小獵犬號從英國出發兩個月後，在二月份一個潮濕悶熱的上午9時到達了南美。它沿著滿是茂盛的香蕉樹和椰子樹的海岸駛過一片平靜的水域，靜靜地進入巴伊亞的古老城鎮聖薩爾瓦多腳下的萬聖灣。
對於查理來說，這一天可是等得太久了。他已經體會到海上生活的單調乏味也就是說，一艘今天可以用作軍艦的雙桅橫帆船明天就可能變成自己一個可怕的牢籠如果一個
人有個總跟他過不去的仇敵。他和麥考密克的關係已經嚴重惡化，不再僅僅是粗魯，而是近乎一種略為掩飾的仇視。
頭天晚上，躺在輕輕搖晃的吊床上，他向室友菲利普吉德利金講了自己對麥考密克的反感。
那人總跟我作對，我也說不清為什麼。他是個蠢驢，喜歡恪守細枝末節，簡直不配叫做自然科學家。而且他很庸俗。一句話盡管我非常不喜歡那樣的字眼他純粹是個下賤坯子。
明擺著的。
而且我怎麼也搞不明白他為什麼那樣不喜歡我。
道理也很明顯，你擋了他的路。你是他實現自己苦心追求的目標道路上的一個障礙。
會是什麼呢？
誰知道呢？也許是名聲、社會地位之類的人們所企求的虛榮和無價值的東西。
查理沒有回答。他想起他曾認識的一些博物學家，他們借助自己的研究攀上社會地位的階梯。如果一個人搜集了數量可觀的標本，博得一個專家的名聲，他完全有可能獲得一定的社會地位，甚至獲得爵位也未必不可能。
對照而言，查理感到高興的是，自己不必為社會地位而操心。他能純粹出於認識論的目的，專心一意地投身於科學研究之中。他告訴自己說自己不是個勢利的人他為自己善於和各行各業的人打交道而自豪但他覺得很不可思議的是，在和傑米巴頓這樣的野蠻人在一起時反倒比與自己的同胞在一起更要舒坦。
年輕的金轉身朝向牆壁，擺成一個見過世間太多險惡的人沉思的睡姿，最後說了一句：總之，我讚同拜倫的觀點。我要說讓所有的人都見鬼去吧。
查理迫不及待地上了岸。當他從小帆船跨上碼頭，他的雙腿在堅實的地麵上直晃悠。他在狹窄的街道上閑逛，然後朝中央廣場的大教堂走去。在密集的人群中，他感到悵然若失。他仔細地看著那些人群：有戴著錐形帽子的牧師，乞丐，大搖大擺的英國水手和背上披著長長的黑發的漂亮女人。
但沒過多久，他看到的景象讓他覺得自己撞進了一個比船上的一切都更讓人難以忍受的地獄：非洲奴隸，黑如鍋底，被人肆意驅使。他們赤裸上體，在港口的勞工船上，上身匍匐在船槳上拚命劃著，頭上是皮鞭在飛舞。靠了岸，他們用頭頂起大包的貨物，急匆匆地上岸去追上他們走了老遠的主人。
查理想，馱運貨物的動物也比他們強。他驚愕地發現，那些奴隸驚惶地急忙給他讓開道，眼睛看著地麵，不敢與他對視。刹那間，所有那些他曾在喬斯舅舅的餐桌上看到過的對奴隸製的抨擊，他曾聽到過的那些激烈的言論，所有那些狂熱的召喚，都如洪水般湧了上來，讓他血液沸騰。他想起了約翰埃德蒙斯通。那個獲得自由的奴隸非常友善，好幾年前就在愛丁堡教會了他剝製標本。他是如此地憤慨，這種正義的情感充滿了他的全身。
而就在這一刻，在小獵犬號船上，麥考密克與巴塞洛繆詹姆斯沙利文也在談論著同一個話題。醫生在下層甲板上，說的話菲茨洛伊能聽到，但他假裝不知道他在那裏。
你不知道嗎，麥考密克說，我們的達爾文先生一家人是站在廢奴運動最前線的？
不知道，海軍上尉副官回答說。
實際上，韋奇伍德家在反奴隸製協會中非常活躍。他和他們有直接交往，而且通過他妻子，他也與他們有聯係。他們設計了一種陶瓷的奴隸小男孩，套著鎖鏈，跪在一排字下麵：
難道我不是一個人、一個兄弟嗎？
我見過。
肯定嘛，那麼有名。
奴隸製度是最麻煩也是最複雜的問題，沙利文說。規定販賣奴隸為非法是一回事，而要在海外領土上廢除蓄奴製又完全是另一回事。
我讚同這一觀點，但恐怕達爾文先生不會同意的。在這一問題上，他是個狂熱分子。
