目前，我國農村各類組織在不同程度上存在著某些不協調的方麵，很多時候甚至表現為衝突。這是因為，製度供給沒有滿足製度需求從而造成了製度的不均衡。具體而言，一方麵，改革開放以來，農村經濟的運行機製發生了根本性變化，但是，基層組織管理農村事務方式的變革卻明顯滯後。在某種意義上可以說，基層組織仍然在舊體製下運作，新的農村組織供給不足。另一方麵，由於農村資源配置的市場化程度不斷提高，鄉村社會的利益格局趨於多元化，對組織的功能與價值提出了新的要求，對新的農村組織及其關係有了更多的需求。這樣，農村組織體係需求與供給之間就出現了不相適應的現象，主要表現在農村基層組織的功能與角色存在著衝突、農村基層組織與新型的農民專業合作經濟組織之間的矛盾、農村基層組織與鄉鎮政府的關係不順等。
所謂轉型期，是指農村改革正處於新舊體製交替的階段,各種深層次的矛盾逐漸暴露,並相互衝突且最激烈的時期。在這一時期的農村，土地製度的凝滯性、社會分配製度的不公平性、農村基層治理的改革缺乏前瞻性等三大問題，將是農村改革在臨界狀態中無法逾越的核心和必須解決的問題（廖星成，2005）。在村級治理上，主要的活動主體有村級黨組織、自治組織即村委會、經濟組織等，在村委會之外，直接進入村級事務管理的是鄉鎮政府。從村的角度看，鄉鎮的黨委和政府是一體化的組織。這幾種組織的交互作用推進了農村的經濟社會發展，成為現代鄉村治理的組織主體。這是橫向的治理組織。然而，這一切都離不開國家這個大背景，即中央、地方與鄉鎮間的關係，這種縱向的關係也可以稱為是農村組織體係外的環境。正如研究者們所說的，沒有什麼“三農”問題，隻有農民問題，農民問題也不是種田人的問題，農民問題實際上是在農村之外的問題（秦暉，2005）。“三農”
之外就是中央、地方政府到基層整個大範圍的問題。因此，本章試圖從橫向的組織間的關係和縱向的中央與地方政府的關係入手，以衝突主體為線索，探討當前農村組織運行過程中存在的問題，尤其是衝突，分析其中的類型，然後發現其形成過程。其中，以橫向的關係為主，即村委、村黨組織、經濟合作組織等內部與之間的關係作為研究的重點。
5.1組織之間的衝突5.1.1農村基層黨組織與村委會的矛盾與衝突據一些研究者調查發現，村幹部每年基本上80％的時間用在完成政府任務上（徐勇，2005）。
在這個過程中，農村基層黨組織與村委會之間存在著諸多的矛盾與衝突，這是因為他們更多是對上級組織負責而不是對本村村民負責。即使是一些不受村民歡迎的任務，更多是按照上級的意誌完成，很少考慮村民的利益。村幹部們樸實的一句話道出了原委：“村幹部要當下去，既要對群眾負責，又要完成鄉鎮幹部交給的任務。這裏麵經常有矛盾。”也就是說，如果村幹部為了自己村的利益而不顧大局，勢必影響行政的效率和執行力，進而影響整體的行政部署；但是，如果完全服從上級的指示，村的自治功能必然被抑製和削弱，村幹部仍有可能在換屆時落選。從事農業管理的權威人士也承認：“現在一些地方的村委會和村黨支部關係不協調，個別的甚至矛盾尖銳，既影響村裏工作，又損害支部、村委會的形象。”
（中共安徽省委組織部農村處：《建立合力機製理順“兩委”關係》，《農村工作通訊》，2002年第3期，第4頁。)這種現象不僅妨礙了農村基層民主的實現，挫傷了農民的政治熱情，也成為我國農村村民自治運動進一步發展的障礙。
