2001年11月，北京市西馬莊部分村民就本村分房問題一起到村委會了解情況。村民張振和、孫立新趁此機會起草了罷免書鼓動村民罷免村委會。12月18日，孫立新等人將有200多名村民簽名同意的罷免書遞交到鎮政府。2002年1月20日，張振和、孫立新私自組織了罷免投票大會。1月23日，張振和、孫立新等人組織有關村民到鎮政府機關，打斷有關會議，要求鎮政府承認投票結果。2月24日，張振和、孫立新等人再次自行組織罷免投票大會。2002年8月，張振和、孫立新被公訴機關起訴到法院。
（劉曼：《北京兩農民組織罷免村委會擾亂社會秩序被判刑》，中國新聞網，2002年10月22日。)有時，那些被各級政府視為需要防範的農民組織，實際上會產生十分嚴重的政治後果，有促使農民自發組織向秘密社團方向發展的危險。當然，有的時候農民為了避免這個問題，在名稱裏麵不加組織，湖南衡陽縣農民彭榮俊組成的農民組織上訪的形式就不選任何負責人，他們的團隊稱為隊伍。衡陽縣退伍回鄉的農民彭榮俊最初組織農民的目的是“減負”，這個組織的名稱是“上訪代表”及“代表隊伍”等。在他們為成立農會而起草的草案還特別強調，“我們一切行動和行為，不是與政府對立，而是與政府愉快合作。我們合作的前提是：原原本本按中共中央和國務院製定的方針、政策、法律、法規行事，反對講的一套，做的另一套。我們合作的宗旨是發展經濟和自身合法權利”，確定當時的具體工作是：各鎮自主，利用基礎，多向擴展，培養人才，務實創新；以書店為基礎，開展農友講習班，學習政策，學習技術；繁榮市場、發展經濟，搞好產業調整，體製改革，做到產銷一條龍，分散產、集中銷。
盡管如此，這個無名有實的組織在當地還是引起了一番波動，一度被定位為“非法組織”。
2003年9月24日，衡陽縣民政局正式下達了《關於取締非法組建“農民協會籌委會”的決定》。然而，這一決定並沒有嚇退衡陽縣農民維權抗爭精英組織農民協會的決心。當縣民政局在公安派出所的保駕下向彭榮俊宣讀完這份決定後，彭榮俊當場發表了演講，態度堅決。
（於建嶸：《彭榮俊訪談錄》（2004年4月9日），2005年6月3日世紀大講堂講話，參見中國農村研究網。)2005年9月，以“農民合作組織與新農村建設”為中心議題的全國“三農”問題研討會在廣州拉開帷幕，他們的討論涉及一個敏感的問題：讓農民擁有自己的組織。廣東廉江市良垌鎮日升荔枝合作社社長馬洪俊目前最大的苦惱莫過於農民合作社“找不到主管單位”
。
因為沒有主管單位，合作社組織荔枝出口時，被海關認為沒有出口權。為給合作社辦手續，跑了一二十天，也沒能攀上一個“主管單位”，更不用說獲得出口批文，出口一事最終不了了之。
廣東樂昌市九峰鎮農產品流通合作社社長潘國平，麵臨的問題則更棘手。盡管想加入合作社的人排成長隊，但由於沒有法律依據，這家以水果和反季節蔬菜生產為業的合作社登記無門。河北定州市翟城村農民李新占回顧了翟城村合作社成立的艱辛曆程。為了合作社的注冊，李新占買了幾包煙，用來和幹部們搭話用，然後他“從縣政府找到縣民政局，從民政局找到工商局，又從縣農辦找到縣工委，後來發現找不到縣工委這個部門”。“最後，縣裏幹部對他說，你們幾個農民還成立什麼組織，是不是想反對政府？”李新占隻能背上包，帶著無盡的遺憾踏上回家的路。
