雲南，古滇國。其地外接越南、暹羅、南掌、緬甸，境內則種族繁多。自宋以前，不隸中夏，元明始入版圖。元之興也，先定西域，故於回部最昵。諸行省必以回回一人參加政事，陝、甘、遼陽、嶺北、雲南等省，例設回回掾史、通事、知印若幹人。中國回族之盛自此始。回之為教，崇事祆神，其朝天房，謁教祖墓，往往不辭萬裏，躬詣禮拜。天房者，墨克也，在雲南西八千裏。陸行自維西出前藏，水則自永昌出緬甸，航海道印度，即至其國，漢條支地也。中土回民，其傑者往往潛出雲南，至西域，朝天房於墨克，謁祖師墓於默狄那。雲南回族之多，殆由於此。然回人居中國，雖曆世久，猶循其國俗，與漢民異禮。漢民之弊，喜侵侮外人，相愚詐自詡。牧令狃故習，輒以偏袒漢民為盡職。外人詘無所訴，則發憤叫呶，怒目操白刃相殘殺。其意以為吾尋仇報複，非反朝廷也。至於焚掠無已，戕官據城，雖欲不為亂民，不可得矣！故苗、番、羌、夷之禍率如此。而雲南、陝、甘回亂，其尤深且巨者也。
當回之叛，滇省奸民揭竿四起，又有土酋野貫儂猓夷乘機縱掠。而貴州、廣西群盜縱橫，其地多與滇鄰，南徼五千裏，霾曀不見天日。當是時，天子方憂中原，不暇問荒遠。大吏坐困無術，則聽將領料民為兵，就地征餉。於是驕將悍弁，習為跋扈，生殺由己，威福自專，地方文武不敢誰何。疆吏稍裁抑之，輒擁眾為變，滇事益不可問矣。
滇亂之興，肇於鹹豐五年。其初，臨安悍回與漢民私鬥相殺，各召其黨為助，遠近莠回，聞風響應。於是，馬金保、藍平貴起姚州，杜文秀起蒙化。提督文祥攻姚州不克，杜文秀乘虛陷大理踞之。杜文秀者，故永昌累，潛匿蒙化之大小圍埂。圍埂煙戶萬餘，村寨二十有八，其民回多漢少。承平時，回人恃凶橫行，由來已久。文秀之反也，圍埂回酋糾萬人助之，自下關襲破大理城。永平、雲南、賓川回，聞大理、臨安之變，相率殺漢民，據城堡；賓居回亦四出剽掠。提督褚克昌圍賓居，敗死。六年，馬世德據館驛。館驛在臨安、通海之交，故有土城，曲江巡檢駐地也。館驛既陷，婆兮、東溝、田心及邱北之曰者鄉，彌勒之竹園，皆殺漢民相應。而馬和、馬貴等據澂江，略旁近邑，呈貢、晉寧、宜良、江川諸城皆陷，迤西南騷然無寧土矣。是時雲貴總督恒春督師貴州，聞亂則引軍還滇，攻迤西諸回，久持不下。
七年閏五月，澂江、曲江回犯省城，燒城外廬舍殆盡。恒春登陴，望見火光，則大憤懣，急率親兵開城赴敵，群僚諫止之。其夫人博禹特氏責恒春曰：“今賊所燒殺者，皆公赤子也。公為大吏，坐視其死而不救，何以對百姓？朝廷譴責至矣。”恒春憂懼不知所出，與博禹特氏同縊於署。比回退圍解，士民悲悼之。十月，回匪蔡七二陷雲州，知州吳景蘇會副將魁昌攻之。大理、蒙化回來援，吳景蘇敗死。
八年，回匪馬標陷威遠廳，田四濫起他郎、緬寧間，據新撫。蔡七二陷順寧。馬標、田四濫，皆杜文秀黨；蔡七二，則文秀姻婭也。於是迤南道梗。
九年，回匪陷鎮南、永北、鶴慶、鄧川。詔授按察使徐之銘為巡撫。之銘至滇才一年，遽有此擢。時事局日壞，之銘荒淫廢事，滇民頗失望。總督張亮基屢引疾乞罷。
十年，詔劉源灝為雲貴總督，未至，以徐之銘兼權之。蔡七二陷緬寧，副將魁昌死之。初，魁昌因援絕糧匱，乞救於耿馬土司罕恩澤，資之兵餉。會恩澤為族人所戕，魁昌率饑軍城寧，自正月至閏三月，城裂二十八處，皆堵合之。而奸民內應，城陷，負其母投井死，並其妻子殉焉。緬寧既破，蔡七二遂屠永昌，陷騰越，與杜文秀益相犄角矣。
