時武昌圍久，湖北巡撫青麟以請援、就餉為名，南走長沙。己巳，武昌陷。湖南聞饑民避寇從青麟來者萬數，人心皇怖。秉章運米往迎之，則潰兵數百饑悴無人色。青麟至長沙，留數日，西保荊州，詔斬以徇。台湧免，楊霈為總督。庚辰，提督塔齊布從曾國藩出師，進攻嶽州。署寶慶知府魁聯以習兵事，特補嶽州知府，與胡林翼各將兵勇繼進。署提督多順還屯常德。遣江忠淑、趙啟玉等自平江出攻通城。七月乙卯，塔齊布大破寇於嶽州，禽寇將曾天養梟之，目三日猶視，武昌群寇聞之，為齋醮三日。閏七月戊辰朔，克嶽州。甲戌，江忠淑等收通城。廣西土寇侵郴、桂、永州邊，以王珍、周雲耀防江華，王葆生、李輔朝防郴、桂。恭城寇犯全州，增遣陳立紀、江忠濟防零陵、東安。八月己未，曾國藩水陸軍克武昌、漢陽，湘軍自此名顯。連州寇犯臨武，參將趙永年拒走之。仁化寇犯桂陽，乳源寇犯宜章，灌陽寇犯道州、江華、寧遠、嘉禾，王珍、周雲耀及遊擊駱元泰等先後合擊，寇散走出境。十一月，駱秉章奏劾署提督多順庸劣湛酒，罷之。自此軍事奏報專於巡撫。
五年正月，總督楊霈黃州師潰。曾國藩分水軍還援武昌，餉道阻絕，水陸軍將胡林翼、李孟群、彭玉麟等皆仰資湖南，大發船、炮、火藥、銀錢拯之。仁化寇陷桂陽，趙啟玉拒戰，寇棄城還遁。富川寇屯聚縣城，王珍、周雲耀出境攻討，不利。二月庚戌，王葆生等攻廣東連州寇，破之，收其城。湖北省城複陷。三月，富川寇入犯永明，王珍等自江華馳擊，破之。貴州寇起鎮遠，沅、晃戒嚴。是時，諸軍專備廣東邊，廣西防以委永州知府黃文琛，嶽州防以委魁聯，辰沅防以委永順知府翟誥，惟以不請兵餉者為能事。魁聯戇直，好爭議，秉章弗善也。會詔補魁聯按察使，不令還省受印。魁聯自以奉特簡，徑還省城。秉章因劾以委軍，仍降知府。幕客左宗棠，雅善衡永道文格，文格時擢廣西按察，不欲往，因奏以文格署按察使。翟誥權辰沅道，但張戰功；且募資助軍不以煩，院司故尤重翟誥，奏補實授，論薦甚力。長沙知府倉景恬以失察盜鑄，為巡撫所持，奉令最謹。巡撫專聽左宗棠，宗棠以此權重，司、道、州、縣承風如不及矣。守令能者朱孫詒知寶慶，陸傳應知衡州，及東安賴史直、湘潭孫坦、澧州胡鏞、湘鄉唐逢辰、邵陽邵綬，名雖清濁有別，皆敢於為政。省城大政，則鹽道裕麟、委員王加敏得與操縱之柄，自餘司、道拱手而已。於後論軍政吏治者推湖南，而謗議亦自此起。四月，總督楊霈免，以官文為總督。趙啟玉出境攻樂昌，至平石南遇寇，敗死。寇犯宜章，王葆生軍潰。富川寇犯零陵，陷東安，執知縣賴史直。五月，宜章寇掠臨武、嘉禾，增黨襲郴州，陷據之。王葆生等軍保永興。衡陽土寇起，文格遣軍合湘鄉團丁捕討，寇黨破散。六月，通城寇入嶽州邊，殺臨湘知縣姚榮卿，湘陰長樂團丁出新牆遏之，寇退通城。郴寇分陷桂陽州，州民結團自衛。湖南民團，平江、湘陰、桂陽州，列縣無與為比。魁聯既罷，以知府張丞實領其軍。丞實辭，複劾免之，悉以軍隸江忠濟。
