後來小王從林辦司機那裏才得知葉群情緒低落的原因。司機小張說：“陳老夫子拋出了一個‘論天才’，毛主席不幹了，發脾氣了，在夜間寫了一小篇文章，題目叫什麼‘我的一點意見’，批了陳老夫子，還批了幾位首長，讓他們作檢查，看來會議要延長。”小王明白了。
9月1日，中央政治局和各大組召集人開會，毛澤東在會上指出：凡是在這次廬山會議上發言犯了錯誤的人，可以作自我批評、檢查。當時毛澤東點了陳伯達的名字，要他作檢查。毛澤東還要林彪召集吳法憲、葉群、李作鵬、邱會作這些人開會，聽他們的檢查。
9月2日，林彪按照毛澤東的指示，召集陳伯達、吳法憲、葉群、李作鵬、邱會作開會。汪東興也參加了。毛澤東讓他參加這個會有兩個目的：一是了解一些情況，因為他們這些人是不會把情況全部如實地彙報的；二是汪東興在華北組也發了言，也要接受批評和教育。
會議開始時，林彪說：“今天，找你們開個會。你們在會上為什麼要在同一個時間發言，為什麼都引用了同樣的語錄。你們要坦白，要交代。”
林彪講完後，到會的人都不發言，有的看材料，有的喝水。過了一段時間，林彪又說：“嗯，為什麼沒有人發言？”這時，汪東興發了言，批判了陳伯達。
他指出，華北組的討論就是陳伯達放炮後搞亂的。林彪聽了，表情很尷尬。汪東興發言後，他們七嘴八舌地講了一些，會議很快就散了。
散會後，汪東興向毛澤東彙報了情況。他講完林彪召集開會的情況後，毛澤東哈哈大笑，他問：“會還開不開？”
汪東興說，林彪打了招呼，說再開會就通知，不通知就不去了。
9月3日，林彪又開了一次會，沒有通知汪東興去參加。直到九屆二中全會散了，也沒有再通知他去參加他們的會議。毛主席知道後說：“不要你了。說明你不是那個圈子裏的人。”
9月2日以後，各小組就開始集中批判陳伯達了。在華北組，汪東興按毛澤東的指示作了檢討後請假了。9月4日，毛澤東找林彪談話。9月5日，毛澤東找陳伯達談話。9月5日下午，毛澤東和周恩來及康生談了如何結束會議等問題。
9月6日，全會基本上通過了《中華人民共和國憲法修改草案》；通過了向全國人民代表大會常務委員會提出的關於在適當的時候召開四屆全國人大的建議；批準了國務院關於全國計劃會議和1970年度國民經濟計劃的報告；批準了中央軍委關於加強戰備工作的報告。
9月6日下午，九屆二中全會閉幕。在閉幕會議上，毛澤東對黨的路線教育問題、高級幹部的學習問題、黨內外團結問題，發表了重要的意見。
毛澤東在講到高級幹部讀馬、列的幾本書的問題時說：“現在不讀馬、列的書了，不讀好了，人家（指陳伯達）就搬出什麼第三版呀，就照著吹呀，那麼，你讀過沒有？沒有讀過，就上這些黑秀才的當。有些是紅秀才喲。我勸同誌們，有閱讀能力的，讀十幾本。增加對唯物論、辯證法的了解。要讀幾本哲學史，中國哲學史，歐洲哲學史。一講談哲學史，那可不得了呀，我今天的工作怎麼辦？其實是有時間的。你不讀點，你就不曉得。這次就是因為上當，得到教訓嘛，人家是哪一個版本，第幾版都說了，一問呢？自己沒有看過。”
毛澤東在講到廬山會議這場鬥爭，說林彪一夥大有炸平廬山、停止地球轉動之勢時說：“廬山是炸不平的，地球還是照樣轉。總而言之，無非是有那個味道。
我說你把廬山炸平了，我也不聽你的。”“你就代表人民？我是十幾年以前就不代表人民了。因為他們認為，代表人民的標誌就要當國家主席。我在十幾年以前就不當了嘛，豈不是十幾年以來都不代表人民了嗎？我說誰想代表人民，你去當嘛，我是不幹。你把廬山炸平了，我也不幹。你有啥辦法呀？”
毛澤東在講到黨內外團結問題時說：“不講團結不好，不講團結得不到全黨的同意，群眾也不高興。所謂講團結是什麼呢？當然是馬克思列寧主義基礎之上的團結，不是無原則的團結。提出團結的口號，總是好一些嘛，人多一點嘛。包括我們在座的還有一些同誌，曆來曆史上鬧別扭的，現在還要鬧，我說還可以允許。此種人不可少。你曉得，世界上有這種人，你有啥辦法？一定要搞得那麼幹幹淨淨，就舒服了，就睡得著覺了？我看也不一定。到那時候又是一分為二。黨內黨外都要團結大多數，事情才幹得好。”
周恩來、康生在閉幕會上也講了話。會上，中央還宣布了對陳伯達進行審查。
9月6日，會議結束，人員將陸續離開。林彪等人也要下山了。
會議期間，林彪和葉群住的304號別墅，是用磚和水泥砌起來的有些像日本式的別墅，旁邊就是汪精衛當年住過的303號別墅，林彪嗅到了這場鬥爭的硝煙味，就對程世清說他要住到部隊療養院的別墅裏。
林彪對葷腥不感興趣，隻愛吃點魚。但一定要吃活魚。他吃魚很有講究和嚐辨能力。死魚活魚一沾舌頭就能品出來。一天，擔任他生活管理員的老楊，從廬山一小（全會中央領導同誌生活用品發放地點）把林彪喜歡吃的菜，用擔子挑到住地，路中約有三裏來距離，其中的一條武昌魚，挑到林彪住地時已經咽氣了，也就死了一個鍾頭。老楊知道林彪的習慣，想回去再買一條，被廚師勸住了：“跑來跑去，天氣又熱，會累壞你的。魚是剛死的，我做好一點，是吃不出來的。”挑擔子爬山路，老楊的確也累了，就沒再回去買。誰知魚燒好後端到林彪麵前，林彪用筷子夾一點，放在嘴裏，說這是死魚。他也不發火罵人，隻是把魚盤推到桌子一邊不吃了，弄得老楊和廚師都十分難堪——其實現代醫學發現，活魚殺了就燒並不好，最好殺死後等半個時辰再燒，魚體內的某種有害物質會分解。看來林彪隻迷信中醫藥，所以也健康不起來。