魏晉南北朝蠻族是由秦漢時期瓠、廩君、板三支發展而來，但在活動範圍上有較大的變化。
居住湘中、湘西的瓠族，魏晉時始向北、向東發展。南北朝時，依托險阻，部落眾多，散在數州。自永嘉亂後，中原擾攘，宛（今河南南陽）、洛（今河南洛陽）蕭條，諸蠻無所顧慮，漸得北遷，以至陸渾（今河南方山）以南滿於山穀。幹寶《晉記》載，廬江郡（今安徽舒城）有瓠之後，糅雜魚肉，置於槽中，叩之號叫，以祭瓠。《宋書·夷蠻傳》載，瓠族大量分布在鄂西及豫西南，名號眾多，如荊雍蠻、五溪蠻、當陽蠻等。
在廣闊的瓠族分布區及其附近，居住著不少廩君族和板族後裔。東漢初被遷至漢水中遊的一支廩君族，晉宋時發展為沔中蠻。另一支被遷到鄂東地區的，稱豫州蠻或五水蠻，分布在鄂、皖、豫邊境的蘄水、巴水、希水、赤亭水、西歸水一帶，北接淮、汝，南極江、漢，地方數千裏。向北發展居住在東荊州（今河南泌陽）的廩君族人，到5世紀中葉還保留著殺人祭祀的習俗。
東漢末年，張魯在漢中傳播五鬥米道，川北的板族人多信從之，大量遷到漢中。曹操平張魯，李虎、杜、樸胡、袁約、楊車、李黑等為首的板族人被遷到略陽（今甘肅天水東北），號為巴人或巴氐。這支巴人後與六郡流入輾轉入蜀，發動起義，推翻了晉朝在益州的統治，李特子李雄於晉惠帝永安元年（304）建立成漢政權。另部分被曹操內遷關中的板族多達萬餘家，其後人口蕃衍，北至河東、平陽（今晉中、晉南）也有分布。晉元帝太興三年（320）巴酋勾渠知曾在關中聯合氐、羌、羯等各族共三十萬人，反抗劉曜統治。早在漢初就已遷居商洛地區（陝東南）的板族人，在南北朝時期沿丹水、沔水向東南發展，到6世紀時，已分布在“北至商洛、南拒江淮，東西二千餘裏”的土地上，而且還部分地保持著他們的固有習俗。成漢後期，柯、興古（今雲貴東部）僚人大量北遷入蜀，部分沿嘉陵江北上，給留居川北地區的板族人以巨大的衝擊。南北朝後期，北魏勢力南入四川，建立巴州（今四川巴中），以巴酋嚴始欣為刺史以統僚人。
進入江、淮、汝、漢地區的各族蠻人，地處南北朝之間，他們利用南北對立的矛盾，時或降南，時或附北，因而能延續活動相當長的時期。南朝在蠻人集中的地區設置“左郡”、“左縣”，以蠻人首領任令長、太守甚或刺史，進行羈縻。而在荊州置南蠻校尉、雍州置寧蠻校尉，統管蠻事。歸附的蠻人，一戶輸穀數斛，其餘無雜調。而漢人賦役嚴苦，貧者多逃亡入蠻，有的還成了首領，如桓誕。但各地蠻人仍不免於官府的迫害，他們反抗官府的起義鬥爭史不絕書。南北王朝都殘酷鎮壓這些反抗鬥爭，且常常把俘虜和降蠻大量遷徙到河內諸州、六鎮或建康，有的還被抑為營戶，或賞賜給官僚為奴婢。
南北朝是蠻族與其他民族相互融合的重要時期。《隋書·地理誌》載：今整個湖北和豫、皖、贛、湘部分地區，當時多雜蠻族。與漢人雜居者，和漢人沒有區別；地處山穀者，則言語不通，嗜好、居處全異。大概留居今清江流域的廩君族和湘西、湘南的瓠族仍保持其民族特點，其餘地區則已漸與漢族融合。
東徙皖、贛的瓠族，除部分與漢族融合外，也融合了部分山越的後裔，從而逐步形成後世佘族和瑤族的先民。宋武帝時的南康、揭陽蠻（今贛南、粵東地區）就是佘族先民，蕭梁時衡陽、零陵（今湘南）的“莫徭”蠻就是瑤族先民。晉宋時活動在巴東、建平（今四川奉節、巫山一帶）的瓠族不斷向川東發展，大概和原居此地的蜒人有所融合，所以被稱為“蠻蜒”，他們與後世川東南地區的少數民族有密切關係。