各級政府對農民自發組織的基本態度決定了這些組織的生存空間。研究者於建嶸的調查表明，因對農民自發組織進行的各種方式打擊不見成效，反而引發多起更為嚴重的群體性事件，目前縣、鄉政府對農民自發組織的活動采取放任自流的態度，即對農民要求成立農會等合理要求不予理睬，對進行各種活動的農民自發組織也就不能進行正常的管理。這就導致以下狀況：在有些村，隻要農民願意，就可以組建“減負上訪”組織；少數文化素質不高的農民上訪代表，缺乏必要的法律保護意識，有些行為觸犯了法律；有些農民自發組織同秘密社團聯係起來，仿照曆史上的秘密社團的組織方式進行活動；某些具有激進主義主張的農民代表，進行一些非正常的活動，進而發展成為反體製的力量。
2.宗族組織與傳統基層組織間的衝突。我國引入市場經濟以後，農民的自主性增強，他們為實現效用最大化而強化了對宗法關係的利用，宗族組織重新繁榮起來。但是，農村社區中的一些大家族經常與農村基層組織爭奪在當地的勢力，破壞了農村的製度規則，影響了社會經濟秩序的正常運轉。的確，由於曆史的原因，宗族派係在農村的一些地方仍然存在。宗族家族活動的複活及其組織的出現，對村級黨組織帶來了諸多影響，其中許多影響是富有挑戰性的。
主要表現在：
一是基層組織利用宗族。在村級“兩委”換屆選舉中表現更為突出。有的村派別顯現，各自為政、互相攻擊，各選各的代言人，選票分散，得票往往難以過半數，致使選舉不成功；有的互相串聯，拉選票、搞賄選，使真正有能力、高素質的村民難以入選“兩委”班子；還有的甚至利用家族勢力，控製換屆選舉活動，使“一家之長”成為“一村之長”。
二是宗族操縱基層組織。在一些農村地區，基層組織甚至淪為血緣宗族的附庸，族長就是村長，宗族組織在一些基層幹部的默許下公開地開展活動，如續家譜、修宗祠、祭祖等活動公開化，參與農村宗族活動的黨員幹部也日益增多。有些農村黨員認為參與宗族活動不違法，成為宗族組織的骨幹。還有的農村黨支部建設也受到農村宗族勢力的幹擾。在有些農村地區，基層黨組織成了幾家大姓宗族的聯盟。有的村黨支部很少研究黨內事務，不能開展有效的組織活動。村支部失去活力，黨員失去了對支部的信任感，黨組織處於渙散狀態，自身沒有了凝聚力和戰鬥力，從而使宗族勢力籠絡人心、拓展空間有了可乘之機。
三是宗族組織架空基層組織。在一些宗族組織活躍的地方，少數熱衷於宗族活動的人，被本宗族人推選為族長，這些人往往有一定的經濟實力和社會活動能力，他們采取定族規、喝血酒、詠族歌、祭祖宗等方法，成立非法組織，建立一套機構，架空基層組織。如湘西某縣230多個行政村中幾乎每個村都成立了“清明委員會”、“宗族委員會”、“長老鄉賢委員會”等宗族組織，村民自選族長、房長。在一些多個姓氏構成的村子，更是每一姓都組織一個“村民委員會”，以便和其他宗族抗衡，結果在一個行政村中並存三四個村委會，而且每個村委會都設有正副村主任、會計、出納等人員，雖然其名義上說是隻負責管理本宗族的事務，不與基層政權組織發生直接聯係，但它們的存在客觀上削弱了基層組織的合法地位。事實上，一些宗族頭領總是把有沒有本宗族的人當村幹部作為宗族勢力強弱的標誌，甚至在某些問題上直接插手正常的村務。
（李民昌：《農村宗族勢力與農村基層組織建設》，人民網，2006年7月4日。)四是宗族越級上訪。有些地方的少數宗族頭領經常煽動本族群眾，以集體上訪為名，衝擊鄉鎮以上黨政機關。在農村集體上訪事件中，往往是一些群眾受本宗族族長的煽動而集體上訪。他們倚仗人多勢眾，采取過激行為，衝擊基層機關，幹擾正常的工作秩序，甚至影響國家行政、司法職能的正常實施。
