知在哪兒。
1967年2月，“文革”已是大火衝天，葉群也由幕後走到了前台，盡情地演出自己的報複劇。按林彪的旨意，她在京西賓館召開的總政治部一次會議上指名攻擊羅榮桓“反黨”、“反毛主席”；並通過全軍文革小組一名工作人員之口，把羅榮桓和已被貶黜到福建的譚政並列為總政工作做得較少、較差的主任。接著，羅榮桓曾長期領導的總政治部便被林彪一夥打成了“閻王殿”而“徹底砸爛”。
把當時的總政主任肖華打成“大閻王”、許多部長打成“判官”。
“九一三”事件之後，林月琴回到了北京。1975年，鄧小平從江西返回北京，住在招待所裏，便約見了林月琴和她的三個孩子。經過九年動亂，孩子們見到了這位羅榮桓的摯友，不由得悲喜交加，熱淚盈眶。曆盡磨難，鄧小平仍然健壯，樂觀，目光炯炯逼人。他逐一環視著孩子們，深情地說：“要記住你們的爸爸，他是真正維護毛澤東思想的。他反對‘活學活用’完全正確，我和他的觀點是一樣的。”
這年9月，鄧小平在農村工作座談會上回憶說：“林彪把毛澤東思想庸俗化的那套做法，羅榮桓同誌首先表示不同意，說學習毛主席著作要學精神實質。當時書記處討論，讚成羅榮桓同誌的這個意見。”1977年5月，在需要端正黨的思想路線的關鍵時刻，鄧小平就提起這件事：“兩個‘凡是’不行……毛澤東思想是個思想體係。我和羅榮桓同誌曾經同林彪作過鬥爭，批評他把毛澤東思想庸俗化，而不是把毛澤東思想當作體係來看待，我們要高舉旗幟，就是學習和運用這個思想體係。”（《鄧小平文選》）
鄧小平這幾次講話，對1961年他和羅榮桓同林彪的這場鬥爭的意義，作了恰如其分的曆史評價，不僅是對林月琴和她的孩子們的莫大的安慰和鼓舞，也是對後人樹立了一個楷模，那就是要為堅持真理而鬥爭。