在實際的村務活動中，黨組織與村委會互相爭奪權力。在我國農村，代表自上而下權力體係的黨組織與代表自下而上權力體係的村委會之間在實際的村務活動中經常產生不和諧。而且，研究者發現，越是選舉動員充分的地方，書記和主任之間的衝突越多。
（趙樹凱：《農村基層組織：運行和內部衝突》，《經濟參考》，2001年第32輯。
)據中共湖北省委組織部等單位對111個村的調查，村委會和村黨組織關係緊張的有13個，占11.8%。
由於關係緊張，兩套班子、兩套人馬，各定各的調，各唱各的戲，內耗嚴重，難以形成合力。（中共湖北省委組織部、湖北省農村社會經濟調查隊課題組：《村級組織建設研究》，1995年第19輯，第12頁。)現在這種情況在某些地方依然存在，兩套班子的不和使得村裏凝聚力不強，很多事情沒法辦。
村民自治實施以前，黨組織在農村不容置疑地居於中樞地位，書記是決策中心，對村裏大小事務總負責。就一般情況來看，在村幹部的待遇中，也是黨支書最高。上級賦予支部書記以最高權力，村主任隻是居於次要位置，更多時候隻是黨組織書記的配角，對書記負責，配合書記的工作。但是，自從村民自治實施以來，一種由村民選舉所形成的權力關係出現了，這種自下而上的權力在進入實際運作時，必然會與原有的、憲法規定的由上而下的權力發生矛盾。由於村委會以民選的形式產生，村委會的權力合法性有了更廣泛的民意基礎，以黨組織為核心的格局開始受到挑戰。村委會主要成員會依據法律，要求取得屬於自己的那部分權力，如財務管理權、財產管理權、人事安排權等，而這些權力原本都是屬於黨組織的。
的確，村民自治在全國範圍內的開展，所引發的直接問題就是兩委關係的矛盾尖銳化。1998年村委會法出台以後，1999年全國十幾個省換屆選舉，兩委之間的衝突就以不同的方式出現了。據調查，河南省洛陽市村委會直選後，約有24.4%的村“兩委”關係不協調（查敏，2000）。就目前看，村黨組織與村委關係方麵存在的問題有：黨組織權力絕對化，有時甚至不適當地幹預村民自治，操縱甚至非法幹預村民委員會的選舉；村委會極端自由化，把自治理解成絕對自由，不接受村黨組織的正確領導；兩者權限不明確，黨組織與村民自治組織的權限範圍尚缺乏具體的界定，現有規定過於書麵化、原則化等。而且，黨組織和村委會的衝突，逐漸反映出了體製深處的矛盾。黨組織訴求於上級黨組織，堅持黨組織的領導地位。村委會則尋找法律支持，以謀求較高的權力地位。這種體製性的矛盾衝突，已經嚴重製約了村民自治組織的運作和發展。
具體而言，兩者的衝突與矛盾主要表現在以下幾個方麵：
1.黨組織阻礙了村委會正常工作。村民委員會組織法規定，村黨支部在村民自治中發揮“領導核心”的作用。這裏所說的“領導核心”是從政治上來講的，是指村黨支部要用黨的路線、方針、政策凝聚、團結和引導廣大村民，使其在村民自治中真正實現當家作主。然而，從實際情況來看，人們對村民委員會組織法這個規定的理解有很多誤區，導致實踐上出現了明顯的偏差。相當多的黨支部認為，要發揮黨支部的領導核心作用，黨支部就得有權，黨支部(實際上就是支部書記)就得說了算。由此衍生出村委會甚至村民大會作出的決定，也必須經過黨支部點頭才能實行，否則任何事情也辦不了。這樣一來，不可避免地導致相當一些地方村黨支部與村委會的關係比較緊張。村黨支部書記自認為是村裏的“一把手”，不論什麼事都由自己拍板定案。這種局麵的直接後果是，村民自治很難真正開展，村民選出的村委會形同虛設，村民也逐漸對村民自治喪失了熱情。
