明太祖在位期間，對佛教實行既整頓限製、又保護提倡的政策。這一宗教政策的實施，使得明初佛教迅速恢複和發展，促進了佛教諸宗的融通，奠定了後來僧寺分立製度。
明太祖朱元璋曾出家為僧，他對佛教也的確有感情，他建立明朝後，對佛教采取了保護措施，在朝廷設僧錄司官，統領全國佛教，促進了佛教的發展。
傳奇皇帝朱元璋
在中國帝王中，明太祖朱元璋是唯一的、最正宗的、和尚出身的皇帝。
朱元璋出生也是充滿傳奇，母親懷他時，是神受丹而孕。生下時紅光滿室，鄰居還以為朱家失火了呢。《明史？太祖》（本紀第一）記載：“母陳氏，方娠，夢神授藥一丸，置掌中有光。吞之，寤，口餘香氣。及產，紅光滿室。自是夜數有光起。鄰裏望見，驚以為火，輒奔救，至則無有。”傳說隋文帝楊堅有帝王相貌，朱元璋更不簡單，“比長，姿貌雄傑，奇骨貫頂。意誌廓然。人莫能測。”
因為貧寒，朱元璋17歲便出家皇覺寺。但不多久，因為災荒沒吃的，寺內也呆不下去了，隻好出去化緣。在化緣的路上，朱元璋得了一場大病，險些死了，幸好得到仙人的指點幫助，才免去災難。對於朱元璋的這段經曆，《明史》記載：“逾月，遊食合肥。道病，二紫衣人與俱，護視甚至。病已；失所在。凡曆光、固、汝、額諸州三年，複還寺。”從《明史》中可以看出，對自己出家當僧人的曆史，朱元璋並不覺得丟人，但他神化了這段曆史，虛構出“二紫衣人”出來。
大興佛教助王政
明太祖朱元璋以皇覺寺僧而成帝業，對佛教不僅崇信，而且有著特殊的感情。他登基伊始，就在南京天界寺設立善世院，建立僧官製度，下令免除憎人的度牒費，並召集東南名僧到南京數建法會、校刻藏經。
朱元璋深知佛教有導愚化頑輔助王政的作用，對佛教實行了扶植、保護、利用的政策。因此他於立國不久，就製定了嚴格、完善的宗教政策，推行了嚴格選任寺廟主持，對僧人進行業務考試，建立度牒，僧籍製度，控製寺院數量等一係列整頓措施。不久，又頒布了《申明佛教榜冊》，要求僧人各歸本宗，各事其職，並專門成立了主管佛教的政府機構——僧錄司，把佛教活動嚴格控製在政策管製範圍內，從而形成明代寺廟建設的突出特點：大寺統中寺，中寺統小寺的行政管理係統。在這個係統下興建了數量眾多的寺廟，僅南京一地就有大小寺廟300餘所，呈現出一片繁榮景象。
朱元璋並禦撰《集注金剛經》及《釋道論》、《三教論》、《習唐太宗聖教論》、《明施論》《心經序》等有關佛教的文章，並通令全國僧尼講《心經》、《金剛經》、《楞迦經》三經，分寺院僧為禪、講、教三類。
由於明太祖及帝後的帶頭崇信，熏陶感染，其後諸帝無不奉佛。成祖、宜宗、英宗、憲宗、孝宗、神宗及慈聖李太後等，都特別崇奉佛教，大力提倡佛教，興建寺院，廣做佛事。
明成祖為了紀念生母，下令在南京建報恩寺，前後曆時19年，花費白銀3000萬兩。報恩寺富麗堂皇，儼若王宮，且擁有田地塘蕩上萬畝，經濟實力十分可觀。諸王大臣也爭做護法敬僧、祈福延祚、弘法布道的善事。
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朱元璋與童謠
據《元史·五行誌》記載：朱元璋是安徽濠州（鳳陽）人，家境貧寒。至正四年，在濠州鍾離鄉的皇覺寺裏當了和尚。此後他隨郭子興起義，一步步成為該軍統帥，終於於公元1368年攻克了大都，推翻了元朝，建立了大名政權。其實早在元順帝至正十五年，就流傳著一首童謠：“一陣黃風一陣沙，千裏萬裏無人家。回頭雪消不堪看，三眼和尚弄瞎馬。”三眼和尚，指朱元璋，三眼寓意為超常；瞎馬指遍體鱗傷的元朝，因蒙古人被稱為馬上民族。