七月，攻寇蒲圻之羊樓，敗退嶽州。以劉長佑募千人，助王珍攻東安。東安陷寇已三月，王珍初以八百人至，寇空城出走，珍屯城北，江忠淑屯其東。軍中無故自驚，寇更還攻圍珍營，戰不利，俱東退四十裏，屯井頭墟。寇複入城踞守。長佑至，與珍合進。八月辛卯朔，寇分走新寧、全州。長佑援新寧，珍追餘寇。寇複東北走祁陽，於道破散。癸巳，郴寇分掠興寧、安仁邊。癸卯，陷永興。甲辰，陷茶陵。永興寇分黨旁掠，官軍悉屯茶陵，省城戒嚴。九月，羅澤南自江西還軍援武昌，江忠濟出軍會之，收通城。茶陵寇走江西永新，分掠酃縣。王葆生等收茶陵。王珍攻桂陽州，陳士傑率團丁助之，收州城，移軍攻郴。十月，灌陽寇犯永明，周雲耀入城城守。十一月癸亥，城陷，雲耀自剄死。甲子，桂陽餘寇犯寧遠，趙永年拒之下灌墟，力戰死之。永年、雲耀皆起行伍，領營兵，號有智略，至是俱死。營將中無複知名者，始專用練勇矣。乙酉，郴寇西走永明，王珍、劉長佑等分軍追破之，珍收永明。寇陷江華。長佑還師衡州。十二月壬辰，貴州苗寇陷晃州，圍沅州，遂陷麻陽。官軍躡之，俱退走。
六年正月戊辰，江華寇棄城走，王珍要擊破之。茶陵寇陷吉安，江西列城盡為寇踞。曾國藩居南昌，軍報阻絕。詔湖南出軍援應，以劉長佑、蕭啟江出醴陵、瀏陽。己亥，克萍鄉。四月，江忠濟攻寇通城，遇伏軍潰，忠濟敗死。湖北巡撫胡林翼遣軍援江西，道崇陽，聞敗，進屯蒲圻，要寇，破之。軍進至瑞州，寇複入，掠平江、湘陰，前隊及長沙北界，掠醴陵、攸縣、茶陵，走江西。遣王珍屯嶽州。丙子，援江西軍克萬載。九月，辰沅軍出境援銅仁。十月丁酉，王珍軍出境收通城。乙亥，援江西軍克分宜。十一月壬午朔，克袁州。癸卯，胡林翼帥湘軍克武昌、漢陽。王珍軍還屯嶽州。十二月己未，援江西軍克新喻，遣趙煥聯等自茶陵收江西永寧，佘星元等自酃收江西永新、蓮花廳，劉拔元等自桂東收江西崇義、上猶。
七年正月，廣西寇起興安、靈川。二月，陷柳州。遣永州防軍二千二百人隸蔣益澧，別募千五百人援廣西。曾國藩以父喪還湘鄉。增遣王珍軍助劉長佑攻臨江。四月，援貴州軍收錦屏。五月，劉拔元等軍收龍泉。六月，王珍軍收樂安。援貴州軍收永從。七月，湖北湘軍將劉騰鴻攻瑞州，中炮死，複瑞州。蔣益澧克興安。八月壬子，王珍卒於樂安。十一月乙酉，援廣西軍將黃輔鼎、彭玉山攻平樂，中炮死。蔣益澧克平樂。十二月乙卯，劉長佑、蕭啟江克臨江。
是年援軍四出，境內無警。秉章以軍餉不給，始清厘漕糧浮折，減納價，核官吏中飽，裁監司例取，省費億計。計漕折最重者湘潭恒廿五千而納一石，今乃三千八百而納一石。若市價米石二千，則以一千充軍餉，以八百供縣用，民減賦，而國用增。其後湖北、江西皆仿而行焉。知縣黃淳熙方在告，秉章躬造其館起之，下檄令知湘鄉，不由藩司。文格大驚慍，然無可奈何。賴史直失城，當議罪，而更奏薦，後竟補嶽州知府，於是文法拘格悉破矣。又案揚州例，榷商賈貨厘，設厘金局，自為收支，以裕麟總之，藩司列銜畫行，莫能問其數。局庫之儲倍於藩庫，秉章亦自以廉儉率下，文格亦無所求取，故威行於府縣，貪靡之風幾革。