隨著《村民委員會組織法》的實施，各地普遍進行了村民委員會換屆直接選舉，一大批群眾公認的優秀人才被推上領導崗位，但是農村黨組織和幹部存在思想方法和工作方法不適應的問題，實施村民自治後，如何對村委會工作加強領導和指導，沒有得到重視，並及時研究解決，出現了一些值得高度警惕的問題。也就是說，實行村民自治以後，村黨組織仍然有意無意地直接操縱村委會工作，把村委會看成是配合黨支部工作的行政管理機構，村民的權利難以得到充分體現和具體落實。在目前的現實中，由於“一元化”傳統領導方式慣性作用的影響，經常導致村委會的權力受到限製，一些村黨支部越權包辦，把村裏的大小事務都歸為己管，不能正確理解村民自治，對村委會工作不支持、不幫助，或不注意發揮村委會作用，包辦代替村委會工作，村委會隻是形式。如1996年3月中國中央電視台“焦點訪談”節目報道了河南省某村書記與村長的衝突。該村黨組織書記因為與其有親戚關係的人未能在村委會選舉中繼續當選村委會主任，而拒絕承認選舉結果，致使該村在長達一年多的時間裏村主任職位處於空缺狀態。
2.村委會不接受黨組織的正常工作指導。村委會直選後，一大批年輕、有文化、群眾擁護的優秀人才當選為村委幹部，為農村工作注入了新的活力。但由於大規模直選村委幹部在我國曆史上尚屬首次，相應的規範較缺乏，造成有的地方村霸勢力、幫派勢力、宗族勢力幹擾選舉，從而給農村黨建和政權建設工作帶來了新的問題。有些村委會甚至認為，既然是自我教育、自我管理、自我服務的群眾性自治組織，就用不著黨支部的領導與指導。他們憑借自己權力的群眾基礎，或公開向村黨支部發難，或采取陽奉陰違的手段拒絕接受黨組織的領導，搞小團體，把村民自治理解為絕對自由。這就造成村兩委會互爭高低，爭權奪利。對有權有利的事情爭著幹，無權有責的事情推著幹，使“兩委”在工作中缺少相互間的支持和配合，致使村裏的工作長期沒有起色。根據《村民委員會組織法》規定，村主任是村民自治選舉出來的，所以，有的村民法製觀念淡薄，認為這種自治權的行使是絕對的，沒有任何監督和製約。同時，有的村支書的組織觀念淡薄，認為有村主任了，自己就可以什麼都不管了，一切都聽村主任的，村級黨組織的活動都處於空白地帶。而且有時，村民代表會議的決定權製約著黨組織的決策。有些村甚至由於支部書記和村委不和睦，導致由黨組織主持召開黨員會上通過的決議在由村主任召開的村民代表大會上無法通過的情況發生。
3.財務管理上的權力是衝突的焦點。在村務管理中，到底是支部書記說了算還是村主任說了算，最終衡量標準是村裏麵的財務誰來掌管。所以，由於財務上的紛爭，往往導致管理財務的一方對不管理財務的一方嚴加防範、嚴格控製；不管理財務的一方對管理財務的一方則是無端猜忌、橫加指責，加深了彼此之間的矛盾。例如，廣東白雲區的紅星村兩委之間的矛盾與衝突就是因財權歸屬引起的。事件的起因是廣東省要求在農村成立合作社，黨支部書記和合作社社長一個人兼，把村財權給了黨支部書記。村委會主任上台後，第一件事情是爭財權。黨支部書記當然不同意，於是他花了幾萬塊錢在《南方日報》上登了個廣告，宣布從現在開始所有的賬目都跟書記結算。這件事後來還引起了中央的重視（景躍進，2005）。
4.村民自治產生的村民代表的代表性和公正性受到質疑。伴隨著新一屆村委會產生了村民代表。新當選的村民代表雖然符合法律程序，但是在真正履行代表職責方麵還有所欠缺。例如，有些村民代表本身並不知道自己的權力是什麼，在工作中認為自己代表了個人利益或者是家族利益，為一小部分人謀利益，其處理事情時的公正性就常常會受到黨組織與其他村民的質疑。
