故事要從1962年說起，美國國防部和其下屬高級計劃署（DRAPA）秘密成立了一支特殊部隊，名為“黑色守望”（Blackwatch）；其成立初衷是使用生化戰抵禦美國的一切威脅以及海外敵對勢力，該部隊一切行動都屬於絕密。1963年，黑色守望的研究人員發現了一種病毒，在靈長類動物身上進行的實驗表明，通過DNA的融合，該病毒可以在基因層麵上大大提高物種的智力、力量等等身體要素，他們將該病毒命名為DX－1118。隨後，以該病毒為中心的“黑光”（Blacklight）計劃展開。
1964年，黑光計劃正式開始，黑色守望部隊在美國愛達荷州建立了一座小鎮，名為“希望”。（HOPE），並將一批陣亡士兵的家屬遷居此地。他們謊稱該處是用於模擬核戰之後人類聚居區的實驗場地，而被蒙在鼓裏的軍屬們卻對真正的計劃一無所知。黑色守望對居民注射了病毒，此時的病毒似乎對感染人群沒有起到絲毫作用。1965年，希望鎮上的第一名嬰兒出生，其父母身上被注射的病毒在嬰兒體內產生的變異對嬰兒本身似乎也沒有影響。然而一切的平靜都在1968年8月被打破了，希望鎮突然爆發疾病，黑色守望隨即將全鎮封鎖，將近70%的居民被感染，剩下的人則被隔離在鎮內等死。將近一年人間地獄般的日子過去，到了1969年7月，除一人以外，希望鎮上四百多名居民全部死亡。唯一的生還者名為ElizabethGreene（伊麗莎白·格林），而她在被發現時已經懷有身孕。
黑色守望的清除行動隨即開始，他們將伊麗莎白·格林帶走，並用核彈將整個希望鎮夷為平地。當時負責清除行動的是PeterRandall中尉（彼得·蘭德爾，即遊戲中的獨臂將軍），他在強行帶走伊麗莎白·格林的時候被她抓傷了手臂，蘭德爾為製止感染，毫不猶豫自斷左臂，而且他還因為湮滅證據有功而晉升為少校，並在後來成為將軍，成為了黑色守望的最高指揮官。希望鎮事件發生之後，黑光計劃停止，黑色守望部隊的最高宗旨被更改為“探查並消滅美國國土上的一切未知病毒活動，不論人為或自然原因”。
伊麗莎白·格林在次月被轉往位於馬裏蘭州迪崔克堡的黑色守望基地，並在那裏產下一名男嬰，黑色守望賦予其代號PARIAH，並將其從母親身邊帶走（此孩子的命運暫且按下不表）。伊麗莎白·格林在隨後幾十年中屬於與外界完全隔離的情況。有證據顯示，她在此期間沒有成長發育，沒有流汗，沒有肌肉抽搐，甚至沒有眨眼，處於完全靜止的狀態，好像在等待著什麼。
“希望”小鎮事件過後，黑色守望在美國軍方中的地位也迅速提高，隨著時間的推移，黑色守望逐漸演變成為了政府管轄的真正意義上的雇傭軍公司，其規模也是全世界最大的。
轉眼時間到了1989年，RaymondMcMullen（雷蒙德·麥克馬倫）博士創立了GENTEC“簡泰克”，並成為了黑色守望的下屬研究機構，他認為黑色守望短視，認不清DX－1118（黑光病毒）的價值，於是重啟黑光計劃，並將伊麗莎白·格林轉至簡泰克的研究中心，從她身上研究病毒的新進化品種。
大約20年後，一個名叫亞曆克斯·默瑟的年輕科學家順利通過了簡泰克公司的麵試，成為了正式員工，而悲劇也就此開始上演。
在這裏先談談亞曆克斯的身世吧：
亞曆克斯經曆了一個殘酷的童年。前9年他是在孤兒院度過的，10歲時終於回到剛剛出獄的母親身邊——盡管這對亞曆克斯來說這並不比在孤兒院過得幸福。但是他的聰明才智給了他一個離開悲慘過去的機會。他不信任任何人，沒有朋友，從不在乎別人怎樣看待自己，隻把自己的工作作為慰藉。當被簡泰克聘用時，亞曆克斯已經是一名反社會的邊緣人士。
在哥倫比亞大學獲得遺傳學學位後，亞曆克斯被簡泰克雇傭並成為了“黑光”項目的主要研究員。他的小組主要工作是對政府給予他們的病毒樣本進行研究，並將它們武器化。病毒樣本表現出了奇異的特性，能夠複製並模仿感染宿主的基因情報。在亞曆克斯的協助下，工程小組製造了傳染性強效果強力代號“黑光”的病毒。亞曆克斯的本領使他被簡泰克重用，他的研究成果遠遠超出其他競爭者。