太平天國的元氣因經曆此次內亂而大傷。太平天國上上下下對於洪秀全的個人崇拜遭遇到了信任危機，人們開始懷疑洪秀全的神話。這讓太平天國政權階層感受到了重大的打擊。這個新成立的“政教合一”的組織不得不收斂起鋒利的進攻態勢，開始堅壁清野、固守城池。此時的太平天國沒有絲毫力量再進行攻城略地之舉了。幾個月後，在蘇南戰場的清軍江南大營死灰複燃。1857年，清軍張國梁部攻克鎮江，威逼天京。在江西，石達開回天京之後，曾國藩開始全麵反攻。江西太平軍力量幾乎全部瓦解，僅存湖口、九江等地，成為孤立的據點。在湖北方麵，太平軍守衛武昌城的是韋昌輝的弟弟韋俊。韋昌輝被殺後，他方寸大亂，鬥誌全無，棄城而逃後投誠了湘軍。胡林翼重新占領了武昌。武昌的失守讓戰局立即得到改變。1856年底，湘軍水陸兩路再次順江東下，連陷黃州、蘄州、大冶、興國等。1857年1月，又攻下黃梅。在湖北，太平天國丟失了大量地盤，基本喪失了戰鬥力。緊接著，李續賓統率湘、楚軍一萬多人，直抵九江城下。很快，九江城被攻陷，太平軍一萬多人陣亡。
洪秀全麵對太平天國兵敗如山倒的頹勢，在用人方麵做了調整。1857年，洪秀全從香港招回了洪仁玕，又讓李秀成、陳玉成、李世賢等青年將領挑起了大梁。李秀成、陳玉成等執掌軍權之後，混亂的局麵得到控製。雙方的軍事形勢又呈對峙平穩局麵。這段時間，雙方就像互相搏擊的野獸一樣，一邊舔著自己的傷口，一邊絞盡腦汁尋找對方的破綻，謀劃著給對手致命一擊。曾國藩就像一條陰險的眼鏡蛇一樣，全力對自己的部隊進行整編改進，補充了大量先進的槍支彈藥。
曾國藩一直是一個戰略高手。雖然就具體戰術的製定和執行而言，不是他的強項，但他有高屋建瓴的視野，能憑借敏銳的觀察力和智慧，從大勢上看到太平軍的薄弱之處。在曾國藩看來，太平天國的本質還是“流寇”。對於這樣的對手，一定要避其鋒芒，消耗其銳氣。如果湘軍能得到有效的堅持，太平天國肯定會不戰自亂。因為它的實力和倚仗的信仰，無法支撐它去打持久戰。也因如此，曾國藩在整個戰略思想上，更接近於穩紮穩打、步步為營；更熱衷於拚消耗、拚實力、拚時間。自此以後，湘軍一直貫徹著曾國藩的戰略思想：不輕易打仗，一旦紮下營寨之後，先把自己的防守立於不敗之地，把營寨布置得固若金湯。曾國藩甚至對湘軍營盤圍牆建設都作了硬性要求。要求營盤的圍牆一般要有八尺高、三尺厚；牆外麵必須有深溝，深溝八尺寬、六尺深，牆外兩道，牆內兩道等等。這樣的營寨紮在哪裏都是一道堅固的堡壘。應該說，曾國藩的戰略思想對於太平天國的打擊是致命的。一支離開了本土，在組織路線和指導思想上都支離破碎的軍隊，是很難長久維持的。
戰爭就這樣在僵持中陷入了死局。這種死局對每一個人都是嚴峻的考驗。久而久之，湘軍和太平軍雙方都對這種情況感到厭倦了。不知道這樣的戰爭什麼時候結束？為什麼要打這一場戰爭？……這樣的局麵，離曾國藩所預計的相差很遠。
借丁憂脫困
這樣的日子讓曾國藩感到極度的困難和苦惱。但是，他本人也不知何時才能結束。正當他為此而苦惱之時，一個意外的消息讓他擺脫了困境——其父曾麟書於鹹豐七年二月四日（1857年2月27日）逝世。聞此噩耗，曾國藩立即向鹹豐帝陳報丁憂，並要求開缺守製。他不等諭旨允準，便與弟弟曾國華自江西奔喪返鄉。在陳情奏折中，除以孝道為由，堅決要求開缺外，還說此時返鄉守製並不影響大局。