5.1.2農村傳統基層組織與農民合作經濟組織的衝突農村的傳統基層組織與農民合作經濟組織之間，由於利益、功能、性質及權力的差異，經常引發矛盾與衝突。
1.社區合作經濟組織與村委會之間爭權力。主要分為兩種現象：在絕大多數農村，社區合作經濟組織僅僅是有名無實甚至無名無實的組織，即個別地方隻是有塊牌子，但並沒有發揮預期的功能，多數地方連個牌子也沒有。有的村、組建立了合作經濟組織，掛出了牌子；有的則由村委會、村民小組代行其職能，沒有明確建立合作經濟組織，沒有掛出合作經濟組織的牌子。由於合作經濟組織的缺乏，在大部分地區隻有農戶的分散經營，而沒有為農戶分散獨立經營提供服務的社會化服務體係。村委會管理著實際的經濟事務，多數社區合作經濟組織在與村委會的爭權過程中處於軟弱無力的狀態。據統計，1993年全國社區性經濟組織中就存在著統一經營薄弱的問題，占總數的比重為18.6%（絕對量為12.9萬個，年收入萬元以下的農業經濟組織占28.4%）。
（徐有生：《農村集體經濟組織之現狀》，《人民日報》，1995年8月14日。)近幾年來，這個數字有增無減。這是因為，從對農戶提供生產經營服務的角度看，多數社區合作經濟組織的功能沒有發育成熟，服務組織沒有形成。而在另一些地方，特別是南方的一些沿海地區，社區合作組織在與村民自治組織的爭權過程中，因為村級經濟組織比較發達，有時吞沒了村民自治組織，有的地方甚至出現了村委會僅僅是社區合作經濟組織的一個部門的現象。
2.社區合作經濟組織的性質不明確，導致“兩委”與其存在著矛盾與衝突。就社區合作經濟組織而言，存在著一定的問題，如組織邊界不清晰，沒有法律地位，沒有章程，也沒有入社手續，成員的資格條件不明確等。這就導致在實踐中，社區合作經濟組織和村委會、黨支部三者混為一體，“三塊牌子一套班子”，領導在三者之間相互兼職，如北京懷柔區湯河口鎮古石溝門村村書記、村主任、社長一人兼（王鳳琴：《懷柔區鄉村社區合作經濟組織現狀調查報告》，《懷柔區經管站》，2006年11月8日。)。這就出現了以黨代政、政社不分的現象，使社區合作經濟組織不能獨立行使組織生產經營活動的職能，社區合作經濟組織有時甚至還要受鄉鎮政府的行政幹預。也就是說，社區合作組織本來是一個經濟組織，卻在很大程度上與政治組織和社會組織相互混同。它既為農戶提供一定的服務，同時還肩負著一定的政治任務和社會任務。這帶來了一個較為嚴重的問題，即“兩委”與社區合作經濟組織之間的目標混亂，三者在執行任務時就難免會陷入糾紛之中。
3.農民專業合作經濟組織與傳統基層組織之間存在利益衝突。農民專業合作經濟組織是一種全新的經濟組織，從原則上講，它同農村基層黨團組織、村民委員會、集體經濟組織等沒有行政和經濟上的隸屬關係。《中國共產黨農村基層組織工作條例》規定，黨支部“領導村民委員會、村集體經濟組織……等群眾組織，支持和保證這些組織依照國家法律法規及各自章程充分行使職權。”還規定，黨支部“討論決定本村經濟建設和社會發展中的重要問題。
