（一）加強政府部門和母體高校的監督調控
政府的監督調控主要表現在：引導獨立學院樹立正確的辦學理念，規範獨立學院辦學，檢查和督促獨立學院日常管理體製和運行機製，監管獨立學院資產，監督辦學經費的使用，審核招生計劃，進行教育質量和辦學效益評估，組織開展對獨立學院發展、改革有重大影響的專項教育評估活動等。
母體高校要按照教育行政部門的要求對獨立學院的教學和管理負責。
母體高校參與獨立學院管理體現在：對獨立學院的領導班子組建、學科建設、師資隊伍、人才培養、教學管理等進行全麵的指導和把關；對投資者的投資到位情況進行監督，確保獨立學院建立穩定的教學和管理秩序；對獨立學院內部運行進行監控和檢查，使獨立學院能夠獨立、規範地成長。
（三）引導校內群體和社會力量參與支持
校內群體包括廣大教職工個人、工會、共青團、教代會和民主黨派。校內群眾監督的主要依據是民主評議，衡量是非的標準就是群眾是否滿意、是否擁護。實行群眾監督，就是要不斷拓寬群眾監督的渠道和途徑，召開各種形式的群眾座談會，聽取群眾的反映，對領導幹部工作情況進行評議與考核。校務公開是實行群眾監督的重要形式，更是民主監督製約機製的重要內容，其實質就是使各種職權活動處於群眾的有效監督之下，組織學院廣大師生員工以及學校相關部門的工作人員開展評議，使領導接受群眾監督，體現了學校管理的科學化、民主化。
社會力量包括區域內的政府官員、用人單位、專家、協會團體以及廣大學生家長。社會力量監控的範圍很廣，涉及獨立學院的方方麵麵，如師資力量、人才培養質量、學校在社會上的影響、學校工作的各種目標及學校的管理工作等。在監控方式上，可以通過講座、谘詢、產學合作等形式參與進來。
如獨立學院的專業設置，可以組織政府官員、企事業單位、協會團體的專家進行論證，充分聽取社會對辦學的意見和建議，最終形成符合實際的方案；再如通過建立家長委員會等載體加強與家長聯係，尋求獨立學院學生管理的新思路和新方法，提高獨立學院管理的水平。
（三）加強民主監督的製度化、法製化
要提高獨立學院的管理水平，必須有一整套的規章製度作保證。如建立規範獨立學院發展的宏觀政策，形成獨立學院辦學具有權威的政策，如《若幹意見》、《辦法》就以文件的形式對獨立學院辦學進行了規範和界定，對一些不合規範的學校進行了清理和重新審批，促進了獨立學院的建設和發展。建立獨立學院管理幹部、教師的監督製度，如建立領導幹部任期目標責任製、黨風廉政建設責任製、考核獎懲製度、崗位聘任製度、幹部經濟責任審計製度、行政督察製度等，對獨立學院的幹部、教師進行規範管理。
第三節 獨立學院的內在動力機製
相對於普通高校，獨立學院的機製創新主要體現在獨特的人事製度與分配製度上。然而，有的獨立學院在這一方麵的優勢體現不夠，僅僅做了某些局部性的“修補”；有的獨立學院則完全模仿公辦高校。要解決這些問題，必須建立符合獨立學院特點的內在動力機製。
一、引入競爭機製，增強活力
（一）完善人才引進的擇優機製
獨立學院要實現科學地選拔人才，就要注重抓好選拔方式、崗位設置和錄用程序等環節，始終在科學、公平、公正的環境下進行。如招聘員工必須根據學校和專業發展的目標要求，嚴格標準，嚴格把關，對應聘人員采取多種測試手段，進行多方麵的考察和測評，以確保招聘到高素質的員工。在崗位設置上，要實施按需設崗、因事設崗，按崗擇人，這樣才能有效控製成本，提高崗位的效率；在錄用程序上，要充分體現公開、平等、競爭的原則，堵住說情風關係網，保證引進人才的質量；要逐步在招聘程序上進行改革，注重程序的公開性原則，體現聘用的公正性。
（二）完善人才使用的競爭機製
1．實施聘用製度
傳統高校一般實行的是事業單位職員製度，這一製度的一大弊病就是類似“終身雇用”，一般職員隻要不出大錯，不違法，就不會被解職。近年來，為了適應市場競爭，加強人事製度改革，許多高校相繼引入了聘用製。聘用製是通過法律形式確定並調整用人單位與勞動者之間的勞動關係，明確相互權利義務的一種用工製度，現行的聘用製度主要有人事代理和雇員製。
其中，人事代理製度是指政府人事部門所屬的人才流動管理事業組織，接受單位或個人的委托，依據法律法規，按照一定的人事管理規範，運用社會化服務的方式，對用人單位和人才的人事事務實行綜合性專業化的代理。雇員製是用人單位根據需求直接聘請專門人才，按契約化管理的用人方式。