江西萬載縣兩個宗族因墓地起糾紛，當地政府反應迅速，采取行動，避免了一場大規模的群體械鬥。隨後，政府決定多管齊下取締宗族組織，同時清理全縣的宗族祠堂。於是，所有的宗族組織在一夜之間被“查禁取締”，祠堂也在短時間內變為“文化活動中心”或“農民夜校”。這一做法引起很大震動，村民提出異議，基層政府的權威遭到宗族勢力的挑戰。
（韓福東：《江西萬載縣發生大規模宗族械鬥》，《南方都市報》，2006年5月8日。)也有調查發現，湖南省雙峰縣杏子鎮嚴橋村有鄉村社會的潛在的組織形態。該村從1997年3月開始，發生了一場宗族企圖搗毀學校、恢複宗祠的惡性事件，曆時一年半之久，直到1998年11月17日，“宗祠”
牌樓才被全部拆除（陳彩豔1999）。缺乏農民的政治參與是一個主要因素，即農民沒有真正代表自己利益的組織，導致了參與不足，從而使得衝突以非常態的現象出現。
5.1.4農村傳統基層組織與鄉鎮政府衝突近幾年，鄉鎮政府和村級組織之間的關係，總體上是趨於緊張的。這是因為，一方麵，鄉鎮政府為了多種目的，謀求對村級組織比較多的控製；另一方麵，農村出現了一些新的製度變量和社會因素，村級組織的自主性加強，鄉鎮政府對其控製越來越難了，它們組織之間的不協調增多。尤其是最近，所有村幹部工資由鄉鎮控製，村組織對鄉鎮的依賴性加強。
可是現在村子裏的能人越來越多，懂法懂政治的越來越多。結果是，上邊控製得越嚴厲，衝突反而越來越多（趙樹凱，2003）。
1.鄉鎮越權施政（1）鄉鎮政府對村委會的行政幹預。《中華人民共和國村民委員會組織法》第四條規定：
鄉、民族鄉、鎮的人民政府對村民委員會的工作給予指導、支持和幫助，但是不得幹預依法屬於村民自治範圍內的事項。村民委員會協助鄉、民族鄉、鎮的人民政府開展工作。可見，鄉鎮的行政管理權與村民自治權在最終歸屬和運作目的上是一致的，法律的規定也是清楚、明確的。但在現實社會中，難以避免其內在矛盾。鄉鎮管理主要代表國家利益或以國家名義運用其權力，村民自治主要反映和表達村集體和村民的意願與要求，當國家、集體和個人利益關係較緊張時，衝突就開始顯現。鄉鎮管理的權力集中於鄉政府，但權力運用的範圍是整個鄉，實際上村民自治的村仍然在鄉鎮管理權力下，隻是其影響程度和方式有所不同而已。
因此，從村民自治的外部來看，存在著與鄉鎮管理的權力衝突，這就產生以下幾種情況：
一種是鄉鎮政府控製著村委會。鄉鎮政府仍把村委會當作自己直接的下屬行政組織，沿用傳統的領導方法進行指揮管理，對屬於村委會自治範圍內的生產、經營等活動加以幹涉，隨意發號施令，甚至控製村委會的人事權，對經村民民主選舉產生的幹部隨意調動、任免。
在具體工作方麵，鄉鎮力圖用直接指揮取代村民自我管理。鄉鎮政府每年都要將經濟社會發展的任務，細分為若幹個具體指標，編製一個具體的計劃下達到各村執行。之後，都要有一定的檢查、考核和獎懲。在這種關係中，必然地鄉村之間的“指導和被指導”關係很難建立。
在有些情況下，村民自治往往成為鄉鎮政府領導人調控村級事務的直接工具。比如村委會選舉，如果他們認為需要通過選舉換掉某一個幹部，他們會去組織一次認真的選舉；如果他們擔心某位幹部被擠下去，他們會在選舉的發動和程序上進行一些操縱（趙樹凱，2002）。在這種情況下，村民自治組織原本的職能就很難發揮了。
