時間一天天的過去。
神穀皆月依舊沒有出現在大家的麵前，半個月後，天海祐獨自去尋找神穀皆月了。
毛利小五郎和毛利蘭也總是提起神穀皆月，畢竟和神穀皆月都建立起了深厚的友誼，神穀皆月突然消失後，讓人很不習慣。
小原悠翔現在代替著神穀皆月，在經營著神穀皆月的事務所，等待著神穀皆月回來。
曾經的幻影旅團，有180人左右，差不多有一半不到的人，選擇接受新身份，迎接新生活。
而剩下的一部分人，澤栗勳和青野健吾重新整編，形成了新的組織，名為荒川會。
不過因為神穀皆月退場了了，以後不能總是想做什麼就做什麼了。
於是澤栗勳和青野健吾商量了一下，然後在荒川會之中進行投票，最後一致決定，荒川會進軍黑道。
因為在這個國家是黑道是合法的，隻需要在日本警察廳進行注冊，並獲得民間團體的資格，就可以他們可以在法律允許的範圍內開展活動。
這樣一來，荒川會就成為了合法的黑道組織。
雖然說有諸多限製，但是管他呢，隻需要明麵上合法，暗地裏警視廳也不會管，隻要做的不要太過分，這就是地下的潛規則。
而荒川會通過神穀皆月留下的武器，立即進行搶奪地盤，將泥慘會的一些地盤搶了一些過來，很快就站穩了腳跟，並且很快的在發育之中。
澤栗勳、青野健吾和荒川會的其他成員，再一次找到了自己喜歡做的事。
安室透也已經出院，重新回到了黑色組織。
在確定了幻影旅團真的解散之後，安室透鬆了口氣。
不過聽說幻影旅團重組成為了荒川會之後，又頓時心裏一緊，進行調查之後發現荒川會成為了一個黑道組織，並且還注冊了合法。
安室透雖然很想把荒川會一鍋端了，但是卻不敢。
因為神穀皆月遵守了和柯南的承諾，確實解散了幻影旅團，但是澤栗勳和青野健吾進行重組，是他們自己私人的事，和神穀皆月並沒有什麼關係。
如果對荒川會動手，隻要他們求助神穀皆月，神穀皆月一旦食言就完蛋了。
神穀皆月退場不代表神穀皆月不行了， 神穀皆月依舊還是那個神穀皆月。
以安室透對於神穀皆月的了解，幾乎可以肯定，神穀皆月一定會幫忙。
所以現在隻能夠密切觀察荒川會。
赤井秀一當時去日米軍的指揮基地是偽裝了身份去的，所以並沒有牽連到他身上。
而日米軍所做的事，依舊被國際社會譴責了，迫於壓力，那幾個被毀的基地不再重建，也就是說，大頭兵們在這個國家會少很多。
赤井秀一也開始步入了正軌，繼續和柯南一起與黑色組織鬥智鬥勇。
而黑色組織在經曆了這一次的大混亂之後，也遭遇到了重創。
畢竟除了一些基礎槍械之外，那些大威力武器全都一股腦兒的用掉了，好處得到，反而一地雞毛。
這些可都是錢，就算黑色組織再有錢，也很肉痛。
而黑色組織的情況，也像柯南所預料的那樣，朗姆認為，工藤新一將會是繼赤井秀一之後，第二顆銀色子彈，將會成為組織的心腹大患。
工藤新一加入了FBI，不過經曆幾次受挫，黑色組織也不敢冒進，開始隱秘的進行調查工藤新一的事情。
但是黑色組織別的不多，就是臥底多，安室透、基爾就是明晃晃的臥底，而貝爾摩德的態度也不明，有些時候會幫助工藤新一隱瞞，或者偽裝情報。
而這也導致了黑色組織調查也遲遲未有結果。
灰原哀和宮野明美重新回到了阿笠博士家隔壁去生活，畢竟現在已經不會有事了。
...
柯南、毛利小五郎和服部平次三人參加了以毛利小五郎和服部平次為原型創作的舞台劇商討會，柯南和他們兩個人一同來到了位於京都的導演家裏。
在導演家裏，除了導演本人株本恭助之外，還有製作人輕尾明兒，編劇稻場玲佑，舞台監督木俁重記，以及舞台劇讚助商，大岡家的千金大岡紅葉，還有友情協助的黑田兵衛。
在會議期間，株本恭助因為想要小睡片刻而回到二樓房間，結果找去的時候，已經身亡了。
警察本部搜查一課警部綾小路警官已經到來。
而遠山和葉和毛利蘭正在外麵大吃特吃著。
而柯南和服部平次已經破解了凶手的手法，已經開始了推理。