在這些成果完成之後，亞曆克斯成為了黑色守望的潛在注意對象。但是他忽略了一點，黑色守望就是原本是一支為了應對外來威脅的精英部隊。
不久之後，簡泰克的大動作引起了國會的注意，被提上調查日常。
由於擔心情報泄露，黑色守望決定掩蓋一切。
另一方麵亞曆克斯也開始了自己對簡泰克的調查。在他的妹妹達娜——一名新聞記者的幫助下，亞曆克斯發覺與項目相關的簡泰克工作人員已經陸續被黑色守望封口——在暗巷裏，兩眼之間吃上一顆子彈。
一場針對簡泰克科研人員的大清洗即將到來，出於恐懼為了保命，亞曆克斯逃離了簡泰克。為防自己被抓到，亞曆克斯帶了一份保險——偷取了一支黑光病毒樣本帶在身上，並把裝有機密文件的筆記本電腦提前郵寄給達娜。但是黑色守望的行動比他預想的迅速，在他搭乘火車逃離前，亞曆克斯被黑色守望的在賓夕法尼亞車站逼入絕路。出於憤怒和為了報複，他打碎了裝有病毒的試管，釋放了病毒。病毒緩慢無聲息的擴散到整個車站感染了所有人。亞曆克斯本人則被黑色守望射殺。
亞曆克斯倒地而亡的同時，病毒進入了他的身體。他的屍體被裝進屍袋運回簡泰克，但是沒人知道，在運輸路程中，病毒正在重組他身體的每一個細胞。
在停屍間冰冷的鐵架台上，就在那群好似屠夫一樣的研究員要切開他的肚皮時，亞曆克斯猛然間睜開了雙眼醒了過來。研究員們嚇得四散奔逃。而亞曆克斯真正的不平凡之旅就這樣開始了。
然而不幸的是他喪失了記憶，能想起的隻有自己還有個妹妹這件事，於是在妹妹達娜幫助下，自己的記憶被一步步地找回，並且在這個過程中，亞曆克斯也逐漸發掘了自己因黑光病毒感染帶來的逆天能力。
隨著他戰鬥力的提升，亞曆克斯也獲得了一個軍方代號：“Zeus”（宙斯）。
與此同時，伊麗莎白·格林也覺醒了，從簡泰克的實驗室殺了出來，就像是響應了某種號召一樣，她的等待終於有了結果。
當亞曆克斯找到剛從簡泰克殺出來的伊麗莎白時，伊麗莎白的一句話讓亞曆克斯很不解：“我是你的母親。”不過這也是很正確的。伊麗莎白就是最早的黑光病毒宿主，是當年希望小鎮中唯一一個活下來的人，而你可想而知現在她的力量之強。
隻不過，好像因為被關的太久，伊麗莎白的性格變得有些怪異了。
由於伊麗莎白的幹預，病毒已經在紐約全麵擴散開來。各種各樣的超級變異體層出不窮的被伊麗莎白孕育出來，最典型的是格鬥者（最常見的Hunter）、九頭蛇（大觸手怪）這兩個新物種。
由於孕育新物種，導致伊麗莎白的力量被嚴重分散，實力大為下降，她最終還是被亞曆克斯消滅並吸收了，亞曆克斯從她身上獲得了之前那些不為人知的故事……
他也漸漸的認清了自己的真麵目：“我並不是人類，也不是亞曆克斯，而是病毒感染後的寄宿體……換句話說，我就是黑光病毒。我是原形體，我不是亞曆克斯·默瑟，我不是人類。這個城市現在所擁有的一切，都是‘我’與‘亞曆克斯’賦予的。我沒有命運，也沒有過去，甚至沒有未來”
不過亞曆克斯下了決心，他要和黑色守望對抗到底！
由於黑光病毒釋放的緣故，整個曼哈頓島的居民全受到了感染，成為了行屍走肉的怪物，而且變異種也在不斷出現，不過幸運的是，黑光病毒暫時還無法通過水和空氣傳播，目前病毒的擴散區僅限於曼哈頓島（之前亞曆克斯釋放的病毒也有感染在場的一些少數體質稍差的人，類似感冒原理，但最主要的還是體液傳播，比如唾液之類的）。軍方決定使用核武器炸毀整個曼哈頓島，以掩蓋罪行。
但亞曆克斯最終還是破壞了這個計劃，在經曆一係列的戰鬥後，他駕駛直升機將核彈送往大西洋投入海中，但就在他投放後不一會兒，核彈爆炸的白光便將其吞沒……
之後，黑色守望和政府軍方都以為亞曆克斯已死，便沒有再做過多的調查。
但是，亞曆克斯不會就這樣輕易死去……