後經軍委秘書長羅瑞卿批準，總後召開黨委常委會和監察委員會聯席會議，並由總政治部派領導幹部參加，對邱會作進行教育幫助。邱會作覺得事情不妙，唯恐鬧出去之後一張老臉沒處擱。這時他想起了老上級林彪，便悄悄地跑去訴說自己的困難處境，並告羅瑞卿的狀。林彪對邱會作的毛病早了如指掌，但對他的忠心也從不懷疑，便決定救一把邱會作。
林彪雖然說過要區分大節小節的話，其實要看對象。如果是他反對的人，小節馬上會成為致命傷，他說的“偷雞摸狗是小節”，不過是為邱會作之流開脫。
林彪對邱會作說：“你小節上有些缺點，這是因小失大。他們現在要整你，開你的鬥爭會。他們要開會還是讓他們開。你自己對付他們的鬥爭會，方針由我來掌握。”
葉群自身不檢點，看到此類事反而興奮不已。她看到一個絕好的控製人的機會。她馬上召見邱會作和夫人胡敏，說道：“我同林副主席商量過了。一○一認為，你小節上有錯誤，這是因小失大的事。但你是高舉毛澤東思想偉大紅旗的，是突出政治的，改變了總後勤部過去曆來見物不見人的最大毛病。他們要開你的會，讓他們去開，你自己去對付他們的會，但方針由我們來掌握。”
這樣一說，這位好色之徒像吃了一顆定心丸，千謝萬謝地走出毛家灣。不久，林彪特意對解放軍後勤工作發了個指示，肯定了邱會作在總後勤部的工作成績，保他過了關。
邱會作保住自己的烏紗帽，把林彪看作是救命恩人，同時對羅瑞卿更增長了仇恨，很自然地參與到迫害羅瑞卿的幫凶之列。
1965年冬，林彪啟動對羅瑞卿的迫害。他指示海軍副司令員從海軍角度誣陷羅瑞卿。李作鵬言聽計從，夥同海軍第二政委王宏坤、海軍政治部主任張秀川密謀策劃，寫出一份7000多字的材料，誣陷羅瑞卿對海軍“懷有巨大的陰謀”，“有不可告人的秘密”，“是想占領海軍這個陣地”，為林彪提供攻擊羅瑞卿的炮彈。此後，林彪、葉群又通過拉、打結合的手段將吳法憲牢牢地綁上毛家灣的戰車，要求他提供材料，徹底揭發羅瑞卿。被林彪“打撈”起來的邱會作，不等主子發話，主動出來往羅瑞卿身上潑髒水，這一則是向林彪報恩，二則也是發泄自己心頭的仇恨。
經過林彪、葉群的陰謀策劃，羅瑞卿在上海會議上遭到四處圍攻，重點是葉群長達11小時的重點進攻，加之吳法憲、李作鵬的“旁證”、“佐證”，邱會作則敲起邊鼓，在會議上竟連續4次發言，攻擊羅瑞卿，說羅瑞卿野心大，企圖“在軍隊造一個羅家天下”。
會議開了三天以後，正在西南視察的羅瑞卿才被接到上海，立即隔離，進行背對背的揭發批判。會後解除了羅在軍隊中的職務，讓他反省檢查交代問題。
1966年底，羅瑞卿被關押起來。邱會作餘恨未消，還向上打報告要求鬥羅，致使羅瑞卿多次被用籮筐裝著拉到群眾大會和軍隊幾個大院去批鬥，上演了軍隊曆史和中國曆史一大慘劇。
除掉傅連，為林彪再立新功
“文化大革命”一起來，全國到處都在揪“當權派”。作為總後第一把手的邱會作也在所難免。總後機關的“文化大革命”之火燒到了邱會作頭上。邱會作經常被揪鬥，總後造反派對他實行“車輪戰”，使他沒有喘息的機會。邱會作終於支撐不住，在總後禮堂昏厥過去。
林彪再次出麵保護自己的老部下。他派人把邱接到西山，並親筆批示：“沒有我和中央軍委葉劍英的命令，邱會作不許下西山。”在邱會作被批鬥時，周恩來、徐向前也出麵保護過他，當時保護他是正確的，這與林彪的出發點不同。林的意圖是，通過撐起保護傘向老部下施以恩惠，使老部下更加體會他的“好處”，以便堅定地孝忠於他。因此，邱挨批鬥到一定火候，林彪便出麵說話。其餘幾人：吳法憲、黃永勝、李作鵬等也是如法炮製。
1966年8月10日，林彪利用彙報工作的機會，就軍隊機關“文化大革命”和幹部路線作了講話，他有針對性地說：
“……兩種幹部政策。一種是注意小節，不注意大節；一種是也注意小節，小要是注意大節。有的幹部小節不那麼好，但是擁護毛主席，突出政治，有革命幹勁。還有一種幹部，小毛病不多，沒有什麼男女關係問題，人緣也好，是和事佬，他也不偷雞摸狗的，但是他反對毛主席，反對突出政治，如果用這種幹部，我們的軍隊會變成修正主義的軍隊。我們的幹部政策，要注意大節。……對於小節有錯誤的人，為了用他，就要批評他……玉不琢不成器。”
不久，林彪利用自己的地位和手中的權力，繼續把邱會作打扮成一副“左派”的麵孔，說他“反羅瑞卿有功”，是“高舉毛澤東思想偉大旗幟的”，“突出政治的”，“有幹勁的”，總之是符合“好幹部”條件的。