十一年，布政使鄧爾恒擢陝西巡撫。將發，革將何有保豔其輜重，嗾其黨戴玉堂劫殺之。以爭贓貨，玉堂複刺殺有保，徐之銘不能問。物議大嘩，以為皆之銘所使也。時滇事益糜爛，劉源灝久不至，詔福濟為總督。福濟亦遷延不行，乃以潘鐸代之，且查陝撫被殺事。鐸自川入滇，奏論鄧爾恒之死，實由何有保，此外並無主謀；請將何有保、戴玉堂戮屍，其黨史溁、劉紹武梟示。之銘疏於防範，交部議處。詔允之。
同治元年八月，粵賊石達開自貴州分掠平彝、鎮雄。潘鐸遣將禦之，達開還走川黔。詔張亮基赴雲南督軍，兼權提督。潘鐸、徐之銘合疏促亮基駐東川、昭通防石寇。
二年正月，回弁馬榮率數千人入省城，屯五華山。五華山，城中最高地也。道路洶洶，皆言榮反。榮夙為總督所信，總督終以榮不負己，榮亦不忍於總督，未敢發。壬辰，潘鐸詣五華書院開喻之，令移屯城外，榮已諾矣。方登輿，榮揖送。其黨以矛旁刺鐸，榮即起持鐸；刺者複至，鐸竟薨，居民驚亂。時岑毓英權布政使，聞變，持短兵巷戰。榮走南門大街，招回黨絡繹入城。毓英策城大難置守，乃塞藩司署門，率親兵千人晝夜堵禦。回來，則憑垣發炮，或開門縱擊，賊皆靡。榮懼外援且至，遺書巡撫請和。徐之銘微服詣毓英言其狀，前臬司花詠春、糧道張同壽、鹽道宋延春皆至。毓英語於眾曰：“今賊雖入城，吾當死戰破之。如其不勝，公等與毓英署自焚未晚也!”於是飲血誓師，分兵守東南門，用間離其黨，而陰使使召馬如龍入援。
如龍初聞省城陷，以為院司戕矣。比知毓英守藩署未失，還軍馳入省。諸紳民率團兵至。二月丁醜朔，合軍擊馬榮於城內，大破之。回眾走城外，猶留屯弗去。毓英患之，召部將李維述計誅馬榮悍將。悍將夙昵維述，號為兄弟。一日天向明，維述率千人往，入其壁。悍將方沐，問所來？維述曰：“奉上官檄討夷人，不識路徑，故來問耳。”悍將指畫示之。維述從其背搜刀擊殺，呼於營曰：“為兵者出前門，從賊者出後門。”群回驚散，省城危而複安。事聞，詔以勞崇光為總督，徐之銘逮京議罪，賈洪詔為巡撫。
之銘聞命將行，紳民環而留之，曰：“今回情洶沸，新任督撫未能即來，幸舊帥在，猶可係人心，號召忠義。若公遽去，則滇民以為見棄於朝廷，禍更不可問矣！”之銘乃止。勞崇光前罷兩廣總督，奉詔入黔；及被新命，不敢言衰病，毅然赴任。石達開自昭通走威寧，賴裕新走寧遠。四月，崇光行次綏陽，與石黨遇，避入民寨；檄楚軍之在黔者，合鄉團奮擊破之，斬五千餘人。達開已誅於蜀，其黨李複猷欲結銅仁教匪犯楚。詔崇光與黔撫張亮基備之。當是時，崇光駐黔，賈洪詔駐川，皆阻賊不能進。滇中兵事，倚岑毓英一人。朝廷益何用楚軍。
三年二月，授劉嶽昭雲南按察使。嶽昭隨駱秉章轉戰鄂、蜀，調援陝西，所向有功，是時留屯四川防守。勞崇光以迤西杜酋猖獗，檄岑毓英分守楚雄各隘，防其東逸。毓英進兵迤東，攻曲靖、馬龍、霑益諸城，皆下之。俘斬馬連升、馬榮，剖榮屍祭潘鐸，兵民稱快。於是迤東稍靖，崇光進駐平彝。
四年春，擢劉嶽昭雲南布政使，乃議自川援黔以入滇。五月，嶽昭克貴州正安。
