所以，越是這麼想，皇帝越是催得緊，他越是不出戰。
然而不久，自己的師友江忠源、吳文鎔先後敗死，內外壓力和愧疚之心使他再也穩不下神了。
吳文鎔是曾國藩考進士時的閱卷大臣，是他的恩師。先為貴州巡撫，太平天國進攻長江數省，調為湖廣總督。西征軍攻武昌，吳多次向曾國藩求援，亦向鹹豐大力推舉曾國藩的水陸師情況，曾竟不赴援。鹹豐四年一月十五日（1854年2月12日），吳領軍在黃州堵城與太平軍大戰，軍潰，吳文鎔投水自殺。
吳文鎔死前還給鹹豐上疏，認為皖湘數省，隻還有曾國藩一軍可戰；並寫了一封遺書給曾國藩，讓他好自為之。
後來，長沙有個叫黃冕的人給曾國藩提議道：“長江上下千裏，港汊極多，敵船容易藏匿。因此，最好每營都添十艘小戰船（即三板），這樣就便於在港汊中搜尋敵船。”曾國藩對此非常讚同，於是就開始對水師的編製進行了如下的調整：每營配製快蟹一艘、長龍十艘、三板十艘。人員配製如下：快蟹配二十八名槳工、八名櫓工；長龍配十六名槳工，四名櫓公；三板配十名槳工。正是這樣的水師配製，才能夠使曾國藩日後在對太平軍作戰中取得勝利。
湘軍走向近代化
曾國藩初辦團練時，手無一兵一卒，但他卻在最後成為江忠源的楚勇、羅澤南的湘勇等勢力的精神領袖，並在湘軍的逐漸發展過程中，大批湘籍非湘籍的人才為曾氏所用。除了誌向，思想相通之外，曾國藩待人之道也起了很大的作用。他“待人以誠，待人以恕”，但在關鍵時刻卻絲毫不會心慈手軟。
在曾國藩移駐衡陽前編練湘軍的時候，王錱本來是曾國藩非常賞識的一名將領，一直準備要重用他。但王錱在曾國藩將營地搬到衡陽後，曾受命回湘鄉募勇。王錱回到湘鄉後，十分張揚，出入都要敲鑼打鼓，鄉人為之側目，又將勇丁多招至三千人。更令曾國藩氣憤的是，王錱帶著這三千勇丁到長沙，竟與湖南巡撫駱秉章來往密切，並漸漸流露出自成一軍，不再聽曾國藩指揮的傾向。
曾國藩於是斷然要求王錱除原帶一營外，新招者隻留二營或三營，營官由曾國藩處任命，並按統一營製編練。但駱秉章卻不令裁撤，命其加緊操練，駐省聽調。這樣，王錱更拒不聽命，從而導致曾、王徹底決裂。王錱從此自定營製，自派營官，在組織上、製度上獨立於曾國藩之外，自成一軍。人們以後也習慣地稱之為老湘軍，以別於曾國藩統轄的湘軍。
曾國藩在關係到自己以及湘軍的前途命運的大事時，每次都不妥協，這次也不例外。於是，在1853年12月，他終於與王錱攤牌，就兩人間的關係做一個了結。他給王錱發去一封最後通牒式的信函，提出王錱必須在遵守湘軍的營伍製度與脫離曾國藩的湘軍係統之間做一個明確的選擇。
曾國藩向王錱提出了五條要求，並聲明，如果對方接受，則合力並進；如果不能接受，則從此分道揚鑣。