三別抄當初退守耽羅島，倉促之間修築起來的城寨雖就地取材以石料為垣，但城樓、屋舍等上層建築則多是以木材和草材為建築材料。在高麗軍的火箭圍射之下，城中很快就濃煙滾滾了。在熊熊火光中，屋舍紛紛垮塌。三別抄軍心大亂，大部放下武器開城投降，隻有首領金通精帶著殘兵七十餘人殺開一條血路，逃入深山。當然不久之後，這僅存的七十餘人也被留守島上的軍隊全部肅清了。
金方慶率軍開進內城，城內三別抄親眷料想此番定然凶多吉少，哭聲一片。金方慶卻宣布了頗為寬大的政策：“王師此次前來，隻殺領頭造反的，其餘人不必害怕！”當然他也是這樣做的——在將三別抄頭領六人及親黨三十五人斬首之後，其餘一千三百多名三別抄降卒全部放回原籍，重新做回了平民百姓。能少殺人就少殺點人吧，已經打了幾十年的仗，再這麼殺下去，估計王侯將相們都得自己親自下地種田了。
平定耽羅之後，忻都以失裏伯為耽羅國招討使，尹邦寶為招討副使，在島上設置官署進行管理，並留蒙古軍五百駐守。金方慶也留下將軍宋甫演和中郎將康社臣、尹衡領高麗軍八百、外別抄軍二百駐守。至此，耽羅成為元朝屬地，作為東征日本的前哨基地，大量蓄養馬匹，打造戰船。當然，遠離中土、四麵環海的地理位置也是流放犯人的天然監獄。
值得一提的是，終元之世，耽羅在元朝與高麗之間轉手數次——高麗方麵多次請求元廷歸還島嶼，於是元朝為了安撫高麗就多次將其交付高麗管理；但元朝又打心眼兒裏舍不得這麼個寶島，於是期間又多次以各種理由將島嶼重新收歸朝廷直轄。元朝末年，竟然還在島上修建起了宮室殿閣，甚至元朝在中原的統治結束之後，還有元順帝將上島親自指揮蒙古軍反攻大陸的傳說。當然，這樣的傳說顯然是不可信的，蒙古人要逃也是往草原沙漠裏邊逃，不會想到逃上海島的。這樣的傳說顯然隻能是一有風吹草動就往海島上竄的高麗人才意淫得出來。
因平定三別抄，金方慶又升官了，官拜侍中，加封開府儀同三司，在高麗那片兒也可以算是位極人臣了。當年七月，金方慶在大都受到了忽必烈的親自接見。在宴會上，忽必烈大汗特別邀請他坐到僅次於蒙古帝國宰相的席位上，並特別賞賜了金鞍、彩服、金銀等大量財寶。如此的特殊恩遇，對於被歸於“漢人”這一第三等級的高麗人來說，已然是十分難得了。
耽羅島之戰成就了金方慶的名將之名，使他的事業達到了頂峰。而這一次較小規模的跨海登島作戰，也可以被視為即將展開的那一場更大規模、更遠距離的跨海登島作戰前的一次預演。
經此一戰，蒙古人不再像最初那樣畏懼海洋了，他們自信滿滿地對高麗人說道：“隻要你們能把我們運過去，我們就能打勝仗！”
“隻要你們能打勝仗，我們就能把你們運過去！”這是高麗人的回答。
然而，所有的蒙古、高麗將領都忽略了一個問題——攻打小島和攻打大島其實完全是兩回事！不久之後，他們就將深刻地體會到這一點。
第二十八章趙良弼的努力
讓我們把時光稍稍倒退到三年之前，也就是至元七年（1270）的十二月。在這個月，忽必烈第四次派出了詔諭日本的使團，團長名叫趙良弼。