鄉鎮政府與村委會之間矛盾不斷。從村委會方麵看，實行村民自治後，村委會是由村民直接選舉產生的，它的權力直接來源於全體村民，因此，它必須以民意為依歸，以村民的利益為主旨。一旦村民的利益與鄉鎮政權的幹預發生矛盾時，村委會勢必會因為維護村民的利益而得罪鄉鎮政權。從鄉鎮政府的角度看，村委會不過就是昔日的生產大隊，對村委會的“指導”便是“領導”和“指揮”。這樣，村民自治組織在很大程度上執行的仍是對鄉鎮負責並聽從指揮的功能。具體表現為，鄉鎮直接掌握村主要幹部的任用，或者保證他們所任用的幹部在村莊內部權力的有效性，在許多地方表現為直接控製村幹部的工資待遇，而且對村幹部的工作業績采取經濟上的獎勵和懲罰措施，如每完成一項鄉鎮下達的工作任務可以獎勵多少元，如完成不了扣罰多少元；每發展一個個體工商戶獎勵多少元；每出現一例超生罰款多少元，鄉鎮開會遲到一次罰款多少，本村每出現一次村民上訪罰款多少，等。
取消農業稅後，雖然從中央到地方都把鄉鎮體製改革和其他綜合配套的改革提上了議事日程，各地也進行了許多改革探索，但總的來說，形勢並不樂觀（於建嶸，2006）。2001年，關口鎮建鎮伊始，決定修築一條柏油路。為了減少阻力，鎮裏決定不從農民那裏集資，隻征義務工。但是這條路從一開始修就產生了直到今天也無法解決的矛盾和糾紛。首先是路被鎮村幹部一再加寬，增加了被拆除農民住房的數量，合理的補償根本無法做到，不少農民至今仍舊沒錢蓋房，無房可住，上訪不止。其次是根本沒有預料到新密市拉煤的載重卡車對鄉鎮級公路的嚴重損害，加上修路資金的短缺，路本身也不那麼堅固，所以從路修好第二個月開始，就出現了較大麵積的破損，被當地老百姓稱為“豆腐渣工程”。
（韓福東：《江西萬載縣發生大規模宗族械鬥》，《南方都市報》，2006年5月8日。)另一種是村委會主動依附於村委會。有的村委的工作能力很有限，在農村封建家族意識和宗法勢力加強的環境之下，一部分村委會不得不對鄉（鎮）政府產生依賴感，造成了村民自治在一定程度上名存實亡。雖然村委會幹部對鄉鎮管理過度幹預基層事務表示不滿，認為村民自治在相當程度上隻是停留在製度層麵，《村民委員會組織法》所賦予村委會的權力實際上沒有得到貫徹落實。但是村委會幹部在現實政治和管理體製下，大多數是犧牲村民利益而服從鄉鎮政府的管理，成為上級政府的行政工具。也就是說，在目前的體製框架下，經村民選舉出來的村委會，必然扮演雙重角色。一方麵，代表鄉鎮政府接受和傳遞鄉鎮行政的各項政策；另一方麵，代表廣大村民利益貫徹村民意誌，搞好自我管理。當雙重角色相互衝突時，最終表現為代表政府角色的功能起主導作用。這樣看來，村委會的大部分工作是圍繞鄉政府的需要展開的。有調查發現，南村的村委會名為村民自治，其控製權並不在村民手中，而是在上級政府那裏。由於村委會手中掌握的資源很少，其權力基礎就十分薄弱，隻能依靠上級政府的支持。當然，這種依賴出於鄉、村兩級組織的共同需要：鄉政府需要村委會為其提供支持，村委會需要鄉政府為其提供權力的保障，村委會多半必須服從鄉政府的領導。
還有一種是村委會完全脫離鄉鎮政府做事。由於長期以來農村的民主氛圍有限，而當村委會突然被賦予村民自治的權力時，有些在意識裏從一個極端走向了另一個極端，他們無限擴大並理解村民自治，認為村委會完全可以自主地去做事，有時甚至把村民自治同國家法律和鄉政管理對立起來，拒不接受鄉鎮政府布置的國家各項任務。
村委會由村民依法直接選舉產生對村級事務進行自治而不受幹預,這是村民自治組織的基本要求，但是由於延續多年的鄉鎮對村進行控製的體製使許多鄉鎮政府仍然把村委會當作自己的行政下級或派出機構,仍然習慣於傳統的命令支配式的管理方式,對村委的日常工作進行行政幹預。比如：對民選幹部百般刁難，甚至隨意對其停職、調整、撤換。一些鄉鎮的黨委或領導在幹預操縱選舉失敗的情況下，便采取其他方式對村委幹部施加壓力。不配合民選的村委幹部進行工作，讓他們知難而退，或者幹擾村委會工作，使其無法行使職權。