引起慢性疼痛的原因有很多種，但主要由以下原因造成：
第一，勞損或退變性的疼痛，即關節、軟組織（肌肉、筋膜、韌帶等）的長期勞損或者退化性變化引起的疼痛；
第二，慢性炎症性的疼痛，即長期、慢性的神經周圍組織或其他組織的慢性炎症所產生的疼痛；
第三，神經損傷或刺激性的疼痛，即因外周神經、中樞神經係統等損傷受刺激或者缺血性變化而引起的疼痛；
第四，精神和情緒相關性的疼痛，即因各種抑鬱症或者焦慮症、劇烈或明顯的情緒變化以及亞健康狀態等產生的各種疼痛；
第五，與腫瘤相關的疼痛，即由於腫瘤本身的生長、擠壓或者轉移而產生的局部或對鄰近組織的侵害性變化所引起的疼痛；
第六，與免疫相關的疼痛，即各種與免疫機製相關的因素發生改變而引起的疼痛；
第七，缺血性疼痛，因血液供應的減少而產生的各種疼痛；
第八，淤血性疼痛，由於血管或血液流通障礙所產生的疼痛。
在生活中，大多數人都拿普通的疼痛不當回事，隻是買些止痛類的藥物來止痛。其實這種認知是錯誤的，因為慢性疼痛會破壞大腦的正常機能，進而誘發更多的疾病。
國外曾有人做過研究，他們利用功能核磁共振成像，對下背部慢性疼痛患者的大腦活動進行掃描，同時，跟蹤監視電腦屏幕上的動態條形信息。另外，他們還對一組疼痛受到控製的患者進行了對比掃描。結果發現，那些沒有疼痛感的人大腦部位呈現出平衡狀態。這項研究的發起人恰爾沃指出，那些患有慢性疼痛的病人，他們跟情感相關的大腦皮層前區，總也安靜不下來，而且一直保持著高度的活躍狀態，令神經細胞受到勞損，進而改變了神經細胞間的連接。神經細胞這種持續的興奮，可能會對大腦造成永久性的傷害。
他還進一步解釋道：“假如一位慢性疼痛患者，生活中每時每刻都在疼痛，那麼這種持續的疼痛感，就會使大腦中的相關區域，也處於持續的活躍狀態，大腦的平衡也常持續在紊亂之中，那樣就會永久性地改變神經通路，傷及大腦。這些變化還會使人們難以作出決定，不易擁有好心情等。”
［案例1］小楊一個人靜靜地躺在病房裏，用手捂著腰部，因為她一直在受著疼痛的折磨。三年來，小楊始終被一種莫名其妙的疼痛困擾著，而且她這種疼痛非常蹊蹺。在剛開始時，隻是覺得腰部偶爾有點疼痛，就沒有當回事。但是，後來疼痛就慢慢地上延至腹部，有鈍痛、脹痛、刀割一樣的感覺，並且隨著時間的推延這種疼痛變得愈加嚴重，最後疼起來時能讓她痛不欲生。
由於實在忍受不了疼痛帶來的痛苦，小楊決定到醫院進行檢查，結果被醫生診斷為多囊腎，處於腎功能不全代償期，就是平時所說的尿毒症初期。醫生在了解了她的情況後，告訴她，其實她是完全可以避免此病的，隻是因為她錯過了最佳的治療時機。假如她在剛有疼痛感時，就去醫院進行檢查和治療的話，就不會有今天的事情發生。小楊感到後悔莫及。
［案例2］張女士，在車禍受傷後一個星期，來到醫院求診。當時她的車被另一輛車從後方撞擊，雖然係著安全帶，但在被撞擊時，她的頭正偏向左側方。車禍發生後，她雖未失去意識，但已無法記清當時的細節。車禍後她被送到當地的一家醫院，但她隻讓醫生開了一些止痛藥及肌肉鬆弛劑。後來，她感覺後頸部及枕骨部疼痛，還伴有惡心。再開車時，耳朵裏總是嗡嗡作響，有時下背部也會僵硬疼痛，雙手嚴重腫脹。