二條妙覺寺的屋頂，在七月連綿陰雨的敲打下，顯得無比蕭瑟。這裏是信長的大本營。這次出兵，從琵琶湖上坐著大船前來的時候，就已經是風雨交加的天氣了。因為天氣，將士們的戰意倒是更加濃烈了。裹滿雨水和泥水的大軍將足利家的官邸包圍得水泄不通，擺出一副隨時待命的姿勢。“是拿下首級，還是生擒，將軍義昭的命運完全由我方來決定。”信長的將士們感覺像從籠子外觀看即將被屠殺的高貴的猛獸一般。“大人您尊意如何？”“事到如今還用說嗎，這次我肯定不會放過義昭。替天下人了結他的性命就可以了。”“可是，對方是將軍啊！”“這事誰不知道。”“現在還有通融的餘地嗎？”“沒有，已經毫無餘地。”
外麵依舊下著雨，天色已晚，陰暗的寺院禪房裏，傳來信長和藤吉郎的聲音。七月殘暑時節，淫雨霏霏，天氣悶熱，描金的佛像和紙拉門的墨畫都快要發黴了。
“我請求您通融，並非勸諫您不可短視。隻是，將軍一職是朝廷任命，其官職受到眾人敬畏。而且，如果殺了將軍，就會給世間反對信長的人一個‘弑君’的口實，這樣他們就可以打著追求正義的旗幟來反攻我們，所以我感覺並非上策。”
“嗯……有道理。”“幸好，義昭將軍生性優柔寡斷，他雖然清楚自己已經身陷絕境，卻沒有自盡，也沒有出來決一死戰，隻是靠著這連日大雨漲起來的護城河，閉門不出。”
“那麼，你的計策是讓我如何？”“故意解除一麵的包圍，設好路徑讓將軍逃跑，以便他流亡到別國。”“這會不會引起將來的麻煩？再被地方的武士或者野心之徒利用了怎麼辦？”
“非也，人們逐漸會厭倦義昭此人。這一真相逐漸得到理解後，人們就會明白：將軍被人從中央逐出，也是迫不得已的，而信長的處理方法原來是正確的。”
就在那天傍晚，圍城的士兵解開了一麵的包圍，露出了兵力薄弱的地帶。
城內的軍隊似乎懷疑這是陷阱，沒有輕舉妄動，到了半夜，都還沒有任何行動。到天亮時，雨稍停了一會兒，突然有一隊人馬，從護城河的橋上跑出來，朝京都外圍逃去。
“將軍似乎混在其中。”信長在天明時接到這一報告後，他走向陣前，說道：“是嗎，看來已經是座空城了啊，就算攻進去也沒什麼意義，將軍家曆經十幾代，到了足利義昭的時候，卻自己拋卻官職，棄城而逃。室町幕府到此宣告終結了。攻進去，歡呼呐喊吧！以此來憑吊足利十五代的暴政！”
二條城迅速攻破。城中的舊臣們，大部分投降了。日野、高岡兩位公卿也出來向信長致歉。
隻有三淵大河守一人，率領手下的士兵六十餘人，戰鬥到生命的最後一刻。無人逃跑，無人投降。他以及手下六十餘人光榮戰死，展現出了武士的氣節。
護城河河水流淌了數百年，已經腐敗透頂，但還有一脈清泉未曾幹涸。義昭逃離京都後，據守宇治的槙島不出，然而他本來就是無謀之人，手下又隻有少量敗逃的兵力，沒過多久，等信長從平等院的上下遊追擊而至時，他毫無抵抗之力，轉眼便被生擒了。
“給將軍大人擺上座位！”信長看到被捕的義昭，向左右的將領說道。義昭俯著身，無力地坐在了椅子上。
這時，信長又說道：“大家都退到帳外去吧。”
等到隻剩下兩人時，信長正色直視義昭，說道：“您應該還沒有忘記吧，您曾經說過，將我信長視為自己的父親。那時您坐進了二條的新城，看著一度殘敗的室町宮殿，終於又得到複興，無比歡欣。”
“……”“您記得嗎？”
“岐阜城大人，我沒忘。你為什麼要提那時的事情？事到如今還要舊事重提？”
“您太卑鄙了。就算是現在，我信長依然不願取走您的性命，可是您為何要欺騙我？”
“……原諒我！我知道錯了。”“聽到您的這句話就行了。不過您這個人真是不好對付，雖然生下來便繼承了將軍的官職……”“……我不想活了。岐阜城大人，你幫我，幫我介錯吧。”“哈哈哈，您別這樣。恕我無禮，好像沒聽說過您得自殺的道理吧。信長絕非發自內心地憎恨您。隻是您玩火玩得太過，火焰不隻停留在您與信長之間，還飛到了地方各國，殃及黎民百姓。錯了，最重要的是這讓聖上很是煩憂。您考慮一下，自己犯下的是何等的滔天大罪吧。”