鄉鎮政府之所以可以幹預，就是因為鄉鎮政府有屬於政治、經濟、社會性資源方麵的優勢，如給予財力支援以及信息文化等方麵的幫助。更有甚者，在新舊村委會交接上，鄉鎮政府鼓動或者支持原任村幹部拒絕交接，使新村委會工作無法展開。還有個別鄉鎮黨委政府對民選村委會幹部“停職反省或誡勉”或采取其他方式架空村委會幹部；鄉鎮黨委通過村黨支部間接“領導”村委會。根據《黨章》的規定,村黨支部一般都是通過全村黨員大會選舉產生。在實際的選舉過程中,鄉鎮黨委可以推薦村黨支部書記候選人,且落選的可能性很小。即使落選,鄉鎮黨委也可以通過直接任命或通過另外推薦候選人,以保證合乎其意願者當選。這樣,村黨支部書記對鄉鎮黨委有著很大的親和力,能自覺地貫徹鄉鎮黨委的意圖,包括對村委會的領導。特別是《中國共產黨農村基層組織工作條例》又確認了鄉鎮黨委和村支部對村委會的領導關係,使鄉鎮與村委會之間的“領導”與“指導”關係更為模糊和複雜。
實踐中,由於黨的領導的政治原則及基層黨組織的領導核心地位,鄉鎮政府與村委會的指導關係最終讓位於黨的一元化領導,而鄉鎮政府及村支部也依托鄉村黨組織的領導地位實施對村委會的直接領導。實際上，鄉鎮黨委通過對村支部的直接領導而取得了對村委會間接領導的地位,實現了對村委會的有效控製；通過下派的駐村幹部完成鄉鎮下達的任務。駐村幹部通常不是常設的而是在鄉鎮向農戶收取稅費或者是完成計劃生育任務時所設，一個鄉幹部通常包幾個村子，對村裏的工作進行指導和監督，駐村幹部一般是直接對鄉鎮黨委政府負責。這種做法進一步加強了鄉鎮政權對村莊的控製力和影響力，促進了各項行政任務的完成；運用其他各種手段調控村幹部的行為。很多地方的鄉鎮每年年初都要將主要社會發展和農村稅費征繳等任務、指標分解到各村，並與各村村委會簽訂目標考核責任書，如果村委會按期完成了各項任務和指標，則由鄉鎮政府進行經濟獎勵和榮譽獎勵，甚至給個別村委會提幹；如果村委會不能按期完成各項任務和指標，則給予扣除獎金、減少資金支持等懲罰。這種現象似乎已經成了一種不成文的慣例。它既是傳統計劃經濟管理體製的一種延續，也是一種變相的“政治承包製”，其實質仍然是一種行政支配關係（上官，2003）。
（2）鄉鎮政府幹預村委會選舉。《憲法》和《村民委員會組織法》明確規定，農村實行村民自治，村民委員會由村民以無記名方式直接選舉產生，是村民實行自我管理、自我教育和自我發展的基層群眾性自治組織。農村基層黨組織即鄉鎮黨委和村黨支部對村民自治當然要實行領導，但這種領導是政治領導，目的在於認真貫徹黨的路線、方針、政策，嚴格執行《憲法》和《村民委員會組織法》的有關規定。在選舉村民委員會的過程中，依據《村民委員會組織法》的規定，村委會成員應由村民選舉產生，鄉鎮黨委可以派幹部或專門工作組對選舉工作進行指導、監督，使選舉能夠體現選民的真實意圖。但是，從實際情況來看，鄉鎮黨委非法幹預村民自治的情況還比較普遍、比較嚴重地存在著。主要是，不少鄉鎮黨委認為村民的法製觀念淡薄、文化素質低，擔心選不好收不了場，就在指導村委會選舉過程中以違背村民委員會組織法的各種形式“做工作”。有的鄉鎮黨委為保證“意中人”當選，甚至采取行政手段操縱或幹預選舉工作，隨意提出村委會主任、副主任、委員的候選人，給選民施壓，迫使選民就範，以民主選舉之名行上級任命之實，使民主選舉流於形式。有的鄉鎮黨委為保證“信得過”的村委會主任候選人能夠當選，就設法搞“拉郎配”，湊差額，使差額選舉名存實亡（吳敏，2006）。