作為美國數一數二的網絡航母，雅虎進入中國後，卻是一直水土不服，表現得不盡如人意。從1999年到2005年這七年間，雅虎嚐試了很多辦法，但都沒有什麼太大的起色，而此時的淘寶剛剛擊敗eBay易趣，阿裏巴巴所表現出的強進發展勢頭讓楊致遠看到了希望，為了雅虎的發展，他決定將資產盤給阿裏巴巴，保留雅虎品牌的同時，放手讓阿裏巴巴全麵掌握經營。
2005年8月11日，楊致遠給雅虎中國全體員工發了一封電子郵件：“今天上午，我們宣布與阿裏巴巴結成戰略合作夥伴……這是雅虎激動人心的一刻，我希望你們能夠看到前方巨大的機會，成為這個成功團隊中的一員。”
至此，外界盛傳已久的雅虎與阿裏巴巴並購終於得到了證實，2005年10月25日，阿裏巴巴公司正式宣布，順利完成對雅虎中國全部資產的收購，包括雅虎中國門戶網站、雅虎的搜索技術、通信和廣告業務，以及3721網絡實名服務。此次收購的完成，將繼續鞏固並提升阿裏巴巴公司目前擁有的在全球領先的B2B、C2C 領域以及電子商務支付的領導實力，並將運用全球領先的雅虎搜索技術打造超強的互聯網搜索公司。
馬雲說：“這是中國互聯網史上最大的並購行動，我們同時得到雅虎的五朵金花：雅虎中國的資產，雅虎的品牌、資金、技術和海內外渠道，加上我們6年運營形成的電子商務市場平台、誠信體係和安全支付機製，我們將打造全球最為完整、功能最為強大的電子商務體係——電子商務的四大護法：市場、誠信、支付和搜索。”
但是在這次並購中，有一點令當時很多人充滿質疑，那就是馬雲稱是阿裏巴巴收購了雅虎，但雅虎卻投資給阿裏巴巴10億美元。雅虎獲得了阿裏巴巴40%的經濟受益和35%的投票權，大家都在質疑這到底是誰收購了誰。
作為這場收購的核心人物，馬雲沒有逃避，他選擇接受記者采訪，還專門將采訪地點選擇在了阿裏巴巴在北京的辦公地點泛利大廈，而不是雅虎中國所在地，足可以看出馬雲的良苦用心。
在新聞發布會上，他宣布：“雅虎成為阿裏巴巴重要的戰略投資者之一，從股份上看，雅虎占1席、軟銀占1席、阿裏巴巴占2席，所以這個公司還在阿裏巴巴的領導下，我繼續擔任CEO。”
麵對大家提出的雅虎是否真的投入10億美元的疑問時，馬雲沒有正麵回答，他隻是說：“一切收購的財務細節都將會在18個月後公布，到時候自有定論。10億美元究竟能給阿裏巴巴帶來什麼，我感覺就像突然吃了一個巨大無比的東西在肚子裏，難度是很大的，10億美元在外人看來覺得是好事，在我看來還是一個很大的挑戰，你到底怎麼花？很多時候犯錯誤是因為你有錢才愚蠢起來，我們在接受很大的挑戰。”
關於阿裏巴巴和雅虎到底是誰收購了誰，那些虛虛實實的消息並不重要，重要的是馬雲在這一次出手中，將阿裏巴巴推上了問鼎互聯網行業老大的位置。雅虎10億美元的投資，令阿裏巴巴公司的價值達到了28億美元，快要接近上市後放大的百度市值。
而且與雅虎合並後，阿裏巴巴在國內的互聯網行業裏來說，已經是無人可敵了，阿裏巴巴擁有了如此全麵和強勢的互聯網業務，阿裏巴巴幾乎成了所有互聯網公司的敵手，不僅如此，馬雲又在當年10月份宣布淘寶網將以10億元人民幣再免費三年，打算用免費的營銷策略來贏得更多的用戶。通過這一次的聯合，阿裏巴巴在馬雲的帶領下，意氣風發地向互聯網巔峰前行。
在收購雅虎中國時，馬雲曾對雅虎員工做了一次非常精彩的演講，在這次演講中，可以看到馬雲與眾不同的智慧：“我希望把我成功的經驗和大家分享，盡管我認為你們其中的絕大多數勤勞聰明的人都無法從中獲益，但我堅信，一定有個別懶得去判斷我講的是否正確就效仿的人，可以獲益匪淺。”