天啟五年（1625）魏忠賢矯詔盡毀天下書院，這是第四次禁毀書院運動。禁毀的力度顯然要超過前三次，它無疑是明代曆史上規模最大的一次禁毀書院的舉動。山西的書院當然不能幸免，幾乎所有書院被禁毀或移作他用。天啟年間山西建立了5所書院，基本上是天啟五年（1625）以前建立的。崇禎皇帝即位，魏忠賢被廢，並下令恢複書院，但恢複者寥寥無幾，山西也隻建立了3所，一時間山西書院的數量跌到了弘治以來的最低點。
明代山西書院的特點
1.山西書院發展狀況為：明代全國共有書院1961所，有1707所是曆朝官紳新創建的，254所是修複舊書院或重建的，實際明代書院至少在2000所以上。山西新建書院85所，重修或重建8所，共有書院93所，在全國的名次為第16。可見山西書院的發展形成了一定的規模和數量。
2.山西書院發展軌跡是：一波三折，從發展緩慢到繁榮，再到緩慢。在明朝近三百年的曆史中，前期一百年間由於政策限製，書院發展緩慢。中期發展迅速達到鼎盛。後期由於大規模禁毀運動，書院發展又陷入絕境。
3.明代山西書院分布情況為：平陽府最多，加上蒲州府、解州、絳州共35所，其次是汾州府、太原府，共計15所，潞安府、澤州府13所，寧武府、大同府、平定州基本相同，忻州、代州、保德州、朔平府最少。明代有些縣還沒有建立書院。這種由南向北傾斜的分布狀況基本合理，顯然反映出太原地區、晉中周邊地區、晉南及晉東南地區是山西文化發達地區，晉北則相對落後。
4.山西書院建設力量的對比：第一，地方官設立的書院數量超過一半，為70餘所，由次要的位置升到第一位，同宋元時期正好相反。第二，民辦的書院僅為13所，同宋元兩代相差甚遠，可看出民力衰退的現象。總之，明代書院，以官方做主幹，民力已不如宋元兩代那樣重要了。這一數量上的巨大反差，清楚地表明了明代書院的建設主要依賴於各級官員的倡導或主持。
5.明代書院與科舉的聯係：明代中央政府在書院建設上的思想導向，也決定了書院所需擔負的主要教育責任並不完全在於自由講學，而更多地在於它適應了當時的教育需求。由於明政府實行“非科舉者毋得與官”的政策，科舉功名炙手可熱，許多書院開始為科舉服務，書院與科舉的聯係更為密切，彼此之間聲氣相通。書院不僅熱衷於選派生徒參加科舉考試，而且一度還兼作科舉考試的場所，如道光版《陽曲縣誌》中所述：“萬曆辛亥，學使者苦試場漂風雨，始詳請前撫建考棚。移祠居粵室。然遇試，則考舍。試畢，書院如故。”
6.明代各地書院建設的實際情形是非常複雜的。這種複雜性主要表現在：現在已經無法確切地知道，明代以前以及明代各朝本身所建立的書院，究竟存在了多長時間。由於無法確認書院存在的確切時間，新建、重修的書院數目，隻能作為評價各地書院建設的一種參考，不能夠代表當地書院教育的發達程度。不過，有一點是可以肯定的，那就是書院在明代山西教育發展中擔負了相當重要的角色。
5、清代山西的書院
清代大體可以分為四個階段：自順治至康熙為第一階段，是書院的恢複發展期。雍正、乾隆年間，為第二階段，是書院的全麵大發展期。嘉慶、道光、鹹豐年間，為第三階段，是相對低落期。同治、光緒年間，為第四階段，是書院快速變化並最終改製期。
1.清初至康熙年間
清朝建立之初，深怕書院講學傳播反清複明思想，於是對書院采取抑製態度，提出“不許別創書院，群聚結黨，及號召地方遊食無行之徒，空談廢業”，使山西書院一度沉寂無聞。但由於書院曆經唐、宋、元、明數代，在士大夫階層和一般知識分子中有很深的影響，清統治者雖加以限製，卻很難全部禁止，朝野上下興複書院的呼聲不絕；又由於書院承擔著祭祀孔子及程朱等先賢的功能，部分書院還以程朱理學作為教學活動的主要內容，這與清廷尊孔崇朱的文化政策相吻合，所以，清廷在宣布禁止別創書院的同時，並未宣布取締原有書院。到康熙年間，清廷為進一步鞏固其統治，籠絡知識分子為其統治服務，一改過去禁止書院的政策，由消極抑製變為積極複興與加強控製相結合，書院逐漸複興和發展起來。從康熙時期開始，山西像全國一樣，迅速掀起修複與創建書院的熱潮，一批明朝舊書院，如太原三立書院、太平龍門書院、永濟河中書院、澤州體仁書院、芮城文學書院、運城河東書院等相繼修複擴建，開始收徒授業。同時，一大批新書院破土興建。