毛澤東在傅連賞信上批示：“此人非當權派，又無大罪，似應予保護。”
趁著看管人員放鬆之機，邱會作在紙片上寫信給葉群，發出了緊急呼救信號——“向林總求救！
今後仍同過去一樣，隻要有一口氣，就堅決跟著林副主席走。”
戰功卓著，得中將軍銜
在前文西北工業大學薑明亮等人上書黨中央的信中，兩次提到邱會作。那時，上書者已將他當作“小節無害論”的典型，可見其劣跡已為眾人所知。可林彪為何又重用這樣的人呢？林彪自有林彪的道理。
邱會作是江西興國人，1914年生於一個貧苦的農民家庭，當過放牛娃。江西，特別是興國，有著光榮的革命傳統，受其影響，邱會作很小就加入了革命者的行列。1929年他參加中國工農紅軍時，隻有15歲。兩年後，他從瑞金工農紅軍學校特科團供給隊畢業，在紅軍總供給部當機要統計員。也許是這個經曆，使他後來當上了總後勤部長。他政治上進步也很快，1930年加入青年團，1932年又成為中共黨員，隨後參加了紅軍長征。
遵義會議時，邱會作任中央紅軍第四局三科科長，一直跟隨毛澤東、周恩來率領的中央紅軍長征。抵達陝北後，升任紅軍總供給部部長。1940年，被派赴山東財經工作團，為召開中共七次全國代表大會籌備經費。此後，邱會作相繼在豫皖蘇邊區、新四軍第四師、冀察遼邊區、北平軍調處執行部、熱遼軍區工作，先後與彭雪楓、鄧子恢、李克農、黃永勝共事。
1945年蘇聯對日宣戰，邱會作作為中共派出的5萬幹部之一，隨林彪率領的10萬大軍進入東北，組建東北抗日民主聯軍。林彪擔任東北局書記、東北野戰軍司令員。邱會作時任東北野戰軍第八縱隊政治部主任，與司令員黃永勝搭檔。
給人印象深的一件事是邱會作嚴懲丟失陣地的事。
那是攻打錦州前，10月6日夜，八縱二十三師六十八團副團長韓楓，率三營打下小紫荊山後，麻痹大意，下山吃飯去了。擔任警戒防禦的八連連長也下山去了。下半夜，敵人突然一個反擊，把陣地又奪了回去。
此事驚動了敵我兩方上層機關。南京《中央日報》也立即登出“國軍反擊克紫荊山”的消息。
這時已擔任八縱政委的邱會作火速趕到六十八團。馬上召集全團幹部戰士和全師連以上幹部開會，由他訓話。在山坡下野地裏，他講了不到20分鍾，幹巴利脆，沒有一句廢話，就是明天拂曉後兩小時，必須把小紫荊山再奪回來。然後當場宣布，將六十八團團長和副團長撤職，八連連長槍斃。全場大驚。邱會作下邊的話更是震耳：“這次先殺‘兩條腿的’，下次再出事就殺‘四條腿的’（指有資格騎馬的幹部）。”
副團長韓楓在下邊說一句怪話：“無官一身輕。”邱會作聽見了，說：“一身輕？好，你給我背大鍋去！”副團長被降為炊事員。
而邱會作就在六十八團等著，奪回小紫荊山才走。
錦州戰役結束後，第三天，邱會作在四野指揮部首次見到了林彪，並與之談話。
根據中共中央的部署，東北野戰軍主力在遼沈戰役後不久，即於1948年11月23日起提前結束休整，取捷徑揮師入關。邱會作亦隨軍參加了著名的平津戰役。之後，他又在進軍江南、解放全中國的戰爭中隨四野行動，直至海南戰役勝利。這期間，邱會作先後擔任過四十五軍政委、十五兵團副政委兼政治部主任，繼續與該兵團司令員黃永勝搭檔。
全國解放後，邱會作曆任華南軍區政治部主任、廣東軍區副政委兼政治部主任、第四野戰軍兼中南軍區政治部主任。因其在戰爭中的卓著功勳，1955年被授予中將軍銜。
與林彪結黨，是從“羅瑞卿事件”開始的
1959年廬山會議以後，林彪接替彭德懷任國防部長，為了擴大和鞏固自己的勢力，他提名由追隨他的邱會作，接替“彭德懷線上”的洪學智，當上了總後勤部部長、兼黨組第一書記。邱會作對林彪自此更是感激不盡。
但邱與林之間超乎尋常的特殊關係，應該說是從羅瑞卿事件開始的。
羅瑞卿本來也是林彪的老部下，林彪也一直把他當作“自己人”。但後來林彪覺得他不大聽他的話了，有事也不向他彙報，而是“封鎖”他，林彪便下決心除掉他，讓更貼心的人接替。可是羅瑞卿做事積極肯幹，威信也高，要“拿掉”他也非易事。林彪在處心積慮地采取種種卑鄙手段對羅加以誣陷之時，想不到邱會作先惹了麻煩。
原來在1960年至1965年，總後每年都要接到大量群眾來信，揭發邱會作作風腐化。1965年5月，一位在三○一醫院治療的女病人又來信揭發邱會作的腐化問題。同年10月，身為總後勤部部長的邱會作，竟奸淫了在他身邊工作的女服務員。