五年二月，嶽昭克綏陽，收降眾千二百人，隸為兵，合舊部七千人。先是賈洪詔以逗留罷，林鴻年代之，仍屯川境不敢進。乃授劉嶽昭雲南巡撫，率所部轉戰以往。勞崇光進駐省城，奏以署提督馬如龍專迤西軍事，圖杜酋。又以貴州豬拱箐匪巢貽害三省，奏令岑毓英出境計之，規通餉道。十二月，豬拱箐匪犯鎮雄，毓英自昭通赴援，連破之新營、柳林。
六年正月，滇軍克畢節之茶山。二月，進攻豬拱箐，毀苗、教一百餘寨。毓英逼山而壘。嶽昭遣宋華美擊苗匪於蔡板，為滇軍聲援。是月，雲貴總督勞崇光薨，以張凱嵩繼之，未至，臬司宋延春暫攝其任。詔促嶽昭先清川、黔邊境，率師入滇。
先是上以滇亂久，郡縣多陸沉，命勞崇光繪圖進。兵燹後，文獻蕩然，崇光依通誌晨夕揣摩，圖未上而卒。嶽昭專疏呈獻，是時淪陷府城四：曰大理，杜文秀踞之；曰麗江，姚得勝踞之；曰永昌，楊德明、馬國春等踞之；曰順寧，馬德征踞之。州九：曰鎮雄，曰姚，曰趙，曰賓川，曰鄧川，曰雲龍，曰鶴慶，曰劍川，曰雲。廳七：曰騰越，曰蒙化，曰永北，曰緬寧，曰龍陵，曰彌度，曰普淜。縣三：曰雲南，曰浪穹，曰永平。而太和、順寧、麗江、保山之附府者不計焉。其他村堡市鎮，不可勝數。其酋軼興軼衰，無常號。
六月，岑毓英克豬拱箐。七月，克海馬姑。嶽昭推功於勞崇光，令毓英回師曲靖。初，崇光檄馬如龍攻姚州、鎮南獲勝，杜文秀遣死黨奔救。如龍部將合國安、楊盛宗退守大姚。軍中患疫，如龍回省養疾。嶽昭知如龍、毓英不相能，故令毓英駐曲靖避之。八月，迤西回陷定遠、大姚、祿豐、廣通、元謀，省城戒嚴。毓英遣劉重慶等率二千人援省城；呂鎮南等二千人援楚雄，楊國發等二千人攻廣通，分賊勢；周之珪等三千人道省城攻祿豐，以衛富民、羅次；柳明泰千人守武定、祿勸。於是省防稍固。
嶽昭臚陳四事，其略曰：“滇省營製久廢，剿賊用濫練，其多少、去來無定數。強者為練頭，或保至協鎮，或自帶頂翎，文員不敢過問。稍拂其欲，則戕官劫署，與賊無異。即如未議西征以前，杜逆伏而不動，省會粗安。西征未久，而逆焰愈張，練勇節節退避，不戰而潰。今欲剿西逆，而仍執以回攻回之說，誠恐授人以柄，操縱隨之，此兵事之難也。
“滇省全資外餉，軍興十餘年，積欠數百萬，部撥之款，外省以空文了事。而省城軍需、厘金等局，應為司道經理者，回人鎮將濫廁其中，盤踞援引，支銷冒濫。甚至州縣之錢糧，井地之課稅，亦由回弁往收，按戶派捐，弊難枚舉。臣前飭岑毓英將東路厘稅，州縣錢糧，照例由該司綜核。原欲逐漸轉移，尚不滿營員之望。此餉事之難也。
“滇省漢回猜忌，兵連禍結。更有可漢可回，忽彼忽此者，挑釁生非，就中取利；或居衣冠之列，而懷叵測之心，跡在疑似之間，患伏蕭牆之內，官軍千艱萬苦，每敗於奸軍之一言。此防內患之難也。
“滇省劇寇，首在大理、順寧，年深地險。我軍進剿，每苦無糧；兼之文武不和，號令歧出。是欲勝人，而先有取敗之道；欲攘外，尚多內變之憂。此謀進取之難也。
“現在新陷之區，自當相機攻取。一俟附省一帶事有把握，然後鼓行而西，進圖杜逆，庶可收得寸得尺之效，不致蹈半途而廢之譏。”
十一月辛未，迤西回陷羅次；壬申陷楚雄。嶽昭調遵義防軍赴援。詔曰：“張凱嵩前奏暫駐東昭，先剿迤西。此時情形萬緊，該督應先入省城。著即募齊勇丁，審機前進。岑毓英已撥兵援應，應否馳回省垣？劉嶽昭、宋延春妥商辦理。”