這些隻是太平天國對湘軍“客觀上的幫忙”，此外還有“主觀上的幫忙”。
羅爾綱先生指出：湘軍“之所以如此重要，不在於與太平天國的對抗，湘軍陸軍遠非太平軍對手，曾國藩自己也承認他的陸軍‘全不能戰’，太平天國的敗亡，實洪秀全‘自惹而亡’。”的確，太平天國一次又一次地由於它本身的失策、失和、失誤、失政，而為曾國藩和湘軍提供了發展、喘息、調整、進攻的絕好時機。這種失誤既有軍事上的，又有政治上的；既有戰術上的，又有戰略上的；既有前線的，又有朝中的。
1855年初，在兩湖戰場大獲全勝的湘軍在江西遇到了麻煩，石達開主持的西征太平軍與曾國藩主持的東征湘軍，在九江、湖口一帶遭遇了。兩強相爭，石達開技高一籌，先是在湖口、九江一帶連破湘軍，還俘獲了曾國藩的座船，逼得曾國藩險些自殺；同時派軍乘虛西進，第三次占領武昌，使湘軍第一次東征的成果完全喪失。曾國藩領著湘軍坐困於江西，進退失據。先是大將塔齊布病亡，再是羅澤南戰死於武昌城下，馬繼美死於南昌，周鳳山兵敗被革職，隻有劉於潯率領湘軍水師駐守南昌、臨江，也是師久無功勉強盤踞而已。太平軍中到處傳唱著這樣一首順口溜：“破了鑼（羅），倒了塔，殺了馬，飛了鳳，徒留（劉）一個也無用。”一位封建文人也憂慮地寫下了這樣的詩句：“破鑼倒塔鳳飛洲，馬喪人空一個留。此語傳聞真可歎，斯時寇盜大堪憂。”到1856年4月4日，江西太平軍已經控製了江西十三府中的八府五十四個州縣，而曾國藩和他的湘軍被困在南昌和南康兩府間的狹小地帶，難以打開局麵，湘軍的使命似乎要宣告終結了。
就在太平天國在軍事上達到鼎盛局麵的時候，一場嚴重的內訌發生了，這就是天京變亂。自永安建製起，東王楊秀清的地位就遠高出其他諸王之上，西王以下各王“俱受東王節製”。隨著定都天京以後革命形勢的穩定與好轉，楊秀清的野心也一天天膨脹起來，他不再滿足於做“九千歲”，而想打破“一人之下萬人之上”的局麵，取洪秀全而代之，或者把洪秀全完全架空，做真正的天朝領袖。事實上，楊秀清當時已經是天朝真正的當家人了，洪秀全自進入南京城後，便重蹈了曆代封建皇帝的覆轍，滿足於奢靡享樂，“從此君王不早朝”，把一切軍政大權都交給了楊秀清。楊秀清在主政的三年間，充分展現出了他天才的軍事、政治才幹，天國的建設還算井井有條，特別是攻破了江南、江北大營，西征也取得了輝煌的戰績；同時他也越來越不知收斂，甚至利用自己“代天父傳言”的特權杖責天王洪秀全，逼迫洪秀全封他為“萬歲”。
1856年9月2日，北王韋昌輝突然率部從江西前線趕回天京，殺死楊秀清及其眾多部屬。後來韋昌輝濫殺過多，為洪秀全所殺，石達開被召回天京主持大局。但經此一變的洪秀全已經不再相信異姓兄弟，石達開忠而見疑，負氣出走，先是到安慶，最後於1857年10月率十餘萬太平軍遠征，脫離了天朝體係。
天朝的變亂直接影響了戰局，為湘軍“突出重圍”創造了機會。死於內訌的數萬太平軍將士中，既有功勳卓著、能征慣戰的大將，更多則是從廣西跟出來的“老兄弟們”，是太平軍的精銳。石達開的率部出走，使太平天國少了一位智勇雙全、德高望重的翼王，也使曾國藩和湘軍失去了最為懼怕的對手。石達開率所部十多萬人獨立行動後，再也沒有發揮出他那傑出的軍事天才，始終沒有打開局麵，最後在四川大渡河畔兵敗被殺。
就在天京變亂的當年年底，胡林翼率湘軍重占了武昌。就在石達開率軍出走的當月月底，江西湘軍攻陷湖口，內湖水師得以衝出鄱陽湖與外江水師會合。1858年5月19日，李續賓督率湘軍攻克九江，林啟榮與一萬七千餘名守城將士全部戰死，江西戰場的主動權落入湘軍手中。