1944年4月，日軍為挽回其在太平洋戰場上的失利，發動了旨在打通由中國東北直到越南的"大陸交通線"的豫湘桂戰役，河南、湖南、廣西、廣東等省的大片國土相繼淪陷，成為敵後，戰事迫近桂林。李濟深先生回到家鄉廣西蒼梧縣大坡山開展敵後抗日民主活動。他派人到廣西的玉林、北流、容縣和廣東的高州、羅定等縣，與舊部蔡廷鍇、張炎等人聯絡，要在西南發動和組織民眾武裝抗日。9月7日，周恩來代表中共南方局給中共廣東省臨時省委書記林平發出電報指示："一旦粵漢路被敵打通，應堅持廣東半獨立的局麵，以響應李任潮（即李濟深）的民主運動，能為此，我們必予以讚助，並切實合作。"同年冬，張炎在李濟深的動員和中共黨組織的推動下，在吳川起義。1945年3月6日，廣東省臨時省委和省軍政委員會又接到中共中央電報指示：上層關係及外交工作在華南特別重要，你們應力求打通南路與李濟深、張炎的聯係。並指出蔣介石的特務要謀求李濟深，要省臨委告知李濟深小心防備。根據中央指示，廣東省臨委和軍政委員會代表李嘉人與李濟深聯係。其時，張炎起義失敗，被蔣介石密令槍決。李濟深立即折回羅定，與蔡廷鍇等舊部商量下一步做法。李嘉人幾經周折，來到羅定見到李濟深，帶去周恩來同誌的親切問候。雙方會談結束後，李嘉人回到鬱南，代表省臨委指示三羅（羅定、雲浮、鬱南三縣）黨組織要對李濟深的抗日民主運動給予大力支持。
同年4月，李濟深離開羅定回到大坡山。中共三羅中心縣委以"南武"名義，在通門圩組織了一個有幾百人參加的歡迎大會。會場上懸掛著"歡迎軍事參議院李濟深院長抗日大會"的巨幅橫額，兩邊貼著元代詩人趙孟兆頁的"南渡君臣輕社稷，中原父老望旌旗"這兩句詩為對聯。李濟深看到這個歡迎場麵，心情十分激動。當大會主持人致完歡迎詞後，他站起來慷慨陳詞，縱談時局和他的政治主張。他說：看了你們的這幅對聯，感動得垂淚，你們是真心抗日的。目前處境艱險，但假以時日，我們在西南敵後抗日是會有所作為的。
6月11日，中共第七次代表大會結束。廣東省臨委根據"七大"精神，分析了李濟深在粵桂邊的抗日活動情況和這些年他對抗日的態度及我黨聯係的情況，認為應該繼續與他合作，爭取華南抗日戰爭的最後勝利。於是，省臨委派出廣東人民抗日解放軍司令部的政治幹部楊基秘密到大坡山與李濟深聯係。楊基接受任務後，到大坡山見到了李濟深，向他傳達了"七大"精神和《論聯合政府》的主要內容。雙方商定了電台的通訊聯絡密碼。李濟深要求楊基回部隊後，迅速發電報給周恩來，報告他在蒼梧的活動情況，表明他對周恩來的信任和尊重。
同年7月，中共廣東黨代表大會在羅浮山召開。會議決議："積極發展華南民主運動，團結和幫助民主同盟，發動並組織廣大人民力量，爭取中間力量。"此時，李濟深派遣陳殘雲來羅浮山與東江縱隊司令部聯係。8月上旬，李嘉人代表廣東區黨委和東江縱隊把與周恩來聯係的電台密碼，以及十兩黃金、一斤人參交給陳殘雲，讓他設法轉交李濟深。這個時期，李濟深與周恩來並沒見過麵，但從上述活動中可以看出，周恩來對李濟深十分關心，支持他的抗日工作，並彼此信賴，肝膽相照。他們的友誼是建立在抗日民族統一戰線基礎上的，因此，這種友誼是牢固的、真誠的。
抗戰勝利後，蔣介石發動全麵內戰，同時加劇迫害進步民主人士。在周恩來同誌關照和安排下，李濟深和其他一些民主人士從內地撤至香港。1948年，在解放戰爭迅速發展的形勢下，中共中央在"五一"節發出召開新政治協商會議的號召，立即得到各方麵的熱烈響應。8月以後，在周恩來同誌領導下，安排民主人士分期分批秘密進入解放區，準備參加新政協。
李濟深先生是隨第三批民主人士進入解放區的。因為李濟深先生是國民黨革命委員會主席，地位高，影響大，一言一行都受到各方麵的矚目。我們黨與他有密切關係，香港當局與他經常往來，美國方麵也與他接觸頻繁。這時，國民黨分崩離析，各種反動的政治勢力都想爭取他，以此作為政治鬥爭的資本。有人對李濟深先生挑撥說：你不能去解放區，你到那裏就身不由己了。另一些人策劃"劃江而治"，也想利用他的聲望和影響。像白崇禧就寫了親筆信，讓一個國民黨大員趕到香港，表麵是請任公（指李先生）到武漢"主持大計"，實際上是想拉攏他，打他的旗號，由桂係與共產黨"劃江而治"。在這種情況下，李濟深先生要順利離開香港，不僅困難重重，而且也有危險。對此，黨中央極為關心，周恩來也為此做出了具體周密的安排。他事前給在大連的馮鉉、劉昂同誌電報指示說，這一批民主人士北上，要與蘇聯駐大連的有關部門交涉，租用他們的輪船，而且這次一定要在大連港靠岸；到達後，要安排住在大連最好的賓館，民主黨派領導人要住單間，確保安全；要舉行歡迎宴會，並請大連市委協助做好接待工作。就連宴會的席位、座次，都有明確指示。周恩來同誌還說：北方天氣寒冷，要為他們準備好皮大衣、皮帽子、皮靴等等。從這些細致入微的安排中，可見周恩來對李濟深等民主人士的一片真情。