需由村民委員會、村民會議或集體經濟組織決定的事情，由村民委員會、村民會議或集體經濟組織依照法律和有關規定做出決定”。《村民委員會組織法》規定，“村民委員會應當支持和組織村民依法發展各種形式的合作經濟和其他經濟”。這就會引發三個問題：一是依照上述規定，不論黨支部或村民委員會，都是要幫助、支持農民的經濟組織，但是有些村理解為對農民專業合作經濟組織的幹預與領導，引起其不滿；二是這些規定隻適合於村範圍之內，對跨村的農民專業合作經濟組織就不適用了；三是有些村，尤其是在我國西部，農村黨支部或村委會往往把農民專業合作經濟組織的成立作為一種政績，形式大於內容。的確，目前農民專業合作經濟組織的發展引起政府的顧慮。政府擔心農民組織起來以後對政府產生壓力，擔心農民專業合作經濟組織會成為新的利益集團。實際上，我國的農民專業合作經濟組織可能對我國鄉村治理秩序具有潛在的衝擊，因此，在村組織與農民專業合作經濟組織之間或許有著利益上或功能上的衝突（徐旭初，2005）。
5.1.3農村傳統基層組織與其他組織的矛盾與衝突一般來說，一個相對合理的組織結構應是組織之間功能分工比較明確、相對獨立又互為補充、互相製約的具有源源不斷活力的製度係統。但是在改革開放之前，幾乎所有的非政府組織都是完全或主要從屬於政府組織的行政領導，組織之間功能常無明確分工，或者雖有職能劃分但無法完全行使各自的職權，各組織的運行目標和行為規範也很不明確。這種狀況在以前的農村更為明顯，當時農村的一切社會經濟生活幾乎完全或主要決定於地方黨政組織。
但是，在通過一種有效方式表達訴求、保護自己利益方麵，還沒有建立起一種新的體製，或者說在利益組織化方麵還沒有相應的製度建構。所以，麵對來自上麵的壓力，農民或者表現為逆來順受、忍氣吞聲，或者就是采取激烈的個人抵抗，甚至集體抵抗。問題不在於農村是否有衝突，因為衝突在任何社會條件下都會發生，問題在於缺乏化解衝突的製度化渠道。也可以說，改革開放以來，農村經濟體製雖然發生了根本性變化，但是政治和社會管理體製的相應變革明顯不夠，在某種程度上仍然是人民公社時期的行政管理方式。
解決問題的重要出路是農民的利益組織化，使農民自己不僅是以個人或者個體農戶的形式出現在鄉村社會舞台上，而且以一種獨立的組織形態參與鄉村各種組織間的互動，使農村中各種權力組織建立起相互製衡的製度平台，各方利益可以在一種平等有序的對話談判中得到實現。許多人對此不以為然，認為現在的基層組織可以“既是國家代理又是農民代表”，其用心可謂良苦。但是，綜觀改革以來農村基層組織與農民關係的演變，特別是考察當前農村中若幹衝突的發生背景，我們不得不痛苦地承認，這種既代理又代表的理想模式已然破產，或者說已經淪為一種文字遊戲。農民需要自己的組織，或者說，農民需要自己表達自己，而且這種表達必須是組織化的。這種組織不僅是社區範圍內的自治組織，而且應該是更大範圍內的農民組織。因為，隻有較大範圍的農民組織，才可以與另外的組織進行有效的談判和博弈，才能抗衡若幹自上而下的組織在自覺不自覺中對於農民利益的傾軋，農民才能在與其他組織的互動中真正保護自己的利益（趙樹凱，2002）。
1.農民自發組織與傳統基層組織間的矛盾與衝突。衝突的來源是合法性問題受到相關政府部門質疑。合法性是指符合某些規則，而法律隻是其中一種比較特殊的規則，此外的社會規則還有規章、標準、原則、典範以及價值觀、邏輯等等。因此，合法性的基礎可以是法律程序，也可以是一定的社會價值或共同體所沿襲的先例。由於我國憲法規定的公民有結社自由等政治權利沒有具體化，政府有關部門一般情況下拒絕對農民自發性質的組織進行必要的核準登記，其在現實中的合法性就遭到質疑，農民自組織有時就會受到懲罰。