八年正月丙午，援江西軍克新淦。劉長佑以疾歸。三月庚辰，援江西軍收宜黃、崇仁。四月壬子，湖北湘軍將李續賓克九江。乙醜，援江西軍克撫州。己巳，克建昌。蕭啟江以疾歸。五月戊子，援廣西軍克柳州。時江西寇悉走浙江，寇帥石大開號能合眾。六年，與韋昌輝謀殺楊秀清，未發，秀清遣之出江西。昌輝敗，獨還江寧，殺秀清及其黨二萬。大開聞變還，昌輝並欲殺大開，大開走，因殺其母、妻。洪秀全又殺昌輝，而召大開。大開不敢還，遂為流寇，貪連大眾，不能剽疾，避官軍而行，黨眾恒數十萬，故不能久屯踞。援軍既進江西，無寇，秉章念兵合不易，當遂入浙，以滅寇為期。長佑、啟江先後歸，恐遂不樂軍事，因奏請起複曾國藩。奏下，而詔至，促國藩援浙，兩湖供餉。秉章議以劉、蕭軍屬之，及王珍舊部張運蘭軍，俱留在江西。吳國佐者，左宗棠所拔用，方屯省城外，為中營。六月丙辰，遣從國藩發長沙。八月，胡林翼以母喪還益陽。戊午，援江西軍將趙煥聯等與曾國荃克吉安。石寇複自福建犯江西，陷瀘溪、金谿、安仁、崇仁、宜黃。劉長佑至撫州拒防。九月，破之。新城寇還走福建。長佑軍以疾疫還。十月壬戌，李續賓敗死三河。援貴州軍解黎平圍，進攻古州。詔起複胡林翼仍為湖北巡撫，曾國藩改援安徽。石寇複出江西，蕭啟江至軍，遣拒之。贛州吳國佐罷還，以曾國荃吉安軍及張運蘭軍從國藩，屯宿鬆。
九年正月，石寇自南安陷桂陽縣，蕭啟江躡之。二月，寇陷宜章、興寧、郴州、桂陽州，所過人馬連行六日夜，湖南震恐。寇將窺衡州，自桂陽州取間道出花園堡。陳士傑軍數百扼七孔橋，殊不知其大至，卒相遇，遂憑橋發炮。寇亦不知有軍於此，愕而止，未退。而魏喻義將一軍，本屯驛道，當寇衝，懼孤屯，將移善地，自山後建旗吹角而出。寇見大驚，遂返奔，趣新田、寧遠，圍永州，別陷嘉禾、臨武。悉征諸軍將劉長佑、江忠義、田興恕、佘星元、楊恒升、李輔朝、張榮組、吳國佐、李金暘、段瑩器、何紹彩、王勳、黃三清、劉吉三赴急，而令劉培元、彭定太、崔大光、曹榮快集潰卒，蕭啟江還湖南，劉坤一、趙煥聯、周寬世等領舊部，王明山、蕭翰慶、陳金鼇、鄒漢章自湖北來領水師，黃淳熙新領軍，屯省城，亦出助攻。長佑至永州，寇解圍走祁陽，掠道州，攻東安，圍七日，城陷，知縣李右文死之，犯新寧。四月乙巳，長佑自東安要寇。新寧軍潰木山，輜重盡喪，收眾保新寧。寇犯寶慶，分圍武岡。江忠義援武岡，先寇五日至，寇圍攻五日，解去。田興恕、劉吉三自沅州援寶慶。辛亥，寇至，止屯黃塘。道州寇複趨新寧，長佑合劉坤一、江忠濬、李明惠軍拒之。石大開自攻祁陽，防軍將王勳、佘星元等不能禦，增遣周寬世、朱品文、陳湜往祁陽。趙煥聯、魏喻義、陳士傑防衡陽驛道，屯熊罷領。寇前隊至領，煥聯等退走，寇不複進，煥聯等還據領。於是寇聚，圍寶慶，官軍亦皆聚屯寶慶。複增遣劉嶽昭、楊安臣助軍。英德寇勢北趨，遣蕭啟江大軍及李輔朝、陳士傑、魏喻義等防郴。五月，陽山寇犯臨武，圍藍山，攻寧遠，陷永明。賀縣寇敗江華營兵，陷城，縱掠而還。