在成吉思汗的事業中，宗教是個嚴重而複雜的問題。成吉思汗在少年時代崇信薩滿教，然而隨著其閱曆的豐富，地位的鞏固，逐漸對宗教產生新的認識，製定了對各種宗教“兼容並包”的政策。這一宗教政策在一定程度上減少了被征服者的反抗，對蒙古貴族的得天下和治天下都起到不小的作用。
蒙古人的宗教是薩滿教，“薩滿”，蒙古語“布克”的意思，據說是掌管神與人的關係，傳達神的意誌，根除病症的很原始的東西。在蒙古草原，不論天還是神都叫“騰格裏”，是最高的神。
遊牧民族裏，無論是貴族、屬民還是奴隸都是按神的意誌來行事，“無事不歸於天”。因此。“長生天”、“永恒的天”、“永恒的天力”等語句經常掛在蒙古人的嘴邊，一切都歸於天命或神意的思想，使曆代可汗在統治和領導部眾等許多方麵有了憑藉。其號令一出，便具有無比的號召力和不可抗拒性。無論是進行爭戰還是政策的推行，都如順水行舟，可收到事半功倍的效果。後來，鐵木真正是巧妙地運用了這一思想，才得以稱汗，以至於建立起強大的遊牧民族。
“長生天”的古老信仰成就了成吉思汗
成吉思汗，本名鐵木真，1162（一說1167）年生於蒙古一個貴族家中。他父親被塔塔兒人毒死後，鐵木真隨母親和幾個弟弟生活處境艱難，曾被其他部落俘虜。鐵木真被迫依附勢力強大的克烈部部主（脫裏汗），並與另一蒙古部的首領（劄木合）結拜為兄弟，在此二人幫助下，鐵木真漸漸擴展勢力，重建了以本家族為核心的統治集團。1187年至1189年間，鐵木真自稱由豁兒赤傳達天命，被一些貴族擁立為乞顏可汗。1196年，鐵木真和脫裏汗共同出兵，幫助金朝討伐塔塔兒，並打敗了塔塔兒。鐵木真的聲望日高，勢力漸大，引起脫裏汗等人的疑懼，他們聯合攻打鐵木真，鐵木真被打得大敗，一度從者僅剩十餘人。不久由於敵手內部紛爭，鐵木真又反敗為勝，相繼攻滅了幾個部落。
1206年（宋開禧二年），鐵木真完成了統一蒙古高原的事業，在斡難河源召開貴族大會，又借通天巫闊闊出之神托，即大汗位，建大蒙古國，號成吉思汗。成吉思一詞有“海洋”、“有力”、“天賜”、“偉大”等諸多不同說法。
在蒙古人自己的思想體係中，至高無上的權力由天神即遊牧部落的主神長生天授予一位地上首領。作為天神選定的代表，成吉思汗受到長生天的保護和扶植，而長生天保證成吉思汗軍事與政治冒險的永久成功。
政策開明，力求宗教信仰和平相處
成吉思汗晚年，在攻伐中亞、西亞的途中，年老力衰，又深知完成統一大業重任的艱巨，因此，在得知丘處機有“長生”、“治國”之道後，邀請丘處機指點迷津。丘處機在西域的興都庫什山拜謁成吉思汗時，“以敬天愛民為本”、“以清心寡欲為要”的思想，回答了成吉思汗的詢問。從此，成吉思汗將“敬天愛民”的思想與“天力論”結合起來，並訓誡子孫嚴格遵循。
成吉思汗在經略中原、中亞、西亞的過程中，遇到了中原崇尚的儒家文化及信仰佛教、道教等民族，中亞、西亞、南亞信仰伊斯蘭教、猶太教、也裏可溫教等民族，歐洲信仰基督教、天主教等民族。成吉思汗意識到不同宗教文化對不同民族的精神作用，也認識到對這些不同民族宗教文化的寬容和開放，是實行其統一大業不可忽視的基礎。因此，他推行開放寬容的宗教政策，兼容並蓄，對佛教、道教、也裏可溫教等實行免稅政策，起到了安撫民心、選拔人才、推進統一的作用。
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成吉思汗射飛鷹
一次成吉思汗在打獵的時候，口渴難耐。正好附近有一窪山泉，他走過去捧起水就喝，正在這時候，突然一隻老鷹疾飛而至，成吉思汗虛驚一場，山泉潑得滿地都是。喝水的“渴望”被幹擾，成吉思汗勃然大怒，抽出腰間的羽箭射殺飛鷹，飛鷹中箭跌落在山頂。成吉思汗爬上山頂，發現飛鷹已經被羽箭穿胸而斃，而死鷹陳屍的山泉水源旁，有條被鷹啄死的大毒蛇。
成吉思汗恍然大悟：原來飛鷹救了我一命，正因為它剛才屢屢打翻我捧著的水，才使我沒有喝下被毒蛇汙染了的水。