如果把太平軍與湘軍的爭戰分為三個時期的話，前期的爭奪圍繞著九江，中期的爭奪圍繞著安慶，後期的爭奪則是圍繞著天京。三座城市，沿著長江自上而下，恰好印證著曾國藩所提出的“踞上遊之勢”破竹而下的戰略設想。曾國藩設計雖妙，太平軍鬥誌更堅，每一次爭奪戰都讓湘軍付出了慘重的代價，而每一次最後的失敗又都是由於太平天國的戰略性失誤幫了湘軍的忙。安慶之戰尤其如此。
天國後期的戰略方向始終未能統一，從而導致了軍事決策上的猶豫不定和朝令夕改。忠王李秀成和英王陳玉成是天王軍事上的左膀右臂，陳玉成一直主張集中力量解安慶之圍，遏製湘軍在上遊的攻勢；李秀成則主張先進攻蘇州、杭州、上海，等到東南的戰局穩定之後再回師西援。由於洪仁玕的支持，天王采納了李秀成的意見。蘇杭一帶的財富雖然填充了天朝的聖庫，西線的形勢卻一天天惡化起來。
直到1860年9月下旬，天國才意識到形勢的嚴峻，組織各路太平軍進行第二次大規模的西征。如果太平軍集中主力在皖北戰場決戰，以部分兵力在外圍進行牽製作戰，還有希望打破湘軍對安慶的包圍，但他們在軍事行動上卻一誤再誤。李秀成在皖南攻祁門不下，便轉道入浙江，又經江西打往湖北，牽延了時日，也錯失了消滅曾國藩總部的絕好機會。
陳玉成先是試圖直接救援安慶，與多隆阿部接戰不利後又繞道西進，直撲武漢。這本來是湘軍，特別是胡林翼最為擔心的（胡當時任湖北巡撫，有守土之責），但陳玉成在黃州遇到了英國水師提督何伯和參讚巴夏禮，他們聲稱進攻武漢會妨礙英國的商業利益，警告陳玉成不要這樣做。陳玉成便停止了向武漢的進攻，轉向鄂北一帶作戰。這樣並不足以牽動湘軍回援，對於安慶戰局是徒勞的，陳玉成不得不在轉戰數月後，於1861年4月底重新回到安慶集賢關內外，開始直接進攻圍城的曾國荃部。這時李秀成已經從江南殺入湖北，進逼武昌，使曾國藩和胡林翼惶惶難安，曾的幕僚趙烈文判斷：“李秀成既已至鄂省南境，更進則武昌動搖，安慶之圍亦當不攻自解。”可惜李秀成隻在鄂省逗留了一段時間，並未繼續向武昌進攻。當他聽說李世賢部在江西樂平打了敗仗、陳玉成則在兩個月前從湖北撤退時，便移兵東進杭州經營他的蘇福省去了。湘軍上下虛驚一場，太平天國解救安慶之圍的最後機會已經失去。
同年9月，安慶失陷，次年5月，英王陳玉成被俘後犧牲，天國的日子更加艱難了。太平天國失敗後，洪仁玕總結說：“如果英王不死，天京之圍必大不相同，因為若彼能在江北活動，令我等常得交通之利，便可獲得仙女廟及其附近諸地之源源接濟也。英王一去，軍勢軍威同時墜落，全部瓦解，清軍便容易戰勝。”
1860年以後，清軍對太平天國的作戰逐漸形成了三個主戰場：曾國藩直接領導的西線戰場，李鴻章部淮軍開辟的蘇南戰場，左宗棠楚軍開辟的浙江戰場。這樣就從戰略上形成了對天京的包圍態勢。太平軍各部隻有集中兵力，密切配合，才有希望打破包圍、爭取主動。可是通觀這一時期的太平軍，一方麵內部意見不一致，難以形成統一的戰略行動和密切的戰役配合；一方麵被湘軍牽著鼻子走，東征西進，在疲於奔命消耗實力、坐失戰機。湘軍圍攻安慶、打天京，都靠的是一股“極亂時站得定”（羅澤南語）的堅韌，太平軍卻恰恰缺少這種堅韌。安慶失陷後，太平軍已經注定了失敗的命運，軍事上的一切努力都將是徒勞的，何況天朝的大廈早就被內部生出的蛀蟲腐蝕得岌岌可危，搖搖欲墜了。
太平天國之興，在於得民心，所以才會在北上東進的征程中，如滾雪球般迅速壯大了隊伍。許多生存無計的百姓攜家帶眷投入到太平天國的懷抱。太平軍過境之處，人們莫不懷念，湘軍領導人氣得大罵“莠民”“兵至為民，賊來從逆”。在江西袁州被湘軍圍攻時，太平軍準備棄城而去，城中紳士竟籌資挽留。