12月26日，《杭州地鐵1號線工程總體設計》通過專家審查。
12月28日，地鐵2號線工程總體設計編製完成。
12月31日，地鐵1號線初步設計文件全部完成，擬上報省發改委審批。
2007年
1月6-9日，地鐵1號線工程初步設計方案進行專家審查
2月7日，地鐵1號線工程初步設計通過浙江省發改委批複。批複的線路全長為53.47公裏，全線設車站31座，車輛基礎和停車場各1處，控製中心1處。工程概算220.76億元。
3月7-13日，地鐵一期工程首批23個車站建設方案在杭州城建陳列館公示。這是國內首次地鐵設計方案向公眾公示。
3月9日，《杭州市人民政府辦公廳關於杭州市地鐵一期工程征地拆遷安置的實施意見（試行）》（杭政辦〔2007〕14號）正式出台。
3月23日，《中共杭州市委、杭州市人民政府關於加快地鐵建設的若幹意見（試行）》（市委〔2007〕12號）正式下發。
3月28日，杭州地鐵一期工程開工典禮在客運中心站舉行，首批開工6個站點。
5月23日，《杭州市地鐵建設管理暫行辦法》（市政府令第234號）正式頒布，7月1日起施行。
5月24日，集團公司與各金融機構舉行杭州地鐵1號線固定資產貸款合同簽約儀式。
12月15日-17日，地鐵2號線一期工程可行性研究報告通過專家審查。
12月19日，地鐵1號線一期工程保險合同正式簽訂，這是我國地鐵工程保險史上保額最大的保單。
2008年
1月28日，城星路站主體結構完工，這是杭州地鐵一期工程正式動工後第一個完成主體封頂的車站。
3月24日，市發改委發布地鐵一期工程1號線特許經營項目招商公告，擬引入境內外投資者參與杭州市地鐵一期工程1號線項目的投資、建設和運營。
4月3日，地鐵2號線一期工程建設項目用地通過國土資源部預審，至此地鐵2號線一期工程可行性審批的支持性文件已全部齊備。
4月14日，國家發改委批複地鐵2號線一期工程可行性研究報告。
6月3日，《杭州市城市快速軌道交通建設規劃近期實施項目局部調整研究報告（2007年～2013年）》（送審稿）上報市政府。
6月16日，集團公司獲2007年度“省重點建設立功競賽先進集體”榮譽稱號。
6月28-30日，省發改委主持召開杭州地鐵2號線一期工程初步設計審查會。
7月14日，省發改委批複同意杭州地鐵2號線一期工程初步設計。
7月18日，杭州地鐵1號線首台盾構機“錢江1號”率先始發。
7月31日，市政府批複同意設立杭州市地鐵置業有限公司。
8月11日，市政府常務會議審議並原則通過了《關於加快推進杭州地鐵物業開發工作的意見》，經局部修改後，於9月1日由市政府辦公廳正式印發。
8月19日，集團公司與市電力局簽署了110KV電源接入工程總體委托管理協議。
9月28日，地鐵2號線東南段開工建設。
10月13日，經國務院批準，國土資源部批複了地鐵1號線工程建設用地。
11月15日下午15時20分，杭州地鐵1號線湘湖站發生基坑坍塌重大安全責任事故，造成21人死亡，多人受傷。2009年4月8日，搜尋到最後四名遇難者遺體。
11月26日，市政府常務會議原則通過了《關於切實加強地鐵建設安全工作的意見》，市政府辦公會議原則通過了《杭州市地鐵突發事故應急搶險預案》，分別於12月4日和12月11日正式下發。
2009年
1月5日，市委、市政府召開全市交通建設工作專題會議，討論通過了地鐵1號線杭港合作原則性協議。
1月12日，地鐵2號線東南段工程初步設計方案通過省人防辦審查會審查。
1月16日，地鐵1號線項目杭港合作原則性協議在杭州草簽。
1月17日，地鐵2號線東南段工程初步設計方案通過省公安消防局審查會審查。
3月7-10日，集團公司與市建委共同組織專家對正在開挖和即將開挖的14個站點進行設計及施工組織方案審查。
4月10-11日，地鐵1號線下沙文澤路至16號路段工程及臨平高鐵站工程通過初步設計審查。