現在他還是嗎？
絕對。事實上我曾聽他說，他難以忍受與意見相左的人為伍。實際上他說簡直不願與一個道德觀念和他差距如此大的人共同進餐。
沙利文吃了一驚。
你指的是我們的船長？
一點不假。讓達爾文先生最惱怒的，是菲茨洛伊船長不同意小獵犬號應為根除西班牙和葡萄牙的販奴貿易而戰鬥。我覺得在這點上他這樣說船長實在是太放肆無禮了。
菲茨洛伊返身退到主桅影子下，他的臉上籠罩著憤怒的陰雲。
那天晚上，查理遊玩回來。他發現菲茨洛伊話特別少，整個晚餐兩人都沒說話。他又一次覺得自己成了船長陰沉的目光審評的對象。
事也湊巧，幾天後，兩人與皇家海軍艦艇薩馬朗號與他們共用一個停泊區的一位叫佩吉特的船長一起進餐。而這位客人正好幾乎不會談其他的，就會講他聽說過的種種奴隸製駭人聽聞的暴行。他講了一個又一個什麼有的奴隸被打得隻剩一口氣，什麼家人分散被賣給不同的主人，以及逃跑的人被像狗一樣追捕等等。
佩吉特船長承認，有的主人對待奴隸還算仁慈，但即使是他們也對奴隸們的慘狀視而不見。他想起一個奴隸曾說過的一句話：若是我能再見到我的父親和兩個姐妹，我會感到非常幸福。我永遠也不會忘記他們。
菲茨洛伊提出了不同看法。他講起一次去拜訪一個大莊園主的事。為了證明自己的奴隸並非過得不幸，莊園主一個一個地把他們叫來，問他們是否願意獲得自由。
結果沒有一個人不是說：不，他們不願意。哈，相比於他們自己謀生忍饑挨餓，他們在他手下要過得好得多，他宣布說。
說罷，船長吃完自己的最後一片羊肉，喝光酒，扔下餐巾，似乎是要終止對那一問題的所有討論。不久，佩吉特也回到了自己的船上。而查理正在怒火中燒，他不能讓這個話題就此作罷。借著白蘭地的酒興，他問船長是不是不能理解自己對一種製度把人降格為動物的極大憤慨。
我還遠夠不上為奴隸製辯護，船長說。但我所不能讚同的是你堅信奴隸必然過得不幸，是對上帝賜予他們的命運的踐踏。在我們家的莊園上，我看到佃農們因為有人為他們的安康操心而無比感恩戴德。在我看來，一個善良的主人對於一個生活無有著落的人來講，應是一大福祉。這一點，他們很多人都會承認。
查理幾乎難以自抑。他問菲茨洛伊難道不覺得，當一個奴隸當著他主人的麵被問到這個問題時，他很可能會尋找他認為主人喜歡聽的話說嗎。
聽到這話，菲茨洛伊勃然大怒。
見你的鬼去吧，他衝口說道。你幾乎掩飾不了你的想法，覺得自己比周圍任何人都要高尚。你這種輕視態度不適合你的身份。
他站起身，把杯子砸在牆上。
如果你頑固不化，還這樣看周圍的人，那我就覺得我們沒有理由繼續一起進餐了。
說完，他怒衝衝地走了出去，扔下查理目瞪口呆地坐在那裏。他馬上跟著出去了。弄成這樣的場麵，他難以再留在那人的房裏。他剛一出去，就看到菲茨洛伊在莫須有地痛罵可憐的惠格姆。這位首席高級軍官隻得克製住自己，滿臉通紅地盯著甲板。
後來，惠格姆提出讓查理到食堂和其他軍官一起用餐。但沒過一會兒，菲茨洛伊情緒又是突然變化派人送去一封言辭懇切的致歉信。查理考慮到船上的安寧，決定不再計較這次冒犯。然而，他對菲茨洛伊的看法不再像從前了他放棄了近乎幼稚的偶像崇拜並發誓當小獵犬號到達裏約熱內盧並利用那裏作為基地對沿岸上下的近海水深進行探測的時候，他將到岸上去。
船進港後，查理信守誓言，在科爾科瓦杜山腳下的博托福古城郊租了一個農舍。他與金和奧古斯塔斯厄爾住在一起。厄爾是輪船上的美術家，對這個城市非常了解。他領著他們在城市中心區域硬結的低窪地帶進行了一次庫克式的探險之行。
查理花了整整一周時間把他的標本進行打包和裝箱，並托運給英國的亨斯洛。接著，他又急於去內陸地區考察。查理在那裏正好遇到一個叫帕特裏克倫農的愛爾蘭人，於是便與他一道騎馬北行，到他大約100英裏外的咖啡種植園去。