掌握了軍隊，就掌握了一切，在很多時候，這是真理。
因為掌握了內衛，並在很大程度上控製了左、右羽林衛及左、右金衙衛，李晨在很短時間內就控製了大明宮和太極宮中的局勢，繼爾將整個長安城的局勢都控製住。
所有不願意支持他的將領，都在第一時間內被清洗出局，換上他信任的人。
裴炎、李敬玄及其他反對他的大臣，也基本被他清洗出去。很多大臣是被免或者被貶，一些是主動提出辭職或者致仕。對於主動提出辭職的這些大臣，李晨也給了他們麵子，沒有難為他們。
經過忙忙碌碌地十幾天，長安城內的局勢基本平靜下來，李晨完全控製住了一切。
李顯的喪事也如期進行，李晨依武則天的授意，給予了李顯高規格的追贈，給予其“孝和皇帝”的諡號，廟號為高宗，將其墓葬之命名為“定陵”。
不過李晨並不急於登基稱帝，現在時間已經是接近年末的九月底，他準備過了年後，再登基稱帝。
這段時間，朝事可以假借武則天名義，代為處置。武則天也是挺配合的，在這些事情上並沒難為他，而是盡量配合。在公開場合，她也一再重申，她完全支持李晨繼位稱帝，並相信李晨能給大唐帶來繁榮昌盛，讓李晨當大唐的皇帝，會是天下之大幸。
隻不過兩人之間的私情卻完全斷絕，兩人即使單獨相處，也沒有一點曖昧。這主要是武則天之故，她一副公事公辦的樣子對待李晨，絲毫不流露出熱情和渴望。
李晨知道，武則天肯定恨他，對此他也早做好了心理準備，沒太多的在意。
當然，暗地裏的朝政決策權，還是大部分在他手上，朝中官員的變動，也主要是他的主意。
裴炎被貶，李敬玄主動提出致仕，薛元超也去了職，歸隱了，武則天親自提拔重臣都離開了朝堂，她的影響力也基本在李晨身上。李晨還算尊重她，在朝事及人事任免上，會問詢她的主意。
李顯的喪事結束後，李晨也改組了政事堂，他有了初步往內閣製度改變的想法。
李晨知道，權力過於集中並不是好事，為了子孫後代，為了大唐的江山穩固，為了社會的穩定發展，他必須要有取舍，後世那些成熟的製度，他必須借用，一步一步讓時代朝前發展。選舉製度不可能在這個時代出現，但那些比現在製度先進，可以在這樣時代實施的東西，他可以弄出來。
也在完全控製局勢後，李晨也很快撤換了朝中很多官員。
他重新拔高了尚書省官員的權力，以尚書令為尊，委裴行儉為尚書令，為百官之首。
再以狄仁傑為尚書左仆射，駱賓王為尚書右仆射，張柬之和劉審禮為中書令，魏玄同和岑長倩為侍中，魏玄同領吏部尚書。這七個人加裴行儉組成政事堂，以裴行儉為首輔大臣。
郭正一和郭待舉依然為黃門侍郎，王德真和劉景先為中書侍郎，魏元忠為禮部尚書，原任中書舍人的李嶠被任命為戶部尚書，李懷遠以兵部左侍郎身份主持兵部事務，兵部尚書之職暫時空缺。韋承慶以刑部侍郎身份主持刑部事務，尚書之職也暫時空缺，敬暉以刑部侍郎身份主持刑部事務，桓彥範以工部侍郎身份主持工部事務。