4月28日，集團公司組織召開了七堡車輛段上蓋物業城市設計及綜合體概念方案征集評選會，經過嚴格評審，最終推薦法國AREP公司的A方案、茂盛工程亞洲谘詢有限公司的B方案為優勝方案。
5月22-24日，住建部來杭對軌道交通安全生產工作進行督查。
7月7日，集團公司組織召開了艮山門站上蓋物業綜合體城市設計及概念方案專家評選會。經過兩輪評選，浙江綠城建築設計有限公司與凱裏森建築谘詢上海有限公司聯合體的方案排名第一。
7月11日，杭州地鐵站名命名原則通過專家審查。
7月19日，地鐵1號線喬司南站～客運中心站區間隧道雙線貫通。這是杭州地鐵史上首個實現雙線貫通的隧道區間。
8月1日，經國務院同意，國土資源部批複了杭州地鐵2號線一期工程建設項目用地。
8月底，杭州地鐵標誌確定。
9月16日，1號盾構作為杭州地鐵過江隧道首台盾構（江陵路站～富春路站盾構區間）順利穿越錢塘江南岸大堤。
9月20日，高沙路站完成主體結構施工，標誌著杭州地鐵1號線一期工程下沙段的四個站點主體結構全部完工。
9月23日，集團公司與杭州西湖國際博覽有限公司簽署了《開發地鐵施工圍擋廣告合作協議》。
9月27日，集團公司與南京南車浦鎮城軌車輛有限責任公司簽訂了地鐵1號線車輛整車合同，與株洲西門子牽引設備有限公司、西門子（中國）有限公司和西門子國際貿易（上海）有限公司組成的聯合體簽訂了牽引、製動係統采購合同。
10月12日，10號盾構（打鐵關站～武林廣場站盾構區間）作為我市主城區第一台盾構在打鐵關站始發。
10月30-31日，地鐵1、2號線9個工程的調整初步設計方案通過專家審查。
11月28日，集團公司與浙大網新簽訂了地鐵1號線信號係統和自動售檢票係統合同。
11月30日，地鐵1號線工程防淹防護密閉隔斷門係統樣機國家鑒定暨《智能防淹防護密閉門研製》科研項目成果鑒定會在諸暨舉行。
12月8日，地鐵1號線打鐵關站～閘弄口站區間左線隧道貫通，這是我市主城區內首條貫通的地鐵隧道。
12月26日，杭州首個地鐵綜合體——七堡車輛段綜合體正式開工建設，這標誌著杭州“地鐵+物業”開發理念進入實踐階段。
2010年
1月6-7日，市軌道交通線網規劃（修編）方案通過專家審查。
1月7日，集團公司與福州地鐵簽訂了友好合作企業協議。
1月27日，地鐵1號線客運中心站～下沙西站區間4號聯絡通道挖通。這是杭州地鐵史上首座開挖並挖通的聯絡通道。
3月2日，地鐵1號線首條過江隧道安全掘通。
3月4日，市政府和香港鐵路有限公司就地鐵1號線項目的特許經營、合作經營、資產租賃等簽訂了協議或合同。
3月27日-4月2日，兩套杭州地鐵1號線車輛外形和內裝美工方案在杭州網及杭州城建陳列館進行公示。
5月17日，市政府批複同意地鐵1號線34個站點的擬命名方案。
5月28日，集團公司與杭州日報報業集團共同簽署了戰略合作協議，雙方將共同出資組建地鐵文化傳媒公司。
6月30日，杭州地鐵工程突發事故應急演練在地鐵2號線錢江路站舉行。這是杭州地鐵第一次大規模的演練。
8月1日，集團公司內部報紙《杭州地鐵》和門戶網站正式推出。
8月8日，地鐵1號線城東新城～下沙新城（彭埠站～文澤路站）8個區間約15公裏的地鐵隧道全部貫通。
8月18日，杭州市地鐵集團有限責任公司運營分公司成立。
9月15日，省發改委批複同意地鐵1號線11個工程的調整初步設計方案。
10月18日，地鐵1號線鋪軌儀式在喬司南鋪軌基地舉行，杭州首條地鐵正式進入鋪軌階段。
11月10日，市軌道交通線網規劃優化及二期建設規劃方案專家谘詢會在杭召開。
12月15日，地鐵1號線武林廣場站～文化廣場站區間右線10號盾構首次穿越京杭大運河。
12月22日，市軌道交通建設工作領導小組第五次會議召開。
12月22日，地鐵2號線首台盾構機下井組裝，地鐵2號線開始進入盾構施工階段。
12月23日，集團公司團工委成立。