第二份奏折名為《嶽州戰敗自請治罪折》。對於曾國藩的兩份奏折，鹹豐帝顯得十分寬宏大量。雖然他嚴厲指斥了曾國藩，同時又給了他將功贖罪的機會：“曾國藩奏水陸各軍接仗情形，並自請治罪一折，此次嶽州水軍雖獲小勝，唯因陸路失利，以致賊匪複行上竄。曾國藩統領水陸諸軍，調度無方，實難辭咎，著交部嚴加議處。仍著督帶師船迅速進剿，克複嶽州，即行赴援武昌，毋得再有遲誤。曾國藩所統各勇為數過多，既須剿辦粵匪，又須搜捕土匪，即如所奏，有拔赴平江、通城者，有拔赴臨湘、蒲圻者，又有不能依限前進者，散布各處，照料既不能周，剿捕自難得力。一有敗衄，人無固誌，似此何能力圖進取？此時肅清江麵專恃此軍。曾國藩初次接仗即有挫失，且戰船被風沉損多隻，何事機不順若是？現在湖北待援孔亟，曾國藩以在籍紳士專顧湖南，不為通籌大局之計，平日所以自許者何在？”
雖然鹹豐皇帝沒有怪罪曾國藩的意思，但是曾國藩在接到鹹豐皇帝的聖裁後，自己反倒覺得非常慚愧。他自感沒有臉麵再和城內的官紳打交道，因此，他沒有進城，而是駐紮在長沙城外。這時，曾國藩的腦子裏隻有一個想法：如何抓住時機，將所有的太平軍全部消滅，一來洗雪心中的憤懣，二來也可以讓自己不再在皇帝和湖南官紳麵前丟顏麵。
靖港一帶，漢港紛歧，水陸兩路而旁通湘江西岸之寧鄉、益陽、湘潭等縣，於是太平軍決定一麵以水軍進逼長沙；一麵以陸軍取道寧鄉攻占湘潭，對長沙采取包圍的形勢。有人說，“陸營現已失敗，當趁軍心未散時率水軍進攻，水陸交攻，或可轉敗為勝。”曾國藩認為頗有道理。
曾國藩召集諸將議戰。當時，太平軍攻占嶽州、湘潭後，兵鋒正直指省城長沙。曾國藩若進入長沙無疑是自困城中。於是有人認為應先攻靖港，奪取太平軍屯駐地；但也有人反對說，“若靖港失敗，退還城下，即入死地”，應該攻湘潭，如果不勝，保複廣州，即使長沙被攻陷，也可再奪回來。曾國藩見眾人你一句，我一語地爭論不休，也沒了主意。這時水師十營官將，公推彭玉麟決定攻守戰略，彭取上策，定先攻湘潭並親率五營先期出發，約定次日曾國藩率五營殿後。
湘潭失陷
太平軍嶽州一役的勝利起到了意想不到的效果。它大大鼓舞了太平軍的士氣，同時對湖南境內的各股反清勢力也是很大的鼓舞。在這大好形勢下，太平軍做出了向長沙進軍的決定。為了給奪取長沙奠定一個堅實的基礎，太平軍決定先將離長沙九十裏的湘潭和離長沙五十裏的靖港這兩個地方攻克。在太平軍的淩厲攻勢下，清廷綠營軍紛紛逃竄。湖南的清軍在走投無路的情況下，隻得投奔曾國藩的湘軍。而在嶽州之戰中慘敗的湘軍，死傷七八百人，又被曾國藩淘汰掉了一千餘人，因此，隻剩下七八千人可以供曾國藩調動。所以當時太平軍的作戰方略是：首先將曾國藩的湘軍殲滅，再攻取長沙城。
曾國藩聽說了太平軍水陸並進，將要逼進省城的消息後，大驚。這時太平軍的陸軍已散落地分布到嶽州、湘陰各地，他們的戰船也密集在了臨資口、樟樹港、喬口、靖港等處。由於連續多日北風凜冽，大雨不斷，水軍不能去剿滅太平軍。曾國藩把各陸水軍布置在靖港港外，建好堅固的炮台，以等待時機攻打。
有人說：“陸營現已失敗，當趁軍心未散時率水軍進攻，水陸交攻，或可轉敗為勝。”曾國藩認為頗有道理。三月二十四日，大風剛剛有所平息，曾國藩便命令各營水師駛入靖港，如此反複，共擊中了船中以及岸上的太平軍共二百多人，擊沉了三隻船，另外還有一隻火藥船。太平軍知道省城水陸兩邊都防守甚嚴，不敢公然闖入，便想由陸路繞過寧鄉，直接向湘潭進攻。曾國藩先派湘軍營官伍宏鑒、魏崇德、郭鴻翥率領湘軍近千人建立營房，以防止太平軍的進攻，並囑咐這些營官，因為太平軍的氣勢極為囂張，所以一定要防守謹慎，但不要主動出擊，待到塔齊布率兵到達時，再籌劃進攻追剿的事。