藤原鐮足辭世後，天智天皇與大海人皇太弟之間再無人調和維係，原本同心戮力的一對手足，到底因為額田王有了不可解的心結。天智十年（671年）正月，天皇封大友皇子為太政大臣，位列朝廷左、右大臣之上，而大友皇子當時不過才二十出頭，雖有過人才智，但畢竟無力擔當朝中首輔之職。同時，這樣的安排也令大海人皇子明晰了皇兄的用意——子嗣和兄弟之間，他到底作出了選擇。
是年陰八月，天智天皇久病不起，顯然已是時日無多。當時的大和朝廷中尚有“以弟繼兄”的傳統，因此朝中支持大海人皇子繼位的勢力也不在少數。然而大海人皇子卻做出了意外之舉：剃度出家，往吉野山中修行去了。
滿朝驚駭，大海人皇子一直信仰神道教，怎會忽然皈依佛門？內侍們私下傳出消息，說天智天皇於病榻上將大海人皇太弟招入寢殿，想以國是委任，大海人卻拒絕了，還讓天皇將政務委以大友皇子及皇太後，自己則要出家修道，為天皇之病祈福。天皇歡喜，當即準奏，並立即命僧侶入殿，為皇太子剃除鬢發，皈依佛門。
雖然大海人皇子隻字未提，鸕野皇女卻相信那傳言並非虛妄，那是她父親做得出來的事情，亦是一個在生死邊緣之際不想讓自己一世權謀欲望旁落他人之人所擁有的最後絕情。這份絕情，也成為壓垮他們兄弟情分的最後一棵稻草。
翌日，化身沙彌的大海人皇太弟將私藏兵器悉數充公，屏退半數舍人仆役，帶著鸕野皇妃、草壁皇子等人離開飛鳥京。居於天智天皇皇宮中的大津皇子也趁亂逃了出來，隨同父親一起前往吉野山。
鸕野皇妃想起父親昔日說的話：“皇弟與我有手足之情，自會善待你們，雖不能保你一世富貴，卻可得善終。”
天智十年（671年）冬，不可一世的天智天皇崩逝歸天，大友皇子繼天皇之位。繼位後的第一件事便是為父親修築陵寢。借築陵之名，大友皇子廣募壯丁，招買兵馬，將招來的役人們以軍事編製，且人人配給武器，兵矛劍刃直指吉野山中。
大海人皇子聞得風聲，立刻向東前往伊賀、美濃屬地，聯絡地方部族，集結兵力。天智先皇念在手足之情上沒有趕盡殺絕，年輕的侄兒可不懂這一套。很快，不滿於皇權的豪族紛紛依附於大海人皇子，兵力約在萬餘。大海人皇子決定先發製人，為了與大友皇子的王軍相區別，他讓每一個兵士都綁上紅色的頭巾，一時間，鄉野間紅潮暗湧。
天智天皇殯天後翌年夏，大海人皇子的軍隊與大友皇子的王軍在琵琶湖南端的大津城對陣。此一役，旗幟蔽野，塵埃連天，鉦鼓之聲數十裏可聞，列弩疾發，箭矢密如芒雨。最終，城府尚淺的大友皇子敗績，走投無路之下於山中自縊，左、右大臣及群臣皆散亡。這場由兄弟隔閡引發叔侄之間的權位之爭，因發生在壬申之歲，故稱“壬申之亂”。
盡管天智天皇苦心經營，他一心愛護的大友皇子僅僅在位八月餘，便丟了王位、送了性命。不久，大海人皇子班師回朝，於飛鳥淨禦原宮繼位，帝號天武，鸕野皇妃被立為皇後。
然而，故事並未完結。
餘韻
天武八年（679年），初夏方至，已近天命之年的天武天皇重幸吉野山，隨行的除了鸕野皇後，還有草壁、大津、高市、河島、忍壁、芝基六位皇子。
他昔日容身的山野寺廟，如今已經重修得富麗如許了，庭中那株櫻樹高大茂盛，隻是花期早已過了，隻剩下一樹青碧。天皇問諸皇子及皇後，待他百年之後，皇子之間將如何相處？草壁皇子搶先剖白，說他們兄弟雖然各出異腹，但畢竟是血脈至親，今後彼此謹遵天皇敕令，互相扶助。有違者身死命亡，子孫斷絕！其餘五位皇子見狀，也依次盟誓。天皇心有所感，以身披的襟袍緊緊裹住六位皇子，兩行濁淚無聲而墜。