2.雍正、乾隆年間
雍正初期，又出現過抑製書院發展的跡象，雍正四年（1726）皇帝曾說：“設立書院，擇一人為師，如肄業者少，則教澤所及不廣；如肄業者多，其中賢否混淆，智愚難處，而流弊將至於藏垢納汙，如釋道之聚處寺廟矣。”於是令書院改為義學延師授徒，以廣文教。對書院既不廢棄，也不提倡，對官方設立書院之議，嚴加拒絕，所以書院發展較慢。在雍正前三年中，山西新建了5所書院，說明這一時期書院處於禁而不止的局麵。雍正皇帝不得不調整其書院政策，雍正十一年（1733）明令各省省會均設立書院，並各賜帑金一千兩以為經費，大力提倡官辦書院。於是各省會至府、州、縣乃至鄉鎮，書院蜂起。即使經濟能力不夠，不少州縣也把過去的義學掛牌為書院，或是官辦，或是民辦。在此期間，山西巡撫將三立書院重加修繕，更名為晉陽書院。乾隆即位後，書院政策日益開放，他認為書院“實即古代侯國之學”，應為一方教育和學術研究之中心，各省督撫須加強控製，慎選山長、生徒，並對其中優秀者“酌量議敘”，“舉薦一二，以示鼓舞”。極大地鼓勵書院的創辦和生徒的刻苦進取。這個時期官民創建書院蔚然成風，不少社學、義學也改為書院，山西的書院達到了空前的繁榮，其數量之多，規模之大，範圍之廣，辦學條件之好，均為曆史最高水平，超過了曆史上任何時期，是山西書院發展的興盛時期。
3.嘉慶、道光、鹹豐年間
嘉慶、道光以後，清政府內憂外患，經濟凋敝，政治腐敗，文化事業一落千丈，在太平天國起義的打擊下，很多省的書院遭到毀壞。山西地區戰亂較少，局麵相對安定，但是因為政治腐敗和資金日益短缺，山西創建書院的盛況已經不再，新建數量開始下降，書院規模越來越小，經費日漸短缺，加上山西連遭幾次自然災害，書院學田漸漸荒蕪，如古縣（原嶽陽開運書院）“歲遭大祲，土田荒廢，佃役流亡，每歲所收，入不敷出，幾有廢弛之虞”；洪洞玉峰書院“佃種拖欠，久漸廢弛”；萬泉方山書院自道光三年（1823）重修後，不長時間即“學舍傾圮，廢墜者六十餘間”。嘉慶、道光、鹹豐時期，山西約有數十所書院先後廢棄，幸存者也是勉強維持。
4.同治、光緒年間
太平天國革命打亂了清廷的統治秩序，通過第二次鴉片戰爭，清朝政府雖然勉強保住了政權，但已經沒有能力恢複正常的統治秩序了。大亂之後，人心的安穩必須有賴於政治與文化的修複和勃起。“同治中興”變革的思路，仍然是在考慮如何恢複封建政治統治，而且在民族整體意識裏，恢複的價值遠遠高於改革。是時，“天子方垂意斯文，封疆大吏鹹承上意，興書院以教育人才”。清政府下令各省督撫清理書院財產，企圖恢複舊有的書院。各地督撫都爭相招攬人才，恢複科舉考試。這樣，山西書院的數量一度回升，新建了不少書院。
清代山西書院的特點
1.清代山西書院數量統計：根據《中國書院史》的統計，可知清代新創建3878所書院，分布在全國31個省區，其中山西新建、重建書院共計184所，名次在全國為第14。說明山西書院建設整體發展呈良好態勢。
2.清代山西書院的區域分布：在山西的州縣中隻有太原府的嵐縣、大同府的山陰縣沒有興建書院的記載，其他地區每個縣都有書院，且不止一所，即使是晉北一些文化教育比較落後的地方，也有了很大發展，可見書院在山西的分布是廣泛的。可以說，不管是人口稠密、經濟發達、文化教育興盛、交通便利、有著良好的自然地理環境的區域，還是人口稀少、交通不便、經濟落後和自然地理條件惡劣的區域，修建書院都成為山西各地官吏、士子熱衷的大事。這一時期，伴隨著社會經濟的發展，官方在書院建設中所起的作用的強化，使得著名的書院大多位於府州官署所在地，在當時較為著名的有：晉陽書院、河東書院、令德堂書院、蓮池書院、雲中書院、平陽書院等。