受降雨影響，加上西江暴雨區移動路徑與河流走向相一致，珠江流域發生大洪水，西江中下遊發生特大洪水，部分幹支流發生超曆史記錄的洪水，其他河流則為常遇洪水。6月12~20日暴雨區各河相繼漲水，並於19~24日出現最大洪峰。
西江幹流武宣站6月22日10時洪峰水位62.85米，洪峰流量39700立方米／秒，均大於“98·6”洪水；大湟江口站6月16日8時起漲，受上下遊潰堤和堤圍漫頂的影響，23日5時出現洪峰水位37.54米，超過了1994年的曆史最高水位0.02米，列1951年以來第1位，洪峰流量42400立方米／秒；梧州站6月23日10時洪峰水位26.75米，超過1998年而次於1915年，列1900年以來第2位，洪峰流量53900立方米／秒；高要站6月24日6時洪峰水位12.68米，洪峰流量56300立方米／秒，超過了1998年的曆史最大流量52600立方米／秒，列1931年以來第1位。
受西江、北江來水及潮汐頂托的共同影響，珠江三角洲馬口站6月24日17時洪峰水位8.97米，洪峰流量52100立方米／秒，超過了1994年的曆史最大流量47000立方米／秒，列1915年以來第1位；三水站6月24日17時洪峰水位9.20米，洪峰流量16400立方米／秒，超過了1994年的曆史最大流量16200立方米／秒，列1946年以來第1位；西江、北江洪水彙入珠江三角洲以後，與天文大潮相遭遇，致使6條入海水道部分測站超過曆史最高潮位0.01~0.21米。
西江支流蒙江太平站6月21日洪峰水位43.03米，洪峰流量8620立方米／秒，超過2002年，均列1953年以來第1位。東江支流利江新源站6月23日洪峰水位85.31米，超過1983年，列1976年以來第1位；新豐江順天站6月23日洪峰水位117.78米，超過1974年，列1957年以來第1位。
2005年6月珠江洪水造成廣西境內西江沿江地區嚴重洪澇災害。桂林、梧州等9個縣城一度進水受淹。長塘水庫（小二型）壩體過水垮壩。廣西68個縣共776.1萬人受災，農作物受災麵積43.4萬公頃，絕收麵積13.2萬公頃，因災死亡56人，倒塌房屋17.72萬間，直接經濟損失77億元，其中水利工程直接經濟損失11.0億元。廣東有8個縣城一度進水受淹，部分地區發生了較嚴重的洪澇災害。水流礤水庫（小二型）溢頂垮壩。京九鐵路龍川至惠州區間一度中斷。廣東農作物受災麵積21.7萬公頃，成災12.7萬公頃，受災人口445.97萬人，因災死亡65人，倒塌房屋5.41萬間，直接經濟損失47.72億元，其中水利工程直